形の空間上のゲージ理論に基づくクラスターおよび生体超分子の構造転移機構の解明
形の空間上のゲージ理論に基づくクラスターおよび生体超分子の構造転移機構の解明
批准号:
03J00509
负责人:
柳尾 朋洋
金额:
$2.11万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2003
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2003 至 2005
中文摘要
クラスターやタンパク質などの大自由度分子系が、集団運動によって協同的に形を変える現象は、現代の生物化学物理における最も興味深い現象の一つである。ところが通常、これらの現象に関与する自由度の数は非常に大きいため、その機構解明は困難を極めている。本研究の目的は、多体系の変形運動を扱う微分幾何学の枠組みを基にして、大自由度分子の運動を低次元のダイナミクスに縮約し、集団運動の仕組みを効率的に理解することにある。本年度の研究では、まず超球座標の手法を用いることによって、N原子分子がもつ(3N-6)個の内部変数を、重要な変数(集団変数)とそれ以外の変数(熱浴変数)とに系統的に分離する方法を提示した。ここで集団変数に相当する変数としては、各慣性主軸方向の分子の大きさを表す3つの「回転(慣性>半径」が様々な分子集団運動において普遍的に重要であることが明らかになった。一方、残りの(3N-9)個の「角度変数」は多くの場合、熱浴変数と見なし得ることが明らかになった。そこで次のステップとして、縮約理論を基に、集団変数である3つの回転半径に対する運動方程式を導いた。その結果、回転半径に作用する力として、ポテンシャル由来の力の他に、熱浴変数(角度変数)との結合に由来する「内部遠心力」が発生しており、分子を一方向に引き伸ばし他方向に押し潰す自発的効果が絶えず生じていることが明らかになった。この内部遠心力による自発的「潰れ」効果により、対称性の高い分子構造は、内部エネルギー(または温度)の上昇とともに安定性を失い、一方で対称性の低い分子構造が安定化される機構が明らかになった。筆者は、以上の機構を、アルゴンクラスターおよびポリマーの構造異性化運動において確かめ、その普遍性を示すことに成功した。
英文摘要
クラスターやタンパク質などの大自由度分子系が、集団運動によって協同的に形を変える現象は、現代の生物化学物理における最も興味深い現象の一つである。ところが通常、これらの現象に関与する自由度の数は非常に大きいため、その機構解明は困難を極めている。本研究の目的は、多体系の変形運動を扱う微分幾何学の枠組みを基にして、大自由度分子の運動を低次元のダイナミクスに縮約し、集団運動の仕組みを効率的に理解することにある。本年度の研究では、まず超球座標の手法を用いることによって、N原子分子がもつ(3N-6)個の内部変数を、重要な変数(集団変数)とそれ以外の変数(熱浴変数)とに系統的に分離する方法を提示した。ここで集団変数に相当する変数としては、各慣性主軸方向の分子の大きさを表す3つの「回転(慣性>半径」が様々な分子集団運動において普遍的に重要であることが明らかになった。一方、残りの(3N-9)個の「角度変数」は多くの場合、熱浴変数と見なし得ることが明らかになった。そこで次のステップとして、縮約理論を基に、集団変数である3つの回転半径に対する運動方程式を導いた。その結果、回転半径に作用する力として、ポテンシャル由来の力の他に、熱浴変数(角度変数)との結合に由来する「内部遠心力」が発生しており、分子を一方向に引き伸ばし他方向に押し潰す自発的効果が絶えず生じていることが明らかになった。この内部遠心力による自発的「潰れ」効果により、対称性の高い分子構造は、内部エネルギー(または温度)の上昇とともに安定性を失い、一方で対称性の低い分子構造が安定化される機構が明らかになった。筆者は、以上の機構を、アルゴンクラスターおよびポリマーの構造異性化運動において確かめ、その普遍性を示すことに成功した。
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Mass-related dynamical barriers in triatomic reactions
三原子反应中与质量相关的动力学势垒
DOI:
--
发表时间:
2006
期刊:
Few-Body Systems (Accepted)(未定)
影响因子:
--
作者:
[T.Yanao, W.S.Koon, J.E.Marsden]
通讯作者:
J.E.Marsden
ネコの宙返りと形空間のリーマン幾何学-分子の構造転移運動への応用-
猫筋斗和形状空间的黎曼几何-在分子结构转变运动中的应用-
DOI:
--
发表时间:
2005
期刊:
生物物理 45
影响因子:
--
作者:
[F.Gabern, W.S.Koon, J.E.Marsden, S.D.Ross, T.Yanao, 柳尾朋洋]
通讯作者:
柳尾朋洋
Mass effects and internal space geometry in triatomic reaction dynamics
三原子反应动力学中的质量效应和内部空间几何
DOI:
--
发表时间:
期刊:
Physical Review A (Submitted)
影响因子:
--
作者:
[T.Yanao, W.S.Koon, J.E.Marsden]
通讯作者:
J.E.Marsden
Tomohiro Yanao, Kazuo Takatsuka: "Collective coordinates and accompanying metric force in structural isomerization dynamics of molecules"Physical Review A. 68. 032714 (2003)
Tomohiro Yanao、Kazuo Takatsuka:“分子结构异构化动力学中的集体坐标和伴随的度量力”Physical Review A. 68. 032714 (2003)
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Application of tube dynamics to non-statistical reaction processes
管动力学在非统计反应过程中的应用
DOI:
--
发表时间:
2006
期刊:
Few-Body Systems (Accepted)(未定)
影响因子:
--
作者:
[F.Gabern, W.S.Koon, J.E.Marsden, S.D.Ross, T.Yanao]
通讯作者:
T.Yanao
共 7 条
クラスター構造転移反応における集団運動と形のダイナミクスの理論
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批准号:01J05555
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.28万
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财政年份:2001
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负责人:柳尾 朋洋
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依托单位:
海外基金