配列情報解析と局所構造パターン分類を融合した新たなタンパク質立体構造予測法の開発

开发结合序列信息分析和局部结构模式分类的新型蛋白质结构预测方法

• 批准号: 18700297
• 负责人: 富井 健太郎
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18700297/
• 关键词: タンパク質; 配列プロファイル; データベース; 立体構造予測; 配列情報解析

タンパク質中の任意の残基位置における局所構造がアミノ酸残基置換パターンに大きな影響を及ぼすという作業仮説に基づき,配列プロファイルの情報と局所構造パターンに依存したアミノ酸出現傾向の相関に関する解析および,その立体構造予測への応用について研究を行った。前年度の分類結果に基づき,任意の予測対象タンパク質アミノ酸配列のプロファイルに対して強い正の相関を示す位置依存的アミノ酸出現傾向を示す局所構造領域を列挙し,ある一定の誤差を許しつつそれらを組み合わせ,モデルを構築するための手法を開発した。当面の自標である低解像度の立体構造予測には,前年度の結果より,閾値を2Åよりも大きくとることとした。実際の予測,特にその感度の面においては,任意の一つのパラメータセットによる分類結果のみを予測に使用するだけでなく,本研究で分類された配列プロファイルと強い正の相関を示す位置依存的アミノ酸出現傾向を示す局所構造領域を全て予測に用いることが有益であった。これは,アミノ酸残基置換パターンに影響を及ぼず立体構造空間上の範囲(領域)や要因が必ずしもある一つのパラメータセットによる分類だけにはおさまらないことを示唆するのかもしれない.また,例えばタンパク質の疎水性コアなどにおいて,相関値のみでは正解構造の判別が困難な領域が視うけられた。このため,より精度の良い構造予測の達成には,例えば二次構造要素の両端など特に強い相関が認められる複数の非常に信頼度の高い予測領域の立体構造を固定し,それ以外の領域について当初の予定より大規模な範囲での構造空間の探索を行うなどの修正が次の段階には望まれることがあきらかとなった。

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项目成果

Correlation between amino acid preferences and patterns of residue packing in globular proteins

球状蛋白中氨基酸偏好与残基堆积模式之间的相关性

• 发表时间: 2008
• 作者: Kentrao Tomii;Kentaro Tomii;Kentaro Tomii
• 通讯作者: Kentaro Tomii

Tertiary structure prediction of CASP7 targets using exhaustive modeling and evaluation

使用详尽的建模和评估进行 CASP7 目标的三级结构预测

• 发表时间: 2006
• 期刊: Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (venth Meetin)
• 作者: Kentrao Tomii;Kentaro Tomii
• 通讯作者: Kentaro Tomii

Statistical Features of the Residue Environment in Proteins

蛋白质中残留环境的统计特征

• 发表时间: 2007
• 期刊: RECOMB2007 Poster Abstracts
• 作者: Kentrao Tomii

水溶性球状タンパク質中の残基環境の統計解析

水溶性球状蛋白残留环境统计分析

• 发表时间: 2007
• 作者: Kentrao Tomii;Kentaro Tomii;Kentaro Tomii;富井 健太郎
• 通讯作者: 富井 健太郎