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単一異種染色体添加系統の利用によるタマネギ高密度連鎖地図と染色体の対応関係の解明

使用单个异源染色体附加系阐明洋葱高密度连锁图和染色体对应关系

基本信息

批准号：
15780026
负责人：
執行正義
金额：
$ 2.43万
依托单位：
Yamaguchi University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

[目的]高密度連鎖地図作成によるタマネギゲノム解析が日米蘭NZの研究グループにより進行中である.蘭AFLP連鎖地図はネギ-シャロット単一異種染色体添加系統シリーズを利用し,いち早く染色体への振り分けを完了した.また,米RFLP連鎖地図は,新たに約100個のESTマーカーが書き加えられ,その飽和度を増す作業を完了した.さらに,これらの連鎖地図の統合・高密度化を目指す取組みがNZチームにより開始されており,共通の新規ESTマーカーが両地図へ書き込まれた.また,両地図を同じ添加系統を利用して染色体に振り分けることも統合を円滑に行う為に必要である.そこで,本研究では,我が方(日本)の添加系統シリーズを用いて新RFLP連鎖地図が対応する染色体を解明したので報告する.[材料および方法]添加系統シリーズ及びその両親の葉身から前報と同様に全DNAを抽出した.次に,108種類のEST配列から設計したプライマーセットを用いてnested-PCRを行い,AGEによる増幅確認を行った.また,得られたPCR産物は銀染色を伴う変性PAGE分析及びSSCP分析に用いられた.[結果および考察]108種類のプライマーセットについてnested-PCRを行った結果,72種類でシャロットにおける増幅が確認された.ネギと併せて分析を行ったところ,異なる電気泳動法により,61種類で種間多型が検出された.その内訳は,AGEで6種類,変性PAGEで51種類,また,SSCPで4種類であった.添加系統シリーズの分析により,47個のESTマーカーの座乗染色体を決めることができた.このうち29個は,RFLP連鎖地図上のマーカーであり,14連鎖群のうち12が染色体にそれぞれ振り分けられた.

[objective] to make a high-density link to analyze the results of daily NZ research. AFLP connection-A variety of chromosomes have been added to the system, so that the early chromosomes have been sequenced. In recent years, there are about 100 new RFLP stations in the country, and the operation of the new EST system has been completed. In recent years, the system has been linked to a high-density system, which means that the NZ system has started to operate in the same way as the new EST system. In addition to the system, it is necessary to use the chromosomes to separate the chromosomes from each other and to make a smooth operation. In this study, we (Japan) add a new RFLP link to check the chromosomes of the system. [material testing method] add the same DNA extraction device to the system system and the system system. For the second time, a total of 108 EST configurations have been designed to ensure that the nested-PCR is used, and the AGE format is used to confirm that the line is registered. PCR analysis and SSCP analysis were used in this study. [results] the results showed that the results of the 108th class of nested-PCR were significantly higher than that of the previous group, and that of the 72th category was confirmed. There is a lot of information about how to do this, how to do it, how to do it, and how to do it. There are 6 kinds of AGE, 51 kinds of sexual PAGE, and 4 kinds of SSCP. Add a system for EST analysis, 47 chromosomes for each cluster to determine the number of chromosomes. There are 29 data sets on the RFLP link, and the number of chromosomes on the 14-cell link is 12. The vibration data is divided.