オルソロガスクラスターを用いた新規系統樹作成法の開発とシアノバクテリアの系統解析

利用直系同源簇开发新的系统发育树构建方法以及蓝细菌的系统发育分析

• 批准号: 04J06165
• 负责人: 堀池 徳祐
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J06165/
• 关键词: ゲノム; 進化; 系統樹比較; 原核生物; Clusters of Orthologous Groups; 無根系統樹

・系統樹の同一判定プログラムの改良本研究ではゲノム配列が決定している生物を対象とし、それらの生物の全てのORFを用いて可能な限り多くのオーソログの系統樹を作成し、その系統樹同士の形を比較し、最も多くの系統樹によって樹形が支持される系統樹を検出した。改良前のプログラムでは、各分岐点における支持率を計算していなかったため、各分岐点における支持率を把握できなかった。今回の改良では、比較元の系統樹のある分岐点の分岐パターンと比較対象の系統樹の分岐点の分岐パターンを比較し、矛盾していない分岐点を持つ数を各分岐点ごとにカウントした。また、本解析では比較するOTUの数は系統樹によってまちまちなので、分岐点を比較する際、比較すべきOTUが揃わない事がある。よって、比較すべきOTUが揃った回数で分岐パターンが一致した回数を割ることにより、分岐点の評価の向上を試みた。この支持率をブートストラップ検定の結果と比較した。また、各分岐点の支持率が最大になる系統樹を探索し、全てのオーソログの連結系統樹と比較した。・進化シミュレーションによる方法の評価Simprotを用いて進化シミュレーションを行い、本解析法の精度を確認した。シミュレーションの基準は以下に示すとおりである。1.アミノ酸長は解析に用いたオーソログの平均値を用いた。2.初期モデル系統樹には全てのオーソログの連結系統樹を用いた。3.アミノ酸置換行列にはJTTモデルを採用した。

· system tree の same determine プ ロ グ ラ ム の improved this study で は ゲ ノ ム match column が decided し て い る biological を like と seaborne し, そ れ ら の biological の full て の ORF を with い て may な limit り く の オ ー ソ ロ グ の system tree を し, consummate そ の system tree compared to James の form を し, most も く の system tree に よ っ て tree が support さ れ る system tree を 検 Out of た. Improved before の プ ロ グ ラ ム で は, the bifurcation point に お け る support を computing し て い な か っ た た め, the bifurcation point に お け る support を grasp で き な か っ た. Today back to the modified で の は, comparison, yuan の system tree の あ る bifurcation point の branching パ タ ー ン と comparison like の seaborne system tree の bifurcation point の branching パ タ ー ン を し and contradictions し て い な い bifurcation point number を hold つ を each branching point ご と に カ ウ ン ト し た. ま た, this analytic で は compare す る OTU number の は system tree に よ っ て ま ち ま ち な の で, bifurcation point を comparison す る international, comparative す べ き OTU が Jian わ な い matter が あ る. よ っ て, comparative す べ き OTU が Jian っ た back several で branching パ タ ー ン が consistent し た several を cut back る こ と に よ り, bifurcation point の 価 の upward を try み た. <s:1> <s:1> support rate をブ トストラップ検 トストラップ検 determine と results と comparison た. Youdaoplaceholder0, the が support rate at each point of divergence が is the largest になる system tree を exploration また, the full て <s:1> and ソログ ソログ ソログ linked system trees と comparison た た. , evolutionary シ ミ ュ レ ー シ ョ ン に よ る method の review 価 Simprot を with い て evolution シ ミ ュ レ ー シ ョ ン を い, precision of this analytic method の を confirm し た. Youdaoplaceholder0 シ ュレ シ ショ ショ ショ ショ に below the benchmark に shows すとお である である. 1. Youdaoplaceholder0, ノ, ノ, acid length, <s:1>, analysis に, ア た, <s:1>, ソログ, を, average value を, た, た. 2. In the early stage, the モデ に system tree に is fully て, the <s:1> set ソログ is used to connect the <s:1> system tree を with た た. 3. Youdaoplaceholder0 ノ ノ acid-displaced row-column に JTTモデ を を を is carried out using た た.

项目成果

Molecular Chaperones : Proposal of a Systematic Computer-Oriented Nomenclature and Construction of a Centralized Database.

分子伴侣：面向计算机的系统命名法的提议和集中数据库的构建。

• 发表时间: 2004
• 期刊: Silico Biology 4
• 作者: H.Sghaier;L.Huyen Ai;T.Horiike;T.Shinozawa
• 通讯作者: T.Shinozawa

Extensive analysis of ORF sequences from two different cichlid species in Lake Victoria provides molecular evidence for a recent radiation event of the Victoria species flock Identity of EST sequences

对维多利亚湖两种不同慈鲷物种的 ORF 序列进行广泛分析，为最近维多利亚物种群体的辐射事件提供了分子证据 EST 序列的识别

• 发表时间: 2004
• 期刊: Gene 343
• 作者: M.Watanabe;N.Kobayashi;T.Shin-i,.T.Horiike;Y.Tateno;Y.Kohara;N.Okada
• 通讯作者: N.Okada