Activation of silent gene clusters using microbial communication tools and elucidation of the mechanism

使用微生物通讯工具激活沉默基因簇并阐明其机制

• 批准号: 22KJ1546
• 负责人: 手島 愛子
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ1546/
• 关键词: 休眠遺伝子; 微生物コミュニケーションツール; バイオインフォマティクス; 二次代謝

本研究では、新規有用物質の取得を目指し、放線菌の二次代謝生産を制御するシグナル分子(SM)に着目し、SMより簡易に化学合成できる『SMを模倣した誘導剤(PS)』を用いて放線菌および他種微生物の休眠二次代謝活性化を試みることとした。まず初めに、本研究で用いるシグナル分子の受容体(srrA)遺伝子のホモログを持つ菌をBLAST検索により調べ、供試菌の選定を行った。シグナル分子受容体はTetRファミリーに属しており、srrAホモログはシグナル分子がまだ報告されていない希少放線菌や、放線菌とは全く異なる微生物種にも幅広く存在していた。シグナル分子による休眠型遺伝子活性化が放線菌だけでなくどの微生物種まで適用可能かを確かめるため、当該年度は放線菌以外の微生物種を主として供試菌を選択した。具体的には、放線菌に匹敵する数の二次代謝遺伝子クラスターを持つKtedonobacteria網細菌、数多くの抗菌活性化合物が報告されているPaenbacillus属、Bacillaeles目に含まれながら放線菌に似た特徴を持つLaceyella属の中から計4菌株を選び、培養条件の検討を行った。Ktedonobacteria網細菌は難培養微生物であるが、菌体の凝集を防ぐためスプリングを入れるなど工夫を行い液体培養に成功した。Laceyella sacchariについては液体培養の際、培養2日目以降になると自己消化が起こってしまい菌体が著しく減少したため、安定して二次代謝生産を行う培地の検討が必要であった。そこで複数の培地を用いて検討を行なったところ、自己消化が起こりにくい条件を見つけることができた。Paenibacillus borealisについても複数の培地で培養を行い、抽出サンプルについてHPLCにより代謝産物の解析を行ない、PS非添加における二次代謝プロファイルを確認した。

This research is focused on the acquisition of new useful substances, the control of secondary metabolism of actinomycetes, and the control of SM molecules (SM), and the simplicity of SM. Chemical synthesis of 『SMをimitating inducing agent (PS)』 was carried out using actinomycetes and other kinds of microorganisms to activate their dormant secondary metabolism. This study used the acceptor (srrA) of the いるシグナル moleculeホモログをholding bacteria をBLAST 検SO によりadjusted べ, test bacteria のselected を行った.シグナルmolecule receptor はTetR ファミリーに genus しており、srrA ホモログはシグナルmolecule がWe report the existence of Actinomycetes rare Actinomycetes and Actinomycetes all-different microorganisms. Actinomycetes molecule, activated dormant type, actinomycetes, and microbial species, can be used It is possible to determine whether the microbial species other than actinomycetes are the main test bacteria in that year. Specific には, actinomycetes に す る number の secondary metabolism legacy 伝子クラスターをhold つKtedonobacteria net bacteria, number of くのantibacterial active compounds が report されているPaen Bacillus genus, Bacillaeles order contains まれながら actinomycetes and にsimilar たspecial 徴をhold つ Laceyella genus の中から 4 strains are selected and the culture conditions are の検を行った. Ktedonobacteria net bacteria are difficult to culture microorganisms, and bacteria are agglutinated to prevent them from being cultured in liquid. Laceyella Sacchari is a liquid culture medium, and it is a liquid culture that can be digested after 2 days of cultivation. It is necessary to reduce the growth of bacterial cells and to stabilize the production of secondary metabolism.そこでplural の平地を用いて検褜を行なったところ, myself digested がrise こりにくいconditions を见つけることができた. Paenibacillus borealisについてもplural の平地でcultivationを行い、ExtractionサンプルについてHPLC Analysis of metabolites of によりの行ない, PS non-added における secondary metabolism プロファイルをconfirmation.