植林樹種ユーカリのHis-Aspリン酸リレー情報伝達遺伝子群の網羅的解析

人工林桉树His-Asp磷酸中继信号基因综合分析

• 批准号: 17710168
• 负责人: 金子 貴一
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Kazusa DNA Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17710168/
• 关键词: 樹木; ユーカリ; シグナル伝達; ゲノム情報; 遺伝子ファミリー; ヒスチジンキナーゼ

ユーカリゲノムにおけるHis-Aspリン酸リレー関連因子遺伝子ファミリーの構成を把握するため、ゲノム配列、およびcDNA配列の調査をおこなった。まずゲノムプロジェクトで得られた配列情報を整理し、遺伝子領域を予測した。予測にはアノテーションパイプライン(Kazusa Annotation-production system)を用い、ゲノム配列上に当該遺伝子ファミリーに属する15ヒスチジンキナーゼ(HK)、8リン酸基転移メディエーター(HPt)、24レスポンスレギュレーター(RR)、について遺伝子構造領域を合計47予測した。EcRR4とEcRR5、EcHP3とEcHP5はゲノム上でタンデムに位置しており、これらの組は最近の遺伝子重複によって生じたと考えられる。HKsのcDNAクローンはシロイヌナズナのエチレンレセプター(ETR1,ETR2,EIN4)の3オルソログ、サイトカイニンレセプター(AHK3,CRE1)の3オルソログ、シグナル伝達系因子(CKI2)オルソログ、ファイトクロム(PHYA,PHYB)2オルソログについて配列を決定した。AHK3オルソログは2遺伝子存在する(73%identity)。CRE1のオルソログ(EuHK13)にはコード領域内のエキソン構成に違いがあり、CRE1の2つのエキソンにそれぞれイントロンの挿入が認められた。RRsとHPtのcDNAクローンについてはTypeAが3、TypeBが3、RR様因子が4遺伝子、AHP1ホモログの配列が決定された。スプライシングバリアントは、EcHK1,EcHK11,EcHK13,EcPHYA,EcPRR2,EcRR14,EcRR12で認められた。EcHK11(AHK3オルソログ)では、開始コドンを含む領域を選択的にスプライスアウトするバリアントが存在していることから、N末端の構造が異なる2種の翻訳産物の存在が予測される。

The composition of His-Asp gene and cDNA sequence was investigated. It is necessary to use the webpage to organize the listed information and predict the genetic sub-field. In the prediction, the Kazusa Annotation-production system (Kazusa Annotation-production system) was used, and a total of 47 prediction areas were allocated. EcRR4, EcRR5, EcHP3, EcHP5, EcRR 4, EcRR 5, EcRR 5, EcRR 6, EcRR 6, EcRR 7, EcRR 8, EcRR 9, EcHP 9, EcRR 9, EcHP 9, EcRR 9, EcRR HKs 'cDNA library is a 3-point library, a 3-point library, a 2-point library, a library, a AHK3 2 (73% identity). CRE1's software (EuHK13) is composed of software components in the domain of software, CRE1's 2's software components, and CRE1's software components. RRs and HPt cDNA are assigned to TypeA = 3, TypeB = 3, RR factor = 4, AHP = 1, and the sequence is determined. EcHK1, EcHK11, EcHK13,EcPHYA,EcPRR2,EcRR14,EcRR12 HK 11(AHK3) is the first to detect the presence of two types of inversion products with different structures at the N-terminal and the first to detect the presence of two types of inversion products at the N-terminal.