オルソロガスクラスターを用いた新規系統樹作成法の開発とシアノバクテリアの系統解析

利用直系同源簇开发新的系统发育树构建方法以及蓝细菌的系统发育分析

• 批准号: 04J06165
• 负责人: 堀池 徳祐
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J06165/
• 关键词: ゲノム; 進化; 系統樹比較; 原核生物; Clusters of Orthologous Groups; 無根系統樹

・系統樹の同一判定プログラムの改良本研究ではゲノム配列が決定している生物を対象とし、それらの生物の全てのORFを用いて可能な限り多くのオーソログの系統樹を作成し、その系統樹同士の形を比較し、最も多くの系統樹によって樹形が支持される系統樹を検出した。改良前のプログラムでは、各分岐点における支持率を計算していなかったため、各分岐点における支持率を把握できなかった。今回の改良では、比較元の系統樹のある分岐点の分岐パターンと比較対象の系統樹の分岐点の分岐パターンを比較し、矛盾していない分岐点を持つ数を各分岐点ごとにカウントした。また、本解析では比較するOTUの数は系統樹によってまちまちなので、分岐点を比較する際、比較すべきOTUが揃わない事がある。よって、比較すべきOTUが揃った回数で分岐パターンが一致した回数を割ることにより、分岐点の評価の向上を試みた。この支持率をブートストラップ検定の結果と比較した。また、各分岐点の支持率が最大になる系統樹を探索し、全てのオーソログの連結系統樹と比較した。・進化シミュレーションによる方法の評価Simprotを用いて進化シミュレーションを行い、本解析法の精度を確認した。シミュレーションの基準は以下に示すとおりである。1.アミノ酸長は解析に用いたオーソログの平均値を用いた。2.初期モデル系統樹には全てのオーソログの連結系統樹を用いた。3.アミノ酸置換行列にはJTTモデルを採用した。

- 改进该计划的程序，该研究的靶向生物是确定基因组序列的，并且由于使用这些生物的所有ORF创建了许多直系同源的系统发育树，并比较了系统发育树的形状，并检测到大多数系统生理树的系统形状的系统形状。在改进之前的计划中，未计算每个分支点的批准等级，因此不可能在每个分支点上掌握批准等级。在此改进中，将正在比较的系统发育树中分支点的分支模式进行了比较，在系统发育树的分支模式中进行了比较，并计算每个分支点具有一致分支点的分支点的数量。此外，在此分析中，要比较的OTU数量取决于系统发育树，因此，在比较分支点时，要比较的OTU可能并非全部相同。因此，我们试图通过将分支模式与要比较的OTU的次数相吻合的次数来提高分支点的评估。将此批准额与自举测试的结果进行了比较。此外，我们搜索了一个系统发育树，该树在每个分支点具有最高的批准率，并将其与所有直系同源物的系统发育树进行了比较。 - 使用SIMPROT对使用进化模拟进化模拟的方法进行评估，以确认该分析方法的准确性。仿真标准如下：1。分析中使用的直系同源物的平均值用于氨基酸长度。 2。所有直系同源的系统发育树都用于初始模型系统发育树。 3。JTT模型被用作氨基酸取代基质。

项目成果

Extensive analysis of ORF sequences from two different cichlid species in Lake Victoria provides molecular evidence for a recent radiation event of the Victoria species flock Identity of EST sequences

对维多利亚湖两种不同慈鲷物种的 ORF 序列进行广泛分析，为最近维多利亚物种群体的辐射事件提供了分子证据 EST 序列的识别

• 发表时间: 2004
• 期刊: Gene 343
• 作者: M.Watanabe;N.Kobayashi;T.Shin-i,.T.Horiike;Y.Tateno;Y.Kohara;N.Okada
• 通讯作者: N.Okada