正常大腸粘膜および大腸癌におけるプロテオーム解析と癌特異的タンパク質の機能解析

正常结肠粘膜和结肠癌中癌症特异性蛋白的蛋白质组分析和功能分析

• 批准号: 18790462
• 负责人: 森下 朝洋
• 金额: $ 2.37万
• 依托单位: Kagawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18790462/
• 关键词: 大腸癌; 肝癌; マイクロRNA

現在、大腸癌，肝癌特異的タンパクを同定するため、タンパク発現を規定する338種類のマイクロRNAの網羅的解析を行い，癌特異的なマイクロRNAを抽出している。そして、ゲノムチップを用いて、そのマイクロの同定中である。その後発現プロファイルの解析は、従来の統計学的方法のみならずマイクロアレイに適した統計的手法 SAM(Significant Analysis of Microarray）、RDAM(Rank Difference Analysis of Microarray)などを用いている。また、クラスタ解析には、教師なし階層約クラスタリングに加え、非階層的クラスタリング手法である K-means、SOM (Self Organizing Map)や、精度の高い予測因子を絞り込むために教師あり学習分類である SVM (Support Vector Machine)、K-NN(K-Nearest Neighbor)などの方法を用い解析中である。現在、肝癌、大腸癌において増強したマイクロRNAは16個、減少しているRNAは13個である。現在、癌において増強したマイクロRNAおよび減少したマイクロRNAがどのタンパクに影響をあたえているか解析する。肝癌において極めて減少していたマイクロRNA-527は、そのターゲット予測プログラムを用い解析すると、glypican 3が予測され、現に極めてマイクロRNA-527が減少している肝癌においてglypican 3の発現が減弱している。

At present, colorectal cancer, liver cancer specific gene expression is determined, and the detection of 338 kinds of RNA is determined. Cancer-specific RNA is extracted.そして、ゲノムチップを用いて、そのマイクロの同定中である。The statistical methods used in the analysis of microarrays include SAM(Significant Analysis of Microarray) and RDAM(Rank Difference Analysis of Microarray). K-means, SOM (Self Organizing Map), high accuracy prediction factor, SVM (Support Vector Machine), K-NN(K-Nearest Neighbor), etc. Now, liver cancer, colorectal cancer, increase in RNA, decrease in RNA, 13. Now, the cancer is increasing and the RNA is decreasing. Liver cancer is extremely reduced in the presence of glypican 3, and the presence of glypican 3 in liver cancer is reduced in the presence of glypican 3.