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複数の異なるゲノムデータに基づく生物学的機能予測

基于多种不同基因组数据的生物学功能预测

基本信息

批准号：
04J61620
负责人：
山西芳裕
金额：
$ 0.64万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では,様々なゲノム情報から,タンパク質間の機能ネットワークを予測する手法を開発した.カーネル正準相関分析を用いて,ゲノムデータとタンパク質ネットワークの相関モデルを構築し,新規のタンパク質間ネットワークを予測する方法を提案した.この方法の独自性は,教師付き学習の枠組においてネットワーク推定を行なう点にある.まず,第一段階として,ネットワークが既知のタンパク質セットから,ゲノムデータとパスウェイの相関(ネットワーク構築原理)を,数学的に学習させモデルを構築する.第二段階として,そのモデルを,ネットワークの分かっていないタンパク質セットに当てはめ,ネットワークを予測する.実際の適用例として,出芽酵母のタンパク質間の機能ネットワークを,マイクロアレイ遺伝子発現情報,酵母2ハイブリッドシステムによる相互作用情報,タンパク質の細胞内局在情報,系統プロファイルの4種類のデータから予測した.実験によって判明している既知のタンパク質ネットワークを用いて評価した結果,本研究で提案する複数のデータの統合と教師付き学習の効果によって,先行研究の方法(教師なし学習)よりも予測精度が著しく向上することが確認できた.そこで,全てのタンパク質セットに対して提案手法を適用し,出芽酵母の6059個のタンパク質からなる機能的ネットワークを推定した.それを基に,未知のタンパク質の機能や,missing酵素の遺伝子候補を予測し,その妥当性について検討し,この手法が新しい生物学的な発見に繋がる可能性について議論した.

In this study, we are in a bad mood, and in this study, we are in a bad mood, and in this study, we are in a lot of trouble in this study. in this study, we are in a lot of trouble. The standard phase analysis is based on the use of equipment, and the proposed method is recommended for the proposed method of environmental protection. The method is independent, and it is taught that the group of teachers is responsible for the presumption that the line is independent. In the first paragraph, please tell me that you already know that you have a lot of knowledge, you know, you know, you know, In the second paragraph, I don't know what to do. I don't know. I don't know. In the international market, there is a significant impact on the performance of the machine, the interaction between the two systems, the interaction between the host and the host, and the system. In this study, it is proposed that the results of the study should be complex. The results of this study should be based on the accuracy of the first research method (teaching method). In the first place, the method of proposing a proposal was used, and the yeast germ was used in the presumption of the ability of 6059 people to participate in the proposal. The basic knowledge of biology, the possibility of biology, and so on.