Molecular mechanism of the soft structure of proteins: Analysis of interior cavities and structural changes under pressure

蛋白质软结构的分子机制：压力下内部空腔和结构变化的分析

• 批准号: 19500252
• 负责人: SODA Kunitsugu
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Nagaoka University of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19500252/
• 关键词: 柔構造; 分子動力学; 原子充填密度; 分子内空隙; 圧力効果

PDB (蛋白質立体構造データベース) に登録されている869種の蛋白質分子立体構造の網羅的解析により, 球状蛋白質は, これ迄広く認められていたよりも有意に低い原子充填密度を持つこと, 及び蛋白質分子水溶液への分子動力学模擬計算法の適用により, 球状蛋白質はTHz域に, 所謂Boson Peak に相当する振動モードを示すことを見出すと共に, その生成の分子機構を明らかにした。

PDB (protein Stereoscopic Modeling) Analysis of the Molecular Stereoscopic Network of proteins (869). Globular protein, protein, globular protein The Boson Peak system is equivalent to the vibration system to show that the system is in common use, and the molecular organization is responsible for the production of the information.

项目成果

Solvent- Reorganization Effects on Hydration Thermodynamic Quantities of Nonpolar Molecules by Molecular Dynamics Simulation

分子动力学模拟溶剂重组对非极性分子水合热力学量的影响

• 发表时间: 2008
• 作者: Shimbo;Y & Soda;K
• 通讯作者: K

Dynamics of Structural Fluctuations of Proteins and Hydration Effects

蛋白质结构波动的动力学和水合效应

• 发表时间: 2008
• 作者: Soda;K.
• 通讯作者: K.

Global Structure Analysis of Acid-Unfolded Myoglobin with Consideration to Effects of Intermolecular Coulomb Repulsion on Solution X-ray Scattering

考虑分子间库仑斥力对溶液X射线散射影响的酸解折叠肌红蛋白整体结构分析

• 发表时间: 2007
• 期刊: Biochemistry
• 影响因子: 2.9
• 作者: Seki Y;Tomizawa T;Hiragi Y & Soda;K.
• 通讯作者: K.

Dynamical Properties of Proteins as Analyzed by Molecular Volume Fluctuation

通过分子体积波动分析蛋白质的动力学性质

• 发表时间: 2008
• 作者: Soda;K.;Seki;Y.;Shimbo;Y.;Matsumoto;H.;Fujii;J.
• 通讯作者: J.

J. Soft Structure of Proteins Analyzed by Atomic Packing Density and Volume Fluctuation Dynamics

J. 通过原子堆积密度和体积涨落动力学分析蛋白质的软结构

• 发表时间: 2008
• 作者: Soda;K;Seki;Y;Mori;K;Shimbo;Y;Matsumoto;H and Fujii
• 通讯作者: H and Fujii