重水素交換情報を利用した精度の高い蛋白質同定怯の開発

利用氘交换信息开发高精度蛋白质鉴定方法

• 批准号: 18700291
• 负责人: 川上 隆雄
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Tokyo Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18700291/
• 关键词: プロテオーム; 質量分析; H; D交換; 質量シフト; 蛋白質の同定; LC-MS; MS; プロダクトイオンスペクトル; ペプチド混合物; 翻訳後修飾

生体由来の目的の試料から蛋白質を同定する工程は、生物科学研究において必須のステップである。現在では、質量分析法(MS)と配列データベース検索を組み合わせた方法論がほぼ確立しており、基礎研究ばかりでなく、臨床マーカー探索などの応用分野にも利用されている。この方法論の適用に際しては、検索結果の中に含まれる多くの偽陽性ヒットの取り扱いと、最低一個のペプチド割り当てから同定の信頼性を確保することが重要な課題である。本研究は、軽水素/重水素(H/D)交換反応によるペプチド分子の質量シフト、および質量シフト値を蛋白質同定の評価基準として導入することをおもな目的とした.本年度は,昨年度までに確立した交換反応条件を液体クロマトグラフィー/タンデム質量分析(LC-MS/MS)に適用することを試みた.重水(D_2O)中の重水素(D)の逆交換を抑えるため,溶媒ボトルを開放したまま溶媒に対して高純度ヘリウムガスを連続注入する装置を自作した.また,H/D交換情報を用いるデータベース検索アルゴリズムの開発は,次回以降の研究計画に残された.プロテオミクスをはじめとする生体高分子の網羅的解析の手段として,MSがおおいに活用されている.装置の質量分解能と精度の向上はいずれの分野においても重要な課題であり,これまでに国内外問わず多くの優れた機種が研究者の手に渡ってきた.本研究の目的のひとつは,上位機種に頼らずに測定方法の改良によって装置の性能を最大限に引き出すことであった.申請者は,このアプローチが研究全体の費用対効果の側面からみても意義があると考えている.

The purpose of this study is to determine the same level of protein engineering and biological science research in biological science. At present, quantitative analysis (MS) is used to determine the accuracy of the method, the basic research method, the method of quantitative analysis and the method of quantitative analysis (MS). In the discussion of the methods and methods, the information contained in the results of the international trade agreement and the request results will be used to determine the number of key issues in the database, and the lowest one will be the same as that of the customer. In this study, water

项目成果

Use of deuterium exchange reactions for mass spectrometric protein identification with more reliability

使用氘交换反应进行更可靠的质谱蛋白质鉴定

• 发表时间: 2006
• 期刊: Abstracts of the 17th International Mass Spectrometry
• 作者: Gyorgy Marko-Varga;et. al.;佐々木裕子;桂善也;Takao Kawakami
• 通讯作者: Takao Kawakami

質量分析より取得されるプロテオーム情報の高精度化

提高质谱获得的蛋白质组信息的准确性

• 发表时间: 2007
• 作者: 川上隆雄;荻原淳;加藤治文
• 通讯作者: 加藤治文

2D-HPLC LC-MSによるMycoplasma penetransのリポ蛋白発現ならびにpyruvate代謝の解析

2D-HPLC LC-MS 分析穿透支原体脂蛋白表达和丙酮酸代谢

• 发表时间: 2006
• 期刊: 日本細菌学雑誌 61・1
• 作者: Gyorgy Marko-Varga;et. al.;佐々木裕子
• 通讯作者: 佐々木裕子

糖尿病増殖網膜症における硝子体蛋白の部位別検討

糖尿病增殖性视网膜病变中玻璃体蛋白的位点特异性研究

• 发表时间: 2006
• 期刊: 糖尿病 49・Suppl.1
• 作者: Gyorgy Marko-Varga;et. al.;佐々木裕子;桂善也
• 通讯作者: 桂善也

Proteomic analysis of stage I primary lung adenocarcinoma aimed at individualization of postoperative therapy

I 期原发性肺腺癌的蛋白质组学分析旨在实现术后治疗的个体化

• 发表时间: 2008
• 期刊: British Journal of Cancer 98
• 作者: Junichi Maeda;Takashi Hirano;Atsushi Ogiwara;Shingo Akimoto;Takao Kawakami;Yousuke Fukui;Toshinori Oka;Yunbo Gong;Ran Guo;Hidehiro Inada;Kimitoshi;Nawa;Masakazu Kojika;Yasuhiro Suga;Tatsuo Ohira;Kiyoshi Mukai;Harubumi Kato
• 通讯作者: Harubumi Kato