哺乳類のゲノム比較による非コード領域の解析とそのデータの多型解析への応用

通过比较哺乳动物基因组分析非编码区并将数据应用于多态性分析

• 批准号: 19810009
• 负责人: 須山 幹太
• 金额: $ 1.99万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19810009/
• 关键词: ゲノム; バイオインフォマティクス; 遺伝学

・計算機環境の構築本研究を遂行するにあたって、まず計算機環境の構築を行なった。比較ゲノム解析により非コード領域中の配列モチーフを探索するには、ゲノムアライメントの解析が必須となる。そのデータ量は膨大なもので(約44ギガバイト)、それに対応したディスク容量とメモリーの実装が必須である。これを踏まえ、本研究計画に適した計算機環境(ディスク容量1テラバイト;メモリー4ギガバイト)を構築した。・ゲノムアライメント操作のためのプログラム作成本研究は非コード領域に存在する転写因子結合部位やスプライシング制御因子などの配列モチーフを比較ゲノム解析により検出し、それらのゲノム中での高精度なアノテーションを行なうことを目的としている。そのためには、まず、ゲノムアライメントをもとにした解析により、非コード領域で局所的に保存しているパターンの同定を行なう必要がある。ただし、生物種特異的なゲノム再編成(genome rearrangements)のために、ゲノムアライメントは非常に細かく断片化している(平均長:約120塩基)。本年度は、このようなゲノムアライメントを操作することで、ある生物種について一繋がりのアライメントに再構築するためのプログラム開発を行なった。このプログラムにより、任意のゲノム領域について生物種間の比較が可能となった。これは、配列モチーフの検出のみならず、比較ゲノム解析全般において広く活用できるものである。

· Computer environment <s:1> construction This study を carried out するにあたって, まず computer environment <e:1> construction を carried out なった. Compare ゲ ノ ム parsing に よ り non コ ー ド の with columns in the field of モ チ ー フ を explore す る に は, ゲ ノ ム ア ラ イ メ ン ト の parsing が must と な る. そ の デ ー タ quantity は swelled な も の で (about 44 ギ ガ バ イ ト), そ れ に 応 seaborne し た デ ィ ス ク capacity と メ モ リ ー の must be loaded が で あ る. Tread こ れ を ま え, this study plan に optimum し た computer environment (デ ィ ス ク capacity 1 テ ラ バ イ ト; メ モ リ ー 4 ギ ガ バ イ ト) を build し た. · ゲ ノ ム ア ラ イ メ ン ト operation の た め の プ ロ グ ラ ム cost research は non コ ー に ド field exist す る planning write factor binding site や ス プ ラ イ シ ン グ suppression factor な ど の match column モ チ ー フ を compare ゲ ノ ム parsing に よ り 検 し, そ れ ら の ゲ ノ ム in で の high-precision な ア ノ テ ー シ ョ ン を line な う こ と を purpose と し て い る. そ の た め に は, ま ず, ゲ ノ ム ア ラ イ メ ン ト を も と に し た parsing に よ り, non コ ー ド field で bureau に save し て い る パ タ ー ン の with fixed line を な う necessary が あ る. た だ し, biological species specific な ゲ ノ ム again plait (genome rearrangements) の た め に, ゲ ノ ム ア ラ イ メ ン ト は very fine に か く fragment the し て い る (average length: about 120 salt). This year は, こ の よ う な ゲ ノ ム ア ラ イ メ ン ト を operation す る こ と で, あ る biological に つ い て a 繋 が り の ア ラ イ メ ン ト に to construct す る た め の プ ロ グ ラ ム open 発 を line な っ た. <s:1> プログラムによ プログラムによ ゲノム and <s:1> interspecies comparison が in any <s:1> ゲノム field に プログラムによ て て て て て て is likely to となった. こ れ は, column モ チ ー フ の 検 out の み な ら ず, comparative ゲ ノ ム parsing all に お い て hiroo く use で き る も の で あ る.