組合せ的転写制御ネットワークを解明する為のアルゴリズムとコンピュータツールの開発

开发算法和计算工具来阐明组合转录调控网络

• 批准号: 17710167
• 负责人: 加藤 護
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17710167/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 転写制御; マイクロアレイ; ウェブツール; 遺伝子ネットワーク; ゲノム

本年度の目的は、DNA-タンパク相互作用データにタンパク-タンパク相互作用データを組合せ、転写上流の遺伝子ネットワークを解明するウェブツールの開発であり、今期、これを達成した。本ツールは以下の特徴を持つ。1.転写におけるシス遺伝子をネットワーク図のキーとし、それとつながる転写因子をDNA-タンパク相互作用データから得、さらにそれとつながる転写上流のタンパク質をタンパク-タンパク相互作用データから得、そのネットワークを図示する。2。転写上流のタンパク質に関し、タンパク複合体データも処理及び可視化が可能。3.マイクロアレイデータの結果と組合せ、遺伝子の絞り込みが可能。4.コンピュータに詳しくないユーザーでも扱えるグラフィカルなウェブツールであり、ステップ・バイ・ステップ方式で解析が可能。5.昨年度開発されたツールの出力結果を使い、シス遺伝子の上流配列における転写因子モチーフスコアを可視化する機能も備え、昨年度のツールと統合化。本ツールが持つこれらの特徴は、転写制御における遺伝子ネットワークを効率的に分析する事を可能にすると考えられる。昨年度のツールと併せ、本プロジェクトで開発されたツールはhttp://emu.src.riken.jp/において、インターネットを通じて世界中に公開されており、誰でも無償で利用できる。また本年度、研究成果は国際学会The Biology of Genomes(Cold Spring Harbor, NY, USA), 20^<th>IUBMB and 11l^<th> FAOBMB Congress(Kyoto, Japan), GIW2006(Yokohama, Japan),APBC2007(Hong Kong, China)、及び国内学会日本分子生物学会2006において発表された。(開発されたツールに関する論文は投稿され、現在改訂中である。)

The purpose of this year, the DNA- system interaction system, the system of the interaction system, the system and the system. The following special information is required for this account. 1. Write