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海洋性超好熱古細菌ゲノムの網羅的機能解析に向けた遺伝子操作系の開発

开发用于海洋超嗜热古菌基因组综合功能分析的遗传操作系统

基本信息

批准号：
03J04791
负责人：
田中礼士
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度も、前年に引き続き、より汎用性の高いベクター系の構築を目指し、新規のAeropyrum株の分離をおこなった。本年度は九州、小浜温泉においてサンプリングを行い、本菌の分離を試みた結果、新規のAeropyrum株を分離することに成功した。タイプストレインとのDNA-DNA交雑試験を行った結果、73%の値を得たことから、小浜株はA.pernixと同種であるものの、遺伝的に多様な変異を獲得している可能性が示唆された。また宿主ライブラリーの拡充には遺伝的多様の高い株を得ることが必須であることから、分離した株の多様性を瞬時に測ることができる分子マーカーの選択を行った。本年度はAFLPを用いて本菌の種内多様を解析することを目的とした。実験に供試した35株のAeropyrum pernixからゲノムDNAを抽出した後、市販キットを用いてAFLP解析を行った。なお、セレクティブプライマーは+A、+T、+Gを用いて信頼性の向上を図った。また、バンドの抽出にはGeneScan 3.1 software(Applied Biosystems, USA)を用いた。クラスター解析にはDice coefficient and the Ward algorithmを用いてBioNumerics 3.0 software(Applied Maths, Belgium)にて行った。AFLP解析の結果、A.pernixは分離した地域ごとにクラスターを形成した。さらに同一の地域でも物理的な特性の違う泉源ごとに、さらなる変異が確認できた。この結果より、A.pernixは環境からの制約を大きく受け泉源ごとに種内変異を持つことが確認された。今後、これらの変異を有する株についてそれぞれ、遺伝子改変系を応用し、改変可能株であるかどうかのスクリーニングを行うことが望まれる。

This year, the previous year, the introduction of high-quality, high-quality, high-quality, This year, we successfully carried out support operations in Kyushu and Kobama Hot Springs, tested the results of isolation of this bacterium, and isolated the new Aeropyrum strain. 73% of DNA-DNA hybridization results show that A.pernix has the potential to be obtained from a variety of different species. The diversity of the host plant is determined by the diversity of the host plant, the diversity of the isolate plant, and the diversity of the molecule. This year, AFLP was used to analyze the intraspecific diversity of the strain. The 35 Aeropyrum pernix strains tested were analyzed by AFLP after DNA extraction.なお、セレクティブプライマーは+A、+T、+Gを用いて信頼性の向上を図った。GeneScan 3.1 software(Applied Biosystems, USA) is available. BioNumerics 3.0 software(Applied Maths, Belgium) is used in the analysis of Dice coefficient and the Ward algorithm. AFLP analysis results, A.pernix separation of the region The physical characteristics of the same area are different from those of the same area. The result is that A.pernix is not the same as the environment. In the future, there will be changes in the plant, and changes in the seed system will be made.