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遺伝子ネットワークとしての生命システムの進化解析とそのための計算手法の開発

作为基因网络的生物系统的进化分析以及为此目的开发计算方法

基本信息

批准号：
07J01905
负责人：
岩崎渉
金额：
$ 1.22万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

初の生物ゲノムとしてのインフルエンザ菌ゲノムの解読から10年以上が経過した.その間,解読済みゲノム配列の数は驚異的なペースで増え続け,間もなく1000に届こうとしている.このことは,これら大量のゲノム配列情報を生物種横断的に用いてゲノムの進化過程を再構築することにより,ゲノムやそこにコードされた遺伝子群がどのようにして現在の姿になったのかを探ることが可能になったことを意味する.本年度は,前年度に開発した数百生物種規模のゲノム配列情報をもとに過去の生物種がどのような全遺伝子のセットを持っていたかを高い信頼度で効率よく推定するための新規手法を160種の原核生物ゲノムデータに適用し,代謝パスウェイの進化過程の再構築・解析を行った.そして,パスウェイは個々の遺伝子の獲得以上に活発かつ急激に獲得されてきたこと,この進化は遺伝子グループとしての遺伝子水平伝播によること,そして,その中でも初期のパスウェイ獲得は異なる系統群間で有意に同時代的に起こったことを明らかにした.この結果をもとに,原核生物のコミュニティ内での双方向的な遺伝子水平伝播によって代謝パスウェイの獲得が促進される,という新たな進化モデルを提案した.現在100を超えるメタゲノム解析プロジェクトが進行中であり,この数は超高速シーケンサの普及などによってさらに増えていくと考えられる.今後,これらのメタゲノムデータを解析していくことにより,新規代謝パスウェイが原核生物コミュニティ内においてどのように実際に獲得されるかについての研究が進展していくことが期待される.

For the first time, the biological system has been around for more than 10 years. In the middle of this year, you will not be able to arrange the distribution of the number of customers, and you will be able to do so in the year 1000. In recent years, a large number of information systems have been installed to improve the process of the biological system, and then the process will be improved. The impact on the sub-group of the health care subgroup may be affected. This year, in the previous year, hundreds of biological models were introduced. In the past, all biological models were used to maintain a high level of reliability. This year, we began to use hundreds of biological models in the previous year. In the previous year, we began to use hundreds of biological models in the previous year. In the past year, we began to use hundreds of biological models in the previous year. In the past year, we began to use hundreds of biological models in the previous year. In the middle of the second half of the year, we have received the following information about the emergency of the above-mentioned mobile phones, and we have improved the level of broadcast at the sub-level in the middle of the country. in the middle of the year, in the early days of the middle of the year, it is possible that the system system is interested in getting started at the same time. The results showed that prokaryotes were able to improve their ability to improve their ability to improve the quality of their parents, and the proposal for the improvement of both sides was improved. At present, the 100-year high-speed traffic analysis system is in progress, and the number of ultra-high-speed vehicles is very high. From now on, the new regulations will affect the development of international research in prokaryotes, and we are looking forward to the further development of research.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A Prototype Platforml for Flexible CompariSon Analyses of Interactions and Pathways

用于灵活比较分析相互作用和路径的原型平台

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
松崎仁美;谷本啓司;松崎仁美;Wataru Iwasaki;Wataru Iwasaki;Wataru Iwasaki;Wataru Iwasaki;Wataru Iwasaki;岩崎渉;Hiroshi Fukagawa
通讯作者：
Hiroshi Fukagawa

Rapid Pathway Evolution Facilitated by Horizontal Gene Transfers across Prokaryotic Lineages