DNAの塩基配列による広義のペチュニア属の分子系統分類と種内変異

平成15年度までの葉緑体DNAの分析ではPetunia、Calibrachoaともに属内の系統樹は多分岐となり、属内の系統の推定が困難であった。そこで、最近存在が確認された核DNA内petunia vein clearing virus (PVCV)の塩基配列による系統の推定の可能性を探った。材料としてPetunia axillaris ssp.axillaris(7地点)、ssp.parodii(5地点)、ssp.subandina(5地点)、P.inflata(5地点)、P.integrifolia(6地点)の自生地由来の種子から育成した植物と品種‘Falcon Blue'、‘Ultra Blue'を用いた。葉から抽出したDNAをテンプレートとし、PVCVのプロテアーゼとレトロトランスクリプターゼの一部を含む塩基配列約500bpを増幅するプライマーを用いてPCRを行い、塩基配列を決定した。P.axillaris ssp.parodii, ssp.subandina, P.inflataでは供試全地点で染色体内PVCVを確認できなかった。一方、P.integrifoliaの全地点と両品種にはPVCVが存在し、ssp.axillarisは存在する4地点と存在しない3地点に分かれた。増幅された染色体内PVCVの塩基配列には、種間および地点間で多型が見られ、品種のPVCVは歴史的片親とされるssp.axillarisの配列に近かった。これらの結果によりPVCVは保有個体群と非保有個体群があるために、Petunia全種の系統を推定することはできないが、種内の変異が大きいため、保有個体群間の系統推定の可能性が示唆された。また、植物では核DNA内にレトロエレメントが多く存在することがわかってきたので、属内全種に存在するホモロガスなエレメントを利用することで属内の詳細な系統が分析できると思われた。

平成15年度までの葉緑体DNAの分析ではPetunia、Calibrachoaともに属内の系統樹は多分岐となり、属内の系統の推定が困難であった。そこで、最近存在が確認された核DNA内petunia vein clearing virus (PVCV)の塩基配列による系統の推定の可能性を探った。材料としてPetunia axillaris ssp.axillaris(7地点)、ssp.parodii(5地点)、ssp.subandina(5地点)、P.inflata(5地点)、P.integrifolia(6地点)の自生地由来の種子から育成した植物と品種‘Falcon Blue'、‘Ultra Blue'を用いた。葉から抽出したDNAをテンプレートとし、PVCVのプロテアーゼとレトロトランスクリプターゼの一部を含む塩基配列約500bpを増幅するプライマーを用いてPCRを行い、塩基配列を決定した。P.axillaris ssp.parodii, ssp.subandina, P.inflataでは供試全地点で染色体内PVCVを確認できなかった。一方、P.integrifoliaの全地点と両品種にはPVCVが存在し、ssp.axillarisは存在する4地点と存在しない3地点に分かれた。増幅された染色体内PVCVの塩基配列には、種間および地点間で多型が見られ、品種のPVCVは歴史的片親とされるssp.axillarisの配列に近かった。これらの結果によりPVCVは保有個体群と非保有個体群があるために、Petunia全種の系統を推定することはできないが、種内の変異が大きいため、保有個体群間の系統推定の可能性が示唆された。また、植物では核DNA内にレトロエレメントが多く存在することがわかってきたので、属内全種に存在するホモロガスなエレメントを利用することで属内の詳細な系統が分析できると思われた。