新規β-カテニン/TCF標的遺伝子DKK1の解析

新型β-catenin/TCF靶基因DKK1分析

• 批准号: 05J11469
• 负责人: 新井田 厚司
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05J11469/
• 关键词: 統合的バイオインフォマテクス; 遺伝子発現制御プログラム; 癌; 発癌; 転写制御; 転写因子; モチーフ; プロモーター; ターゲット遺伝子; 発現プロファイル; 大腸癌

発癌過程における遺伝子発現制御プログラムの変化の全体像を描くことを最終目的とし、発癌を制御する転写因子(トランスエレメント)及び、転写制御モチーフ(シス・エレメント)の包括的な探索のため、新たに転写因子結合モチーフ、プロモーター等の遺伝子発現制御配列、遺伝子の発現プロファイルデータをイン・シリコ統合し、遺伝子発現制御ネットワークを解析する方法を開発している。これまでにプロモーター配列を考慮にいれベイジアンネットワークを用いたシステムをイン・シリコにおいて構築した。このシステムは、配列解析にから各遺伝子を制御するシスエレメントを予測し、データベースを構築、これら各エレメントの組み合わせにより各遺伝子の発現(各サンプルグループにおいての発現のup-or down-regulation)が規定されるとの仮定のもと、与えられた発現プロファイルデータを説明するために最適なシスエレメントの組み合わせを探索することができる。この方法を乳癌の発現プロファイルデータに適用し、E2F, ETS, NRF1,NFYの結合モチーフが乳癌の悪性度と相関することを見出した。現在の癌についても同様の解析を行っている。またエンハンサー配列データ、3'UTRデータ(miRNA制御モチーフ)についても、同様の手法により、ある程度、解析できることを確認したがまだ不完全なので今後改良を続ける。

The process of cancer is still controlled Exploration of the contents included in the する転书法(トランスエレメント) and び、転书淢チーフ(シス・エレメント)のため, 新たに転WRite factor combined with モチーフ, プロモーターetc.の缝子発 appear to control the arrangement, 缝子の発见プロフThe ァイルデータをイン・シリコintegrationし, the remaining ポ子発existing imperial ネットワークをanalytic する methodを开発している.これまでにプロモーター配array にいれベイジアンネットワークを Use いたシステムをイン・シリコにおいて to build した.このシステムは, arrangement analysis にからeach legacy 伝子をcontrol するシスエレメントを expected し, データベースをconstruct, これらeach エレメントの组み合わせにより 　　　　　　　 (　　　　プルグループにおいての発appearの発appear-or down-regulation) and regulationsイルデータを Description するためにMost suitable なシスエレメントのgroup み合わせをExplore することができる. This method is suitable for breast cancer detection, E2F, ETS, NRF1, NFY is related to the degree of breast cancer and its association with breast cancer. Now the cancer is the same as the analysis of the cancer.またエンハンサーmatching データ, 3'UTR データ (miRNA controlled モチーフ) についても, the same The technique of 様のにより, the degree of analysis, the confirmation of the analysis and the incompleteness of the technique will be improved in the future.