Normal mode analysis of proteins using an elastic network model in dihedral angle space

タンパク質立体構造の動的特性を明らかにするために、二面角を独立変数とし、弾性ネットワーク近似を取り入れた基準振動解析プログラムPDBηを開発した。これまでわれわれが行ってきた精密モデルによる計算結果やProtein Data Bank(PDB)の温度因子と比較し、評価したところ、この近似計算の妥当性が確認された。このプログラムは、これまでのわれわれの計算では扱えなかったDNAやリガンドなども計算対象とすることが可能であり、しかも、すべての構成原子を考慮しても、その計算時間は比較的短くて済むため、PDBのほとんどのデータに対応することができる。したがってPDBのデータに対して網羅的な計算が可能であり、今後、タンパク質立体構造ダイナミクスのデータベース構築やさまざまなタンパク質間の比較研究に役立つものと期待できる。

タンパク質立体構造の動的特性を明らかにするために、二面角を独立変数とし、弾性ネットワーク近似を取り入れた基準振動解析プログラムPDBηを開発した。これまでわれわれが行ってきた精密モデルによる計算結果やProtein Data Bank(PDB)の温度因子と比較し、評価したところ、この近似計算の妥当性が確認された。このプログラムは、これまでのわれわれの計算では扱えなかったDNAやリガンドなども計算対象とすることが可能であり、しかも、すべての構成原子を考慮しても、その計算時間は比較的短くて済むため、PDBのほとんどのデータに対応することができる。したがってPDBのデータに対して網羅的な計算が可能であり、今後、タンパク質立体構造ダイナミクスのデータベース構築やさまざまなタンパク質間の比較研究に役立つものと期待できる。