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DNA配列特異的ミスマッチ認識能を有する人工マルチ亜鉛フィンガー蛋白質のデザイン

具有DNA序列特异性错配识别能力的人工多锌指蛋白的设计

基本信息

批准号：
02J02027
负责人：
野村渉
金额：
$ 1.92万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

研究計画に沿いぐ亜鉛フィンガー蛋白質のドメイン間をつなぐリンカー配列におけるDNA結合への寄与に関する研究を進めてきた。典型的な亜鉛フィンガー蛋白質ではアミノ酸配列TGEKPが高度に保存されている。いくつもの亜鉛フィンガードメインを含む天然のマルチ亜鉛フィンガー蛋白質においては、このTGEKPリンカーの保存度があまり高くない。従って、長鎖DNA配列の認識において重要となるマルチ亜鉛フィンガー蛋白質の創製においてTGEKPリンカーを用いることが有効な手段となりうるかを明らかにする必要がある。そこでTGEKPリンカーで各ドメインをつないだ15亜鉛フィンガー蛋白質を新規に作製しそのDNA結合を検討した。結果として、15亜鉛フィンガー蛋白質は15個すべてのフィンガーを用いてDNAの主溝にはまり込み約50塩基対の配列に結合することが明らかになった。このことは長鎖DNA認識を行う蛋白質の創製に有用な情報を提供すると考えられる。また、認識ドメインとリンカー配列の関係を明らかにするために通常3塩基を認識するフィンガードメインを2塩基のみ認識するタイプに変換した亜鉛フィンガー蛋白質をデザインし、そのDNA結合を検討した。亜鉛フィンガードメインの認識ヘリックスの-1番のアミノ酸をアラニンに置換した場合に2塩基による認識が可能であることが示された。この場合、隣接する亜鉛フィンガードメインの距離的関係を最適に保つためにリンカー配列の長さ、種類を検討する必要がある。典型的なTGEKPリンカーを伸長した場合を検討したが、結合親和性の低下がみられ、この場合においてはリンカー配列の伸長は有効な手段ではないことが示された。2塩基認識ドメインを含む亜鉛フィンガー蛋白質におけるリンカー配列が最適化されれば亜鉛フィンガーによるDNA認識パターンの拡張も期待され、今後の検討が必要であると考えられる。

Research Projects The カーmatching におけるDNA binding への发 and the に关する research を进めてきた. Typical な lead フィンガーprotein ではアミノ acid complex TGEKP がにされている.いくつもの亜 Lead フィンガードメインをContains むNatural のマルチ亜 Lead フィンガーThe protein is high and the preservation rate is high. It is important to understand the long-locked DNA arrangement and to create the protein.いてTGEKP リンカーを Use いることがeffectiveなmeansとなりうるかを明らかにするnecessaryがある.そこでTGEKP リンカーでeach ドメインをつないだ15亜lead フィンガーprotein を新码に产しそのDNA binding を検した. Result: として, 15亜 lead フィンガーprotein は15 pieces すべてのフィンガーを Use いてD NA's main ditch is about 50 塩対の配array's combination of することが明らかになった.このことは long lock DNA recognition を row う protein の creation に useful な information を provision すると test えられる.また、Knowing ドメインとリンカーmatching relationship を明らかにするためにusually 3塩basedをKnowing するフィンガードメインするタイプに変change した lead フィンガーprotein をデザインし, そのDNA binding を検した.亜 Lead フィンガードメインのKnow ヘリックスの-1PBのアミノ sour をアラニンに Replacement した occasion に2塩记によるKnowing がであることが Show された. In this case, the relationship between the adjacent distance is the most suitableに宝つためにリンカーmatching arrangement の长さ、kind を検question する必がある. Typical なTGEKP リンカーをelongation したたを検したが、binding affinity のlow がみられ、このoccasionにおいてはリンカーmatching arrangementのstretchはeffectiveなmeansではないことがshowされた. 2. Basic understanding of the basic principles of protein synthesis and optimization.ィンガーによるDNA recognizes パターンの拡张もlook forward to され, and the future の検がnecessary であるとtest えられる.