オルソロガスクラスターを用いた新規系統樹作成法の開発とシアノバクテリアの系統解析

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・系統樹の同一判定プログラムの改良本研究ではゲノム配列が決定している生物を対象とし、それらの生物の全てのORFを用いて可能な限り多くのオーソログの系統樹を作成し、その系統樹同士の形を比較し、最も多くの系統樹によって樹形が支持される系統樹を検出した。改良前のプログラムでは、各分岐点における支持率を計算していなかったため、各分岐点における支持率を把握できなかった。今回の改良では、比較元の系統樹のある分岐点の分岐パターンと比較対象の系統樹の分岐点の分岐パターンを比較し、矛盾していない分岐点を持つ数を各分岐点ごとにカウントした。また、本解析では比較するOTUの数は系統樹によってまちまちなので、分岐点を比較する際、比較すべきOTUが揃わない事がある。よって、比較すべきOTUが揃った回数で分岐パターンが一致した回数を割ることにより、分岐点の評価の向上を試みた。この支持率をブートストラップ検定の結果と比較した。また、各分岐点の支持率が最大になる系統樹を探索し、全てのオーソログの連結系統樹と比較した。・進化シミュレーションによる方法の評価Simprotを用いて進化シミュレーションを行い、本解析法の精度を確認した。シミュレーションの基準は以下に示すとおりである。1.アミノ酸長は解析に用いたオーソログの平均値を用いた。2.初期モデル系統樹には全てのオーソログの連結系統樹を用いた。3.アミノ酸置換行列にはJTTモデルを採用した。