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Multi-omics study for targeting genes related to heat tolerance and functionality in leaf bunching onion cultivar

针对叶束洋葱品种耐热性和功能性相关基因的多组学研究

基本信息

批准号：
21H02188
负责人：
執行正義
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Yamaguchi University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02188/
关键词：
葉ネギオミックス統合解析耐暑性機能性 DNAマーカー

项目摘要

濃緑色個体と淡緑色個体間の交雑集団を用いた連鎖地図の構築に関しては、先ず、極濃緑色の山口県オリジナル品種「YSG1号」と薄緑色の市販品種の「奴」を親素材とし、これらの正逆F1とF2集団を作出した。次に、遺伝子型の情報を特定のF2 集団50個体で整理し、連鎖地図の作成や表現型とのアソシエーションを解析するための基盤情報として整備した。遺伝子型情報の整理はRNA-seq解析により行い、既存のネギのunigene配列（68,726種）をリファレンスとしてマッピングすることにより、親系統の“YSG1”と”奴”の間で多型が認められるサイトの抽出を実施した。葉色関連形質の表現型値の取得については、草丈が40～50㎝の葉身色を調査した。葉身色はSPADと色彩色差計（L*、a*、b*、400-700nm、20nm間隔出力による試料の分光反射率等）で測定し、若い葉身から1枚目と2枚目の中央部の平均値をネギ個体の葉身色とした。また、昨年度得られた「YSG1号」と「九条」のF2集団の表現型値と連鎖地図情報を用いて葉身色に関連する各種QTLのマッピングを実施した。さらに、メタボローム解析結果を基にmQTL解析も実施中である。自然免疫活性化に関しては、関連タンパクの発現解析に用いる抗体作成を行うとともに、葉ネギにおける評価細胞試験を継続して実施している。また、耐暑性検定については、葉部温水浸漬処理による熱ストレスに対する光合成の量的・質的反応性を調査し、明確に熱ストレス耐性品種と同感受性品種を識別可能であった。しかし、同処理では夏期の葉先枯れ症の原因を究明できないことがわかり、別途、根部熱ストレス耐性評価法を試みている。この様な熱ストレス耐性の評価系から得られる表現型値データと各種代謝物質の定性・定量データやワイドターゲット-メタボローム解析データとの比較解析の準備を行った。

The intersection between the dark green individuals and the light green individuals is built with the いた chain ground 図の building に关しては, first ず, and the extremely dark green yamaguchi 県オリジナThe variety "YSG No. 1" and the thin green commercial variety "Slave" are made of close materials, and the forward and reverse F1 and F2 sets are made. Sub-type information and specific F2 The collection of 50 individuals has been organized, and the chain of production and expression types has been analyzed and analyzed, and the base information has been prepared. Collection of legacy information, RNA-seq analysis, and existing unigene array (68,726 species), をリファレ"YSG1" "と" slave "の间で多typeがcognizeめられるサイトのdraw outを実时时した. The leaf color-related morphological characteristics of the phenotypic value are obtained and the grass length is 40~50㎝ and the leaf body color is investigated. Leaf color SPAD and colorimeter (L*, a*, b*, 400-700nm, 20nm interval output sample The spectroscopic reflectivity, etc.) are measured, and the average value of the central part of the leaf body, 1 eye, and 2 eyes, the individual leaf body color, and the color of the leaf body are measured.また, last year's F2 set of "YSG No. 1" and "Kujo" was obtained, and the phenotype and chain information were linked to various QTLs.さらに、メタボローム analysis result をbaseにmQTL analysis も実Shi中である. Natural immune activation に关しては, related タンパクの発existing analysis, created with いる antibodiesを行うとともに、叶ネギにおける evaluation 価 Cell test験を継続して実士している.また, heat resistance 検定については, leaves soaked in warm water, による热ストレスに対するphotosynthetic amount・It is possible to investigate the qualitative reactivity and identify heat resistant varieties and heat resistant varieties. しかし, same treatment as ではThe cause of のleaf early drying disease in summer, できないことがわかり, other ways, root heat ストレスresistant evaluation method をtrial みている.この様な热ストレスresistant evaluation system から得られるphenotypeつデータとqualitative of various metabolic substances・Quantitative analysis and analysis of comparative analysis and preparation