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オルソロガスクラスターを用いた新規系統樹作成法の開発とシアノバクテリアの系統解析

利用直系同源簇开发新的系统发育树构建方法以及蓝细菌的系统发育分析

基本信息

批准号：
04J06165
负责人：
堀池徳祐
金额：
$ 1.22万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2006
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J06165/
关键词：
ゲノム進化系統樹比較原核生物 Clusters of Orthologous Groups 無根系統樹

项目摘要

・系統樹の同一判定プログラムの改良本研究ではゲノム配列が決定している生物を対象とし、それらの生物の全てのORFを用いて可能な限り多くのオーソログの系統樹を作成し、その系統樹同士の形を比較し、最も多くの系統樹によって樹形が支持される系統樹を検出した。改良前のプログラムでは、各分岐点における支持率を計算していなかったため、各分岐点における支持率を把握できなかった。今回の改良では、比較元の系統樹のある分岐点の分岐パターンと比較対象の系統樹の分岐点の分岐パターンを比較し、矛盾していない分岐点を持つ数を各分岐点ごとにカウントした。また、本解析では比較するOTUの数は系統樹によってまちまちなので、分岐点を比較する際、比較すべきOTUが揃わない事がある。よって、比較すべきOTUが揃った回数で分岐パターンが一致した回数を割ることにより、分岐点の評価の向上を試みた。この支持率をブートストラップ検定の結果と比較した。また、各分岐点の支持率が最大になる系統樹を探索し、全てのオーソログの連結系統樹と比較した。・進化シミュレーションによる方法の評価Simprotを用いて進化シミュレーションを行い、本解析法の精度を確認した。シミュレーションの基準は以下に示すとおりである。1.アミノ酸長は解析に用いたオーソログの平均値を用いた。2.初期モデル系統樹には全てのオーソログの連結系統樹を用いた。3.アミノ酸置換行列にはJTTモデルを採用した。

In this study, we aim to determine the biological objects in the phylogenetic tree, and use the entire ORF of the organisms in the phylogenetic tree. We aim to establish a phylogenetic tree that can limit the number of biological objects in the phylogenetic tree. We aim to compare the shapes of the phylogenetic tree peers and the number of phylogenetic trees supported by the phylogenetic tree. Before the improvement, the support rate of each branch point was calculated, and the support rate of each branch point was grasped. In this paper, the improvement of the system tree of the comparison element and the divergence point of the comparison object are discussed. The number of OTUs in this analysis is compared with the number of OTUs in the phylogenetic tree. For example, if you want to compare the number of branches, you can divide them into two parts. The results of the survey were compared with the results of the survey. The support rate of each divergence point is the largest in the system tree. The system tree of the whole system is compared. The accuracy of the proposed method was confirmed by the evaluation of Simprot in the evolution of the system. The following criteria are used to determine whether a candidate is eligible for the award. 1. The average value of the product is calculated by the method of analysis. 2. The initial system tree is used to complete the link tree. 3. The acid column is not used.