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Finegoldia magna のBACライブラリーを用いたゲノム解析

使用 Finegoldia magna BAC 文库进行基因组分析

基本信息

批准号：
15790226
负责人：
後藤隆次
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Wakayama Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

Finegoldia magna(旧名Peptostreptococcus magnus)は、皮膚や腸管、口腔内などの粘膜面に常在するグラム陽性嫌気性球菌群の一菌種であるが、時に軟部組織や足潰瘍などから分離され、その病原性が注目されている。にもかかわらず、本菌種の病原因子の遺伝学的解析やゲノム解析は殆ど行われていない。これまでに我々はF.magna ATCC29328株の染色体物理地図やBACライブラリーを用いた遺伝子地図を作成し、本菌種ゲノムの全体像を解明してきた。今年度は、本菌株のより詳細なゲノム構造を解析するために、全塩基配列の決定と比較ゲノム解析を行った。F.magna ATCC29328株ゲノムDNAより約1〜2kbおよび約5kbのインサート長のショットガンライブラリーを作成し、インサート末端のシークエンシングを行った。得られた配列について、Phred/Phrap/Consedを用いたアセンブルの後、contig間のギャップ領域の補完を行った。現時点で本菌株の約1.8Mbの環状染色体と約190kbのプラスミドの全塩基配列をほぼ明らかとした。本菌株のゲノム全体はGC含量が低く、可動性の遺伝因子も殆ど存在しない特徴があった。また、現時点で推定されるタンパクコード領域について、他菌種の既知遺伝子配列との相同性解析を行った結果、F.magnaはクロストリジウム属菌種と近縁である事が明らかとなった。その他、過去に我々が見出した160kDaのゼラチン分解酵素は、細胞壁に局在したセリンプロテアーゼである事が全ゲノム解析により推察された。現在はゲノム上でアセンブルが困難な繰り返し領域の塩基配列を決定すると同時に、本菌種の代謝や病原性に関与する遺伝子の同定を試みている。

Finegoldia magna(formerly Peptostreptococcus magnus) is a species of pathogenic cocci that is often found in the skin, intestinal tract, and mucosal surfaces of the oral cavity. The genetic analysis of pathogenic factors of this species should be carried out in the future. The chromosome of F.magna ATCC29328 strain was physically isolated from the BAC genome and the genome of the strain was analyzed. This year, the strain is analyzed in detail, and the total base alignment is determined. F.magna ATCC29328 strain has a DNA fragment of about 1 ~ 2 kb and a DNA fragment of about 5 kb. Get a list of matches, Phred/Phrap/Conried, Contig, Contig. At present, the strain has about 1.8 Mb circular chromosome and about 190kb chromosome. The GC content of all strains is low, and the mobility factor is almost present. The results of identity analysis of known gene pairs of other species, F.magna, and F.magna were analyzed. In the past, we have seen the presence of 160kDa enzyme in the cell wall. Now, it is difficult to determine the nucleotide sequence of the recombinant protein in the field, and it is also necessary to determine the identity of the gene related to the metabolism and pathogenicity of the strain.