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Molecular mechanism of the soft structure of proteins: Analysis of interior cavities and structural changes under pressure

Molecular mechanism of the soft structure of proteins: Analysis of interior cavities and structural changes under pressure
蛋白质软结构的分子机制：压力下内部空腔和结构变化的分析
批准号：
19500252
负责人：
SODA Kunitsugu
金额：
$2.91万
依托单位：
Nagaoka University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19500252/
关键词：
柔構造分子動力学原子充填密度分子内空隙圧力効果

项目摘要

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PDB (蛋白質立体構造データベース) に登録されている869種の蛋白質分子立体構造の網羅的解析により, 球状蛋白質は, これ迄広く認められていたよりも有意に低い原子充填密度を持つこと, 及び蛋白質分子水溶液への分子動力学模擬計算法の適用により, 球状蛋白質はTHz域に, 所謂Boson Peak に相当する振動モードを示すことを見出すと共に, その生成の分子機構を明らかにした。
英文摘要
PDB (蛋白質立体構造データベース) に登録されている869種の蛋白質分子立体構造の網羅的解析により, 球状蛋白質は, これ迄広く認められていたよりも有意に低い原子充填密度を持つこと, 及び蛋白質分子水溶液への分子動力学模擬計算法の適用により, 球状蛋白質はTHz域に, 所謂Boson Peak に相当する振動モードを示すことを見出すと共に, その生成の分子機構を明らかにした。
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会议论文
Solvent- Reorganization Effects on Hydration Thermodynamic Quantities of Nonpolar Molecules by Molecular Dynamics Simulation
分子动力学模拟溶剂重组对非极性分子水合热力学量的影响
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发表时间： 2008
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影响因子： --
作者： [Shimbo, Y & Soda, K]
通讯作者： K
Dynamics of Structural Fluctuations of Proteins and Hydration Effects
蛋白质结构波动的动力学和水合效应
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发表时间： 2008
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通讯作者： K.
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发表时间： 2007
期刊： Biochemistry
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Dynamical Properties of Proteins as Analyzed by Molecular Volume Fluctuation
通过分子体积波动分析蛋白质的动力学性质
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [Soda, K., Seki, Y., Shimbo, Y., Matsumoto, H., Fujii, J.]
通讯作者： J.
共 12 条
    Structural transition of human calcitonin and molecular mechanism of fibrillization
    • 批准号：
      11680654
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $2.37万
    • 财政年份：
      1999
    • 负责人：
      SODA Kunitsugu
    • 依托单位：
      Nagaoka Universsity of Technology
    EVALUATION OF CONTRIBUTIONS FROM ELECTROSTATIC INTERACTIONS TO THERMODYNAMIC QUANTITIES OF PROTEINS
    • 批准号：
      08680716
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $1.34万
    • 财政年份：
      1996
    • 负责人：
      SODA Kunitsugu
    • 依托单位：
      NAGAOKA UNIVERSITY OF TECHNOLOGY
    Hydration Effects on the Structure and Thermodynamics of Proteins in Nonnative States
    • 批准号：
      06680646
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $1.41万
    • 财政年份：
      1994
    • 负责人：
      SODA Kunitsugu
    • 依托单位：
      Nagaoka University of Technology
    海外基金