权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

信頼性の高い蛋白質同定のための質量分析データ検索アルゴリズムの開発

开发用于可靠蛋白质鉴定的质谱数据搜索算法

基本信息

批准号：
16700277
负责人：
川上隆雄
金额：
$ 2.37万
依托单位：
Tokyo Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2005
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16700277/
关键词：
Protein indentification Mass spectrometry Liquid chromatography Probatility score-based clution correlation Detabasae search Mycoplasma False positive peptide assignment Product ion spectra Elution time prediction Hepatitis B virus core

项目摘要

質量分析法(MS)と配列データベース検索を組み合わせた蛋白質同定法は、プロテオミクスをはじめとする生物科学の分野で広範に使用されている。とくに生体試料中に含まれる複数の蛋白質を一度に同定する際には、液体クロマトグラフィー(LC)と直結したタンデム質量分析(MS/MS)システムによって、多数のペプチド由来のプロダクトイオンスペクトルを取得するアプローチが採られる。そのデータの生産性は高い反面、自動取得されたこれらスペクトルをそのまま市販のソフトウエアを用いてデータベースに対して検索にかけると、一般に多くの偽陽性ヒットが生じる。今回開発したプログラムでは、各プロダクトイオンスペクトルに割り当てられたペプチド配列から予測されるLC溶出時間とその実測値との間の相関を取り、一定の誤差範囲内に収まるスペクトルを蛋白質同定スコアの計算に用いた(確率スコアに基づく溶出相関(Probability Score-based Elution Correlation, PSEC))。本年度は、この方法をMycoplasma penetrans細胞画分の発現プロテオーム解析に適用した。現在までのところ、全1038個の予想コード配列(ORF)のうち、約70%に相当する728個の蛋白質を同定している。また、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS PAGE)の分離方向に沿って各蛋白質の合計スコアを分布させることによって、ペプチドヒットを基にした同定結果を評価する手順を示した(インタクト蛋白質表示、Intact protein index)。以上の試みは、大量のMSデータから有効な情報を選別する手段として、さらに精度の高いプロテオーム解析技術の確立に貢献できる。

Mass spectrometry (MS) is used in the field of biological sciences. The biological sample contains a plurality of proteins, which can be obtained from a single sample by mass analysis (MS/MS) and liquid chromatography (LC). In general, false positives are generated when the product quality is high, when the product quality is high, when the product quality is In this paper, the Correlation between the estimated LC dissolution time and the measured value was obtained within a certain error range. The correlation between the estimated LC dissolution time and the measured LC dissolution time was calculated using the Probability Score-based Elution Correlation (PSEC). This year, the method was applied to the development and analysis of Mycoplasma penetrans cell lines. At present, there are 1038 expected ORFs, about 70% of which correspond to 728 proteins. In addition, the total protein distribution along the separation direction of SDS PAGE was evaluated according to the sequence of the determination results (protein expression, Intact protein index). The above attempts contribute to the establishment of a number of MS data separation methods and high accuracy resolution techniques.