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ゲノムDNAの精密有機化学合成

基因组DNA的精密有机化学合成

基本信息

批准号：
18750144
负责人：
大窪章寛
金额：
$ 2.37万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18750144/
关键词：
ゲノム核酸有機化学高分子化学

项目摘要

本研究は、10万塩基対以上の細菌のゲノムDNAを迅速かつ高純度で化学合成することを最終目的としている。汎用されているホスホロアミダイトDNA合成では、固相担体上に一塩基ずつ鎖伸長を行い、目的のオリゴヌクレオチドを得ている。しかし、数十量体のDNAオリゴマーであれば、迅速かつ高純度で安定供給が可能であるが、数百量体のDNAオリゴマーになると鎖伸長効率やデブリネーションの問題から化学合成が困難である。そこで、安定供給できる50-100量体の合成DNAオリゴマーを縮合ブロックとし、固相担体上でフラグメント合成を行うことで、10万塩基以上のDNA鎖の合成を目指して研究を進めてきた。まず、10量体程度のオリゴヌクレオチドの末端をホスホロアミダイト化、もしくはH-ホスホネート化することで縮合ブロックを合成し、その後、別途合成したオリゴヌクレオチドと様々な条件下で縮合反応を検討した。しかし、予期に反してその縮合反応効率は非常に低く、この縮合反応の繰り返しにより、非常に長いDNAの合成は困難であることが分かった。そこで、この縮合反応を効率よく行うために、縮合ブッロクを一本鎖DNAリガーゼを用いて連結させる反応を考案した。この時、縮合ブッロクを順序よく連結させるためには、オリゴヌクレオチドの5'位水酸基にピロリン酸結合を介しアデノシンを導入する必要がある。このアデニル化されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロアミダイトユニットを過剰のHOBtによって、活性化・リン酸転位反応を経て調整したリン酸化試薬を用いることで、世界で初めて、短時間に効率よく合成することに成功した。今後は、この縮合ブッロクを用いた酵素的連結反応を行い、長鎖DNAの合成を行っていく予定である。

The aim of this study is to rapidly convert DNA from more than 100 000 DNA samples to high purity DNA for chemical synthesis. DNA synthesis is a process for the synthesis of DNA on solid phase supports, and for the synthesis of DNA on solid phase supports. Tens of quantities of DNA can be obtained rapidly and stably. Hundreds of quantities of DNA can be obtained rapidly and stably. The synthesis of DNA with stable supply of 50-100 units and solid phase support was conducted. The synthesis of DNA locks with more than 100 thousand units was studied. The condensation reaction is discussed under the condition that the condensation reaction is synthesized. The efficiency of condensation reaction is very low, the efficiency of condensation reaction is very low, and the efficiency of DNA synthesis is very high. The first step is to reduce the risk of infection by reducing the risk of infection. When this happens, it is necessary to introduce the 5'-position hydroxyl group into the condensation sequence. This is the first time in the world that we've had a successful synthesis of a variety of enzymes. In the future, the condensation of DNA and the use of enzymes in the chain reaction, the synthesis of long-chain DNA

项目成果

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专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Synthesis and fluorescent properties of bi- and tricyclic 4-N-carbamoyldeoxycytidine derivatives

双环和三环4-N-氨基甲酰脱氧胞苷衍生物的合成和荧光性质

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY 72(1)
影响因子：
0
作者：
Miyata K;Mineo R;Tamanushi R;Mizuta M;Ohkubo A;Taguchi H;Seio K;Santa T;Sekine M
通讯作者：
Sekine M

Development an N-unprotected phosphoramidite method for the chemical synthesis of aminoacylated RNAs

开发一种用于化学合成氨酰化 RNA 的 N-未保护亚磷酰胺方法