Dynamic Pathway Prediction by Signature Analysisusing Multiple Edge

使用多重边缘的特征分析进行动态路径预测

• 批准号: 19800009
• 负责人: OHTA Yoshihiro
• 金额: $ 0.21万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19800009/
• 关键词: マルチプルエッジ; シグネチャ解析; シグネチャパスウェイ; ハブ遺伝子; シグネチャ; テキストマイニング; パスウェイ; ネットワーク

生物系公開データベースと文献情報から時間的・空間的に関連の深いパスウェイを高精度に抽出する研究を行った。また、属性となる情報を取得し、関係の近いパスウェイをクラスタリングすることで、高精度で網羅性の高いシグネチャパスウェイ知識ベースの構築を可能とした。さらに、ここで構築された知識ベースを用いて、発現データを入力とし変動しているパスウェイを自動的に同定するための予測実験を行った。

Biology public デ ー タ ベ ー ス と document information か ら time, space に masato even の deep い パ ス ウ ェ イ を high-precision に spare す る を line っ た. ま た, attribute と な る intelligence を obtain し, masato is の nearly い パ ス ウ ェ イ を ク ラ ス タ リ ン グ す る こ と で high, high precision で snare の い シ グ ネ チ ャ パ ス ウ ェ イ knowledge ベ ー ス の build を may と し た. さ ら に, こ こ で build さ れ た knowledge ベ ー ス を with い て, 発 デ ー タ を と into force し - move し て い る パ ス ウ ェ イ を automatic に with fixed す る た め の to measure be 験 を line っ た.

项目成果

Robustness of the protein interaction network.

蛋白质相互作用网络的稳健性。

• 发表时间: 2007
• 作者: Nobuhiko Oshida;Jun-ichi Kitakami;Naoko S. Nishikawa;Yoshihiro Ohta;and Sigeo Ihara and Sigeo Ihara
• 通讯作者: and Sigeo Ihara and Sigeo Ihara

MultipleSnapshots Obtained Using Genomic TilingArrays Reveal the Dynamics ofTranscription in Human UmbilicalEndothelial Cells

使用基因组平铺阵列获得的多个快照揭示了人脐带内皮细胞的转录动力学

• 发表时间: 2008
• 作者: Tatsuhiko Kodama;Yoshihiro Ohta;MengXu;Takashi Minami1;Youichiro Wada;Shu-ichi Tsutsumi;Shumpei Ishikawa,Takao HamakuboHiroyuki Aburatani;PeterR Cook;and Sigeo Ihara
• 通讯作者: and Sigeo Ihara

Robustness of the proteininteraction network

蛋白质相互作用网络的稳健性

• 发表时间: 2007
• 作者: Nobuhiko Oshida;Jun-ichi Kitakami;Naoko S. Nishikawa;Yoshihiro Ohta;and Sigeo Ihara
• 通讯作者: and Sigeo Ihara

High-resolution targeted proteomics of endogenousnuclear receptor comprex using high-quality immunomagnetic beads

使用高质量免疫磁珠对内源性核受体复合物进行高分辨率靶向蛋白质组学

• 发表时间: 2007
• 作者: Kenji Daigo;Tatsuhiko Kodama;Takao Hamakubo;et. al.
• 通讯作者: et. al.