原発性胆汁性肝硬変症の発症進展を規定する遺伝的要因のゲノムワイド解析

本研究はHhSNPチップを用いて行った。HuSNPチップにはヒトゲノムワイドに認められる約1500箇所SNPsを含むオリゴヌクレオチドがブロットされこれらSNPsは1〜2.77cMの間隔で位置し染色体上の位置が判明している。患者より採取したDNAを用いチップ付属プライマーでPCRを行い50〜300bp程度の増幅産物を得て増幅産物からビオチン標識プライマーを用いビオチン標識プローブ(1本鎖DNA)を作成しチップ上でハイブリダイズし染色、専用スキャナーでスキャンし各SNPのハイブリダイズ蛍光強度を測定した。得られた蛍光強度を検量線上で対照しalleleの存在頻度を算出、患者群・健常人群間でのalleleの出現頻度差をカイ2乗検定で検定し、疾患特異的な多型が認められる遺伝子を同定を試みた。その結果、PBCと健常人では全染色体にわたり100個以上(各染色体で5から15個)の遺伝子型が異なるSNPが存在することが明らかとなった。また、既に報告したPBCと健常人で遺伝子多型の発現頻度が有意に異なるCTLA-4分子、IFN-γの多型が異なるPBC症例群と同じ遺伝子多型を有する健常人を比較するとSNPの分布が異なっており、それらは全染色体にまたがっていた。以上よりPBCの発症進展には異なる染色体に複数存在する遺伝子多型が総合的に関与することが示唆された。しかしこれらの遺伝子について病態により表現頻度が異なるかさらに詳しく検討したが、はっきりとした傾向は認めなかった。なお、本研究は学内倫理委員会に研究計画を提出し許可を得た後に、充分なインフォームドコンセントを行い了解が得られたPBC症例、健常人各30例から得たDNAを用いて検討した。

本研究はHhSNPチップを用いて行った。HuSNPチップにはヒトゲノムワイドに認められる約1500箇所SNPsを含むオリゴヌクレオチドがブロットされこれらSNPsは1〜2.77cMの間隔で位置し染色体上の位置が判明している。患者より採取したDNAを用いチップ付属プライマーでPCRを行い50〜300bp程度の増幅産物を得て増幅産物からビオチン標識プライマーを用いビオチン標識プローブ(1本鎖DNA)を作成しチップ上でハイブリダイズし染色、専用スキャナーでスキャンし各SNPのハイブリダイズ蛍光強度を測定した。得られた蛍光強度を検量線上で対照しalleleの存在頻度を算出、患者群・健常人群間でのalleleの出現頻度差をカイ2乗検定で検定し、疾患特異的な多型が認められる遺伝子を同定を試みた。その結果、PBCと健常人では全染色体にわたり100個以上(各染色体で5から15個)の遺伝子型が異なるSNPが存在することが明らかとなった。また、既に報告したPBCと健常人で遺伝子多型の発現頻度が有意に異なるCTLA-4分子、IFN-γの多型が異なるPBC症例群と同じ遺伝子多型を有する健常人を比較するとSNPの分布が異なっており、それらは全染色体にまたがっていた。以上よりPBCの発症進展には異なる染色体に複数存在する遺伝子多型が総合的に関与することが示唆された。しかしこれらの遺伝子について病態により表現頻度が異なるかさらに詳しく検討したが、はっきりとした傾向は認めなかった。なお、本研究は学内倫理委員会に研究計画を提出し許可を得た後に、充分なインフォームドコンセントを行い了解が得られたPBC症例、健常人各30例から得たDNAを用いて検討した。