広域性赤潮原因藻類の分子系統学的手法を用いた個体群解析

使用分子系统发育方法对广泛分布的赤潮藻类进行种群分析

• 批准号: 13760146
• 负责人: 吉川 毅
• 金额: $ 1.15万
• 依托单位: Kagoshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13760146/
• 关键词: 赤潮; Heterosigma akashiwo; RAPD; microsatellite-primed PCR; マイクロサテライト; IGS; DNA多型; 分子系統; リボゾームRNA遺伝子

本研究は、赤潮原因藻類の一種、ラフィド藻Heterosigma akashiwoの個体群識別手法の開発並びに赤潮原因藻類の広域化過程の解明を目的として、H.akashiwo分離株K95-Ho、K95-Hy(鹿児島湾産)、NIES-5(三重県五ヶ所湾産)、NIES-6(大阪湾産)の分子識別を試みる。1 任意増幅多型DNA解析(RAPD)により得られたK95-Hy、NIES-5特異的増幅産物の塩基配列に基づき各分離株に特異的なプライマーを設計し、PCRを行った。その結果、K95-Hy特異的プライマーを用いた場合にK95-Ho、K95-Hy、NIES-6からのみ増幅が確認され、このプライマーが株・個体群識別のSTS(配列標識部位)として有効であることが示された。2 葉緑体ゲノムDNA上にコードされているリボゾームRNA遺伝子(16SrDNA、23SrDNA)、光合成関連遺伝子(rbcS、rbcL、psbA)の遺伝子領域および遺伝子間領域(IGS)をPCRにより増幅して塩基配列を決定し、株間の多型を検索した。その結果、rbcS-psbA IGSのパリンドローム構造内において、NIES-5株にのみ逆位が認められた。また、この多型領域を認識する制限酵素、DraIを用いてrbcS-psbA IGSのRFLP解析を行った結果、NIES-5株のみ異なるバンドパターンを示し、簡便な識別が可能であることが示された。3 NIES-5、NIES-6の全DNAを鋳型に、プライマー(CA)_8RG、(CA)_8RYを用いてmicrosatellite-primed PCRを行った。得られた増幅産物の塩基配列を決定したところ、(TA)n、(CTT)nの繰り返し配列を持つマイクロサテライトが見出された。株間でマイクロサテライトの繰り返し回数に多型が認められ、分離株・個体群識別の指標として有用であることが示唆された。

In this study, one species of algae causing red tide, one species of algae causing red tide, the method of identification of Heterosigma akashiwo population of algae causing red tide was carried out and the process of globalization of algae caused by red tide was discussed. The purpose of this study is to understand the process of the localization of algae caused by red tide. H.akashiwo isolates K95-Ho, K95-Hy, NIES-5 and NIES-6 were tested separately. (1) Random amplitude multi-type DNA analysis (RAPD) data acquisition system K95-Hy and NIES-5 special data sets are arranged on the base of each branch of the cluster, including the device design and PCR analysis. The results of the test, the results of the K95-Hy feature, and the combination of K95-Ho, K95-Hy, NIES-6, and so on, confirm and verify that the individual population identifies the STS (assigned to the identification part). There is an indication of the location. (2) on the DNA, the number of RNA spoons (16SrDNA, 23SrDNA), the photosynthetic products (rbcS, rbcL, psbA), the field of IGS, the frame size of PCR, the basis of allocation, and the multitype of each plant were determined. The results showed that rbcS-psbA IGS strain and NIES-5 strain were in reverse position, and the results showed that there were significant differences in the results. In many fields, the restriction enzyme is made, the results are analyzed by rbcS-psbA IGS RFLP, the results are displayed by NIES-5 strain, the results are displayed, and the results are displayed. 3 NIES-5, NIES-6 "full DNA", "CA" (CA) _ 8RG, (CA) _ 8RY "line" with "microsatellite-primed PCR". It is necessary to determine the size of the column, (TA) n, (CTT) n, and return to the column to determine the size of the column. The number of return tests between plants is multiple, and the isolated individual population is identified as useful to indicate that it is useful to instigate an error.