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海洋微生物群集の解析と利用

海洋微生物群落分析与利用

基本信息

批准号：
05F05645
负责人：
丸山明彦
金额：
$ 1.54万
依托单位：
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

海洋は、地球表層の約2/3を占め、陸上とは異なるさまざまな特徴を有している。中でも、海底熱水活動域やガスハイドレード海域、油田採掘・石油汚染海域などには様々な未知微生物の存在が期待されるが、分離培養困難なものが多いためその機能の多様性や有用性についてはほとんど不明なままである。そこで本研究では、従来の標的遺伝子特異的プライマー検出法に加え転移制御遺伝子領域を標的とした未知遺伝子探索手法の導入、改良を図り、上述した海洋の極限・汚染環境微生物試料を対象に効率的なメタゲノム解析手法として確立するとともに、環境指標性の高い機能遺伝子情報の収集や解析、利用を図ることを主な目的とした。今年度は、前年度までに開発した新しいプライマーセットを用い、海底熱水活動域試料よりさらに多くの機能遺伝子情報を取得した。その中には、Transporter, Transferase, Oxidoreductase, Aminopeptidase, Glutamate synthetase等に近縁な機能性タンパク質が含まれ、その計40個余りのほとんどが新規性の高いものであることを明確にした。また、この系を制御している酵素(Integrase)遺伝子についても、見出した11個の内のほとんどが新タイプのものと推定された。前者の一部遺伝子については、大腸菌での発現も可能であった。これらの結果は、これまで人間活動周辺環境試料で蓄積されてきた知見を大きく塗り替えるものであることから、その信頼性や特殊性等について検討を、さらに海外の専門家と共同で実施した。国際誌に論文投稿を行なうとともに、知財の確保を図った。

About 2/3 of the earth's surface is occupied by the ocean, and the land is different. The existence of unknown microorganisms is expected to be difficult to isolate and cultivate, and the diversity of functions and usefulness are unknown. This study aims to introduce and improve the methods for detecting and identifying the target genes in the target gene domain, and to establish the methods for analyzing and identifying the target genes in the target gene domain. This year, new information was developed on the use of hot water samples and on the acquisition of functional information. There are more than 40 functional components such as transporter, transferase, Oxidoreductase, Aminopeptidase, Glutamate synthase, etc. The enzyme (Integrase) gene was found in 11 of the 11 inner regions. The former is a part of the genetic code, and the latter is likely to occur. The results show that the environmental samples accumulated during the human activity cycle are mainly observed in the environment, and the information and particularity of the samples are discussed in the environment. International journal paper submission, knowledge and financial security