Normal mode analysis of proteins using an elastic network model in dihedral angle space

使用二面角空间中的弹性网络模型进行蛋白质的正则模式分析

• 批准号: 18500227
• 负责人: WAKO Hiroshi
• 金额: $ 2.76万
• 依托单位: Waseda University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18500227/
• 关键词: タンパク質立体構造のダイナミクス; 基準振動解析; PDB; データベース; タンパク質のダイナミクス; 弾性ネットワークモデル; 分子構造表現

タンパク質立体構造の動的特性を明らかにするために、二面角を独立変数とし、弾性ネットワーク近似を取り入れた基準振動解析プログラムPDBηを開発した。これまでわれわれが行ってきた精密モデルによる計算結果やProtein Data Bank(PDB)の温度因子と比較し、評価したところ、この近似計算の妥当性が確認された。このプログラムは、これまでのわれわれの計算では扱えなかったDNAやリガンドなども計算対象とすることが可能であり、しかも、すべての構成原子を考慮しても、その計算時間は比較的短くて済むため、PDBのほとんどのデータに対応することができる。したがってPDBのデータに対して網羅的な計算が可能であり、今後、タンパク質立体構造ダイナミクスのデータベース構築やさまざまなタンパク質間の比較研究に役立つものと期待できる。

タ ン パ ク mass three-dimensional structure dynamic characteristic を の Ming ら か に す る た め に, dihedral を independence - several と し, 弾 ネ ッ ト ワ ー ク approximate を take り れ た benchmark vibration analytical プ ロ グ ラ ム PDB eta を open 発 し た. こ れ ま で わ れ わ れ が line っ て き た precision モ デ ル に よ る results や Protein Data Bank (PDB) の temperature factor と し and review 価 し た と こ ろ, こ の approximate calculation の justice が confirm さ れ た. こ の プ ロ グ ラ ム は, こ れ ま で の わ れ わ れ の computing で は Cha え な か っ た DNA や リ ガ ン ド な ど も calculation as と seaborne す る こ と が may で あ り, し か も, す べ て の component atoms を consider し て も, そ の short calculation time は comparison く て 済 む た め, PDB の ほ と ん ど の デ ー タ に 応 seaborne す る こ と が で き る. し た が っ て PDB の デ ー タ に し seaborne て snare な calculation が may で あ り, in the future, タ ン パ ク mass three-dimensional structure ダ イ ナ ミ ク ス の デ ー タ ベ ー ス build や さ ま ざ ま な タ ン パ ク の comparative study between qualitative に servants made つ も の と expect で き る.

项目成果

早稲田大学複雑系高等学術研究所編『複雑系の構造と予測』(共立出版):タンパク質分子の立体構造転移

《复杂系统的结构与预测》（共立Shuppan），早稻田大学复杂系统高等研究所编（共立出版）：蛋白质分子的构象转变

• 发表时间: 2006
• 作者: 輪湖博;安部晴男
• 通讯作者: 安部晴男

蛋白質2分子複合体の基準振動の包括的解析

蛋白质双分子复合物参考振动的综合分析

• 发表时间: 2007
• 作者: 猿渡 茂;輪湖 博
• 通讯作者: 輪湖 博

T4リゾチーム変異体における動的構造-活性相関

T4 溶菌酶突变体的动态构效关系

• 发表时间: 2006
• 作者: 猿渡 茂;柳田 直人;輪湖 博
• 通讯作者: 輪湖 博

基準振動解析における結合モードに基づくタンパク質複合体動的構造の分類

标准振动分析中基于结合模式的蛋白质复合物动态结构分类

• 发表时间: 2008
• 作者: 猿渡茂;輪湖博
• 通讯作者: 輪湖博

タンパク質複合体の基準振動における結合モードの解析

蛋白质复合物正常振动中的结合模式分析

• 发表时间: 2008
• 作者: 猿渡茂;佐々木彰吾;輪湖博
• 通讯作者: 輪湖博