一塩基多型認識蛍光プローブとしての新規修飾核酸塩基の関発

新型修饰核碱基作为单核苷酸多态性识别荧光探针的参与

• 批准号: 03J05595
• 负责人: 田井中 一貴
• 金额: $ 1.79万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-03J05595/
• 关键词: DNA; 蛍光プローブ; 一塩基多型; 修飾核酸塩基; ナフトピリドピリミジン; FRET; ベンゾピリドピリミジン

ヒト遺伝子の全塩基配列が解読された現在、ポストゲノム時代に突入し、塩基配列の個人相違を調べるゲノム多型解析に注目が集まっている。具体的には、ヒト遺伝子変異で最も頻度が高い一塩基多型検出があげられ、この多型が疾病リスク、薬剤代謝等と密接な関わりを持つことが示唆されている。すなわち、このゲノムDNAの個人相違を示す一塩基多型を統計的に整備することにより、究極的には特定疾病リスク診断、オーダーメイド医療への応用が可能であり、現在までに蛍光を用いた様々な一塩基多型検出法が報告されてきた。一塩基多型検出を目指して二本鎖において相手側の塩基がアデニンのとき強く発光し、相手側の塩基がグアニンのとき完全に消光されるという性質を持つ蛍光性修飾核酸塩基ナフトピリミドピリミジン(NPP)を開発した。現在、一塩基多型の蛍光による検出は広く研究されているが、検出が二本鎖形成の有無に依存しているため、ターゲットDNAのラベル化が必須、溶液条件の厳密な制御が困難なため生じる測定上の不正確さなど、様々な課題を残している。これに対し、二本鎖を形成した上での一塩基認識という全く新しい概念の検出法を提示することで、ターゲットDNAのラベル化が不必要であり、また溶液条件に依存しないために簡便かつ正確な測定を行うことができるので、上記の問題解決の可能性を示すことができる。本研究はこのように応用性の面においても非常に優れている。また、これらを用いてDNAチップ等のアレイでの可視光領城での検出が可能な系を構築した。修飾核酸塩基を含むプローブDNAの末端に、より長波長領域に吸収、及び発光帯を持つ蛍光分子を導入し、FRETを用いることで可視光領域での一塩基多型の認識を行った。その後、実際の疾病遺伝子の蛍光による遺伝子診断を行ったところ、非常に感度良く一塩基多型の検出が可能となった。

The total base alignment of the gene is now available, and the individual phase alignment of the base alignment is adjusted. The most common type of disease is polytype, and the most common type of disease is polytype. The most common type of disease is polytype. The most common type of disease is polytype. For example, if you want to use a multi-type analysis method, you can use it to diagnose specific diseases and to diagnose medical problems. The first type of poly-peptide refers to the development of optically modified nucleic acid peptide (NPP) in the presence of a strong light-emitting group on the side of the second phase, and a strong light-emitting group on the side of the phase. At present, a series of multi-type light detection problems are studied. In the middle of the study, the existence and non-existence of the two locks are detected. In the study, the existence and non-existence of the two locks are detected. In the existence and non-existence and non- A basic understanding of the formation of two basic locks, a complete new concept, a method of identification, a method of identification, a method of identification This study focuses on the functional aspects of the study. The detection system of the visible light domain can be constructed by using the DNA chip. Modified nucleic acid groups include DNA termini, long wavelength regions, absorption, and emission regions, and molecular introduction, FRET use, and recognition of multiple types in visible light. After the disease, the diagnosis of the disease is very sensitive, and the diagnosis of the disease is very sensitive.

项目成果

SNPs typing by base-discriminating fluorescence DNA probe

通过碱基识别荧光 DNA 探针进行 SNP 分型

• 发表时间: 2005
• 期刊: Nucleic Acids Symposium Series 49
• 作者: Okamoto;A.;Tainaka;K.;Ochi;Y.;Saito;I.
• 通讯作者: I.

Nile Red nucleoside: novel nucleoside analog with a fluorophore replacing the DNA base.

• DOI: 10.1093/nass/49.1.155
• 发表时间: 2005-09
• 期刊: Nucleic acids symposium series
• 作者: Kazuki Tainaka;Yoshimasa Fujiwara;A. Okamoto

Monitoring DNA structures by dual fluorescence of pyrene derivatives

• DOI: 10.1021/ja053609e
• 发表时间: 2005-09-28
• 期刊: JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
• 影响因子: 15
• 作者: Okamoto, A;Tainaka, K;Saito, I
• 通讯作者: Saito, I

Okamoto A., Tainaka K., Saito I.: "A facile incorporation of the aldehyde function into DNA : 3-formylindole nucleoside as an aldehyde-containing universal nucleoside."Tetrahedron Letters. 43. 4581-4583 (2002)

Okamoto A.、Tainaka K.、Saito I.：“将醛功能轻松整合到 DNA 中：3-甲酰基吲哚核苷作为含醛的通用核苷。”四面体快报。

Okamoto A., Tainaka K., Saito I.: "Detection of AIG single nucleotide alteration in RNA using base-discriminating fluorescent oligodeoxynucleotides."Chemistry Letters. 32. 684-685 (2003)

Okamoto A.、Tainaka K.、Saito I.：“使用碱基识别荧光寡脱氧核苷酸检测 RNA 中的 AIG 单核苷酸改变。”化学快报。