Rab GTPase Sec4pと、そのエフェクターによる開口放出制御の構造基盤

Rab GTPase Sec4p 及其效应子控制胞吐作用的结构基础

• 批准号: 07J09655
• 负责人: 佐藤 裕介
• 金额: $ 1.73万
• 依托单位: The University of Tokyo (2009)Tokyo Institute of Technology (2007-2008)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07J09655/
• 关键词: X線結晶構造解析; ユビキチン; 小胞輸送; 低分子量GTPase; シグナル伝達; グアニンヌクレオチド交換因子

Sec4pとそのエフェクターに関する研究については複合体の結晶を得ることができず進捗がなかった。一方、平行して昨年度実施したRAP80及びTAB2・TAB3によるK63結合型ポリUb鎖特異的認識機構についての研究は、結晶構造からそのメカニズムを明らかとし成果は学術誌に掲載された。ユビキチン(Ub)は76残基からなるタンパク質で、標的タンパク質のリジン残基とイソペプチド結合を介して結合することでタンパク質の機能を制御する。また、結合したUbのリジン残基にさらにUbが付加して形成されるポリUb鎖によって標的タンパク質の機能を制御することも多く、この場合どのリジン残基を用いてポリUb鎖を形成するかでその役割は異なってくる。細胞内で最も多く存在しているのはK48結合型のポリUb鎖でプロテアソームによる分解シグナルとして働く。一方、K63結合型ポリUb鎖はプロテアソーム系ではなく、タンパク質合成、受容体の分解、DNAの修復、免疫や炎症に関わる細胞内シグナル伝達といった様々な生命現象に関与する。例えば、K63結合型ポリUb鎖はDNA二重鎖切断が生じた部位に形成され修復シグナルとして働き、RAP80はK63結合型ポリUb鎖を認識し、様々な修復酵素をDNA損傷部位へと集める働きを持つ。また、TNFαなどのサイトカインの刺激によりK63結合型ポリUb鎖が形成され、TAB2・TAB3がK63結合型ポリUb鎖を特異的に認識することで最終的にNF-κBシグナルが活性化される。我々はRAP80及びTAB2・TAB3のK63結合型Ub二量体の複合体の結晶構造をそれぞれ決定し、Lys63結合型ポリUb鎖の特異的認識メカニズムを明らかにした。この成果はどちらも「The EMBO Journal」に掲載された。

Sec4p was successful in the study of the complex. The results showed that there was no significant difference between the two. On the one hand, parallel organizations conducted the study of RAP80 and TAB2 ·TAB3 K63 combined Ub last year, and the results of the research and analysis were used to study the results of the online learning program. This is the most important part of the system. (Ub) 76 residues. This is the most important part of the system. The combination of the two methods is used to control the system. In combination with the Ub residue, the Ub is added to form the equipment that can control the operation of the vehicle, and the vehicle Ub is used to form the equipment of the vehicle. The most abundant intracellular DNA exists. There is a combination of Ub and K48. There is a breakdown of DNA in the cell. On the other hand, the combination of K63 and Ub has been shown to be sensitive, synthesize, decompose the receptor, repair the DNA, and immunize the inflammatory cells. For example, K63 combined Ub DNA double cut off the raw parts of the body to form a modified Ub, a K63 combined Ub, and a modified enzyme DNA. For example, the combination of K63, TAB2, TAB3, K63, TAB2, TAB3, K63, kappa, and so on. We use RAP80 and TAB2 ·TAB3 K63 hybrid Ub binary complex crystals to determine the accuracy of the complex, and to determine the accuracy of the Lys63 combination of UbBQ Ub. The results show that "The EMBO Journal" does not need to be completed.

项目成果

Crystallization and crystallographic analysis of yeast Sec2p, a guanine nucleotide-exchange factor for the yeast Rab GTPase Sec4p.

• DOI: 10.1107/s1744309107027121
• 发表时间: 2007-07
• 期刊: Acta crystallographica. Section F, Structural biology and crystallization communications
• 作者: Yusuke Sato;S. Fukai;O. Nureki

Crystal structure of the NEMO ubiquitin‐binding domain in complex with Lys 63‐linked di‐ubiquitin

• DOI: 10.1016/j.febslet.2009.09.028
• 发表时间: 2009-10
• 期刊: FEBS Letters
• 影响因子: 3.5
• 作者: A. Yoshikawa;Yusuke Sato;M. Yamashita;Hisatoshi Mimura;A. Yamagata;S. Fukai

RAP80によるK63結合型ポリユビキチン鎖特異的認識機構のメカニズム

RAP80对K63连接的多聚泛素链特异性识别机制

• 发表时间: 2009
• 作者: 佐藤裕介;吉川梓;三村久敏;山下雅美;山形敦史;深井周也
• 通讯作者: 深井周也

Crystal structure of the Sec4p-Sec2p complex in the nucleotide exchanging intermediate state

• DOI: 10.1073/pnas.0701550104
• 发表时间: 2007-05-15
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Sato, Yusuke;Fukai, Shuya;Nureki, Osamu
• 通讯作者: Nureki, Osamu

Structural insight into the membrane insertion of tail-anchored proteins by Get3

• DOI: 10.1111/j.1365-2443.2009.01362.x
• 发表时间: 2010-01-01
• 期刊: GENES TO CELLS
• 影响因子: 2.1
• 作者: Yamagata, Atsushi;Mimura, Hisatoshi;Fukai, Shuya
• 通讯作者: Fukai, Shuya