巨大膜蛋白質・脂質二重膜複合体の高精度分子動力学計算システムの開発

巨型膜蛋白/脂质双层膜复合物高精度分子动力学计算系统开发

• 批准号: 15770096
• 负责人: 杉田 有治
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15770096/
• 关键词: 分子動力学法; 膜タンパク; 膜タンパク質

我々は,生体膜によって隔てられた細胞内外にわたる物質輸送を理解するために,膜輸送タンパク質の立体構造に基づいた分子シミュレーションを行った.本研究では、特に、生体のカルシウム濃度の維持に重要な役割を担っている筋小胞体カルシウムポンプに関する計算を行った.カルシウムポンプは,分子量約11万(アミノ酸残基数994)の巨大なタンパク質であり,10本の膜貫通ヘリックスと3つの大きな水溶性ドメインを持っている.このため,この膜タンパク質が生体膜を構成する脂質二重膜中でどのような形で安定化しているのかを理解することは,その機能を理解する上で本質的に重要な課題であった.我々は,カルシウム結合型,非結合型の2つの立体構造を用いた原子数25万以上の巨大なシステムの分子動力学計算を10nsec実行した.それぞれの状態において,脂質二重膜に対するカルシウムポンプの配向を変えた複数の初期構造モデルを試した.計算で得られたトラジェクトリを用いて,膜貫通ヘリックスの安定性を調べることにより,カルシウムポンプの脂質二重膜に関する最も安定な配向を明らかにした.

In our laboratory, the biofilm is used to separate the materials in and out of the cell for understanding, and the membrane is used to make stereo molecules. The purpose of this study is to maintain the importance of health care in this study. in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: (1) in this study, the results of this study are as follows: 1. The molecular weight is about 110000, the molecular weight is about 994, the molecular weight is about 110000, and the molecular weight is about 994. The biofilm is stabilized and stabilized, and the machine is able to understand the important problems of the biofilm. In our laboratory, the combined and non-combined two-dimensional structures are built with the atomic number of 250000 or more, and the molecular dynamics is calculated by the 10nsec method. In the early stage of the complex, the double membrane was used in the initial stage of the complex number. The calculation results show that the membrane is stable and stable, and the double membrane is the most stable.

项目成果

Toyoshima C.et al.: "Modeling of the inhibitory interaction of phospholamban with the Ca2+-ATPase"P NATLACAD SCI USA. 100. 467-472 (2003)

Toyoshima C.等人：“受磷蛋白与 Ca2 -ATP 酶的抑制相互作用的建模”P NATLACAD SCI USA。

Toyoshima C.et al.: "Crystal structures of Ca2+-ATPase in various physiological states"ANN NY ACAD SCI. 986. 1-8 (2003)

Toyoshima C.等人：“各种生理状态下Ca2-ATP酶的晶体结构”ANN NY ACAD SCI。

Asahi M.et al.: "Sarcolipin regulates sarco(endo)plasmic reticulum Ca2+-ATPase (SERCA) by binding to transmembrane helices alone or in association with phospholamban"P NATLACAD SCI USA. 100. 5040-5045 (2003)

Asahi M.等人：“肌磷脂通过单独结合跨膜螺旋或与受磷蛋白结合来调节肌（内）质网 Ca2 -ATP 酶 (SERCA)”P NATLACAD SCI USA。

ER/SR Calcium Pump : Structure

ER/SR 钙泵：结构

• 发表时间: 2004
• 期刊: Encyclopedia of Biological Chemistry 2
• 作者: Toyoshima;C. et al.
• 通讯作者: C. et al.

Toyoshima C.et al.: "Minireview : Structural basis of ion pumping by Ca2+-ATPase of sarcoplasmic reticulum"FEBS Letters. 555. 106-110 (2003)

Toyoshima C.等人：“小评论：肌浆网 Ca2-ATP 酶离子泵送的结构基础”FEBS Letters。