分子進化シミュレーションによる長枝誘引の発生メカニズム解明と解消法の提案

利用分子进化模拟阐明长支链吸引力的机制并提出解决方案

• 批准号: 22K12244
• 负责人: 堀池 徳祐
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Shizuoka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2027-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K12244/
• 关键词: 分子系統樹; 長枝誘引; 分子進化; 系統樹; LBA; シミュレーション

2022年度は主に本研究推進のための基盤となるプログラム（系統樹推定の元となるアミノ酸配列に変異を加えた後にさらに変異を追加するプログラム）の作成を行った。これまでの進化シミュレーションはモデル系統樹をもとに、配列をシミュレートするだけで、シミュレート後の配列に追加の変異を入れることはできなかった。したがって、時系列に沿った推定系統樹の樹形の変遷を確認することができなかった。当初の計画では一つずつ置換を入れることを想定していたが、そのまえに一定の枝長分の変異を追加するプログラムを作成した。このプログラムでは長枝に指定した枝の長さを一定の長さずつ伸ばした時のそれぞれの配列データが取得でき、それぞれの配列データを用いてマルチプルアラインメントや系統樹作成ができる。変異はアミノ酸の置換、挿入、欠失の３種類とし、どれが起こるかは確率的に決まるようにした。この時の確率はINDELible（2009）を参考にして決定した。アミノ酸の置換はアミノ酸置換行列LGに従って確率的におこすようにした。挿入は、まず挿入されるアミノ酸長をZipfian分布から確率的に決定し、各アミノ酸の平衡頻度に基づいて確率的に挿入するアミノ酸を決定した。欠失アミノ酸長は、挿入と同様にZipfian分布から確率的に決定した。欠失させるアミノ酸長がアミノ酸配列長より長い場合には遺伝子欠失が起きたとし、変異を中止し、0aaのアミノ酸配列を出力する。欠失するアミノ酸長がアミノ酸配列長より短い場合には、アミノ酸配列から欠失箇所をランダムに決定し、欠失させた。このプログラムにより、一つのオーソログデータをもとに作成されるマルチプルアラインメント、系統樹を時系列で観察するためのデータを作成できるようになった。

In the year 2022, the main body of this study promoted the establishment of a line in which the system presupposes that there is an increase in the number of acids in the system. In order to improve the performance of the system, please do not have any information on the system. You will need to add additional information to the system after each other. The real-time series of data are located along the presumed system of the system to confirm that they are not working properly. At the beginning, when the plan was installed, it was decided that the branches would grow, and the branches would be added to each other. The long branches are assigned to the long branches and the long branches must be extended to ensure that the train is allocated to obtain information, and the system is used to make the system work as a system. It is important to determine the accuracy rate of the purchase, import, and loss of information. Please refer to the confirmation rate of INDELible (2009) in order to determine your performance. Please tell me how to make sure that the rate of LG is higher than that of others. Input information, input information, determine the accuracy of the Zipfian distribution, and determine the accuracy of the balance of the acid distribution in each system. There is a lack of determination of the confirmation rate of the same Zipfian distribution. In the absence of high-performance acid, high-performance acid, high-acid, high-acid, high- If there is a shortage of acid, there will be a short period of time for the commander of the column to make a decision and make a decision for the person who is in arrears. In the first place, the system is designed to improve the quality of the system, and the series of monitoring systems are designed to improve the performance of the system.