Genome scale prediction of eukaryotic pseudoknotted non-coding RNAs

真核假结非编码RNA的基因组规模预测

• 批准号: 19700272
• 负责人: TANEDA Akito
• 金额: $ 1.18万
• 依托单位: Hirosaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19700272/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 生体生命情報学; RNA; ゲノム; 遺伝子; 遺伝的アルゴリズム; 二次構造

独自に開発したRNA構造アライメントのための遺伝的アルゴリズム(Cofolga2)と並列計算システムを用いて、酵母菌 S. serevisiaeとその近縁種6種の間でペアワイズRNA 構造アライメントによる配列比較を行い、新規非翻訳RNA候補の網羅的予測を行った。配列類似度の低い(50%以下)アライメントを予測の対象とし非翻訳RNA 候補を非タンパク質遺伝子コード領域から714個、タンパク質遺伝子コード領域から1,311個予測することができた。

The development of RNA structure by itself and the development of DNA sequence by Cofolga2, yeast S. Serevisiae and the six species of RNA were selected from among the six species. The sequence comparison was conducted. The prediction of the non-inverted RNA candidate was conducted. Low alignment similarity (less than 50%): 714 predicted objects and 1,311 predicted objects for non-inverted RNA candidates.

项目成果

塩基対形成確率アライメントとサポートベクターマシーンによる非翻訳RNA予測

使用碱基配对概率比对和支持向量机进行非翻译 RNA 预测

• 发表时间: 2007
• 作者: Kishimoto;T.;et al.;種田晃人
• 通讯作者: 種田晃人

Pairwise genome comparison for finding functional RNAs with low sequence identity

成对基因组比较，寻找序列同一性低的功能性 RNA

• 发表时间: 2007
• 期刊: The Proceedings of the 2007 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
• 作者: Y.Kurokawa;H.Imamura;K.Inoue;Y.Kimura;K.Fujitani;Y.Miyake;J.Matsuyama;M.Tatsumi;T.Shimokawa;H.Furukawa;下川敏雄・辻光宏・田中成典(2010);A. Taneda;下川敏雄・後藤昌司;A. Taneda
• 通讯作者: A. Taneda

An efficient genetic algorithm for structural RNA pairwise alignment and its application tonon-coding RNA discovery in yeast

结构RNA成对比对的高效遗传算法及其在酵母非编码RNA发现中的应用

• 发表时间: 2008
• 期刊: BMC Bioinformatics(doi : 10.1186/1471-2105-9-521) 9
• 作者: Taneda;A.
• 通讯作者: A.

Alignment, gene finding, and clustering of structural RNAs by an efficient genetic algorithm

通过高效的遗传算法对结构 RNA 进行比对、基因查找和聚类

• 发表时间: 2007
• 作者: Tsuji;M.;et al.;A.Taneda
• 通讯作者: A.Taneda

Computational RNA sequence design

计算RNA序列设计

• 发表时间: 2009
• 作者: Tsuji;M.;Horinouchi;K.;Shimokawa;T.;A.Taneda
• 通讯作者: A.Taneda