Genome scale prediction of eukaryotic pseudoknotted non-coding RNAs
Genome scale prediction of eukaryotic pseudoknotted non-coding RNAs
真核假结非编码RNA的基因组规模预测
批准号：
19700272
负责人：
TANEDA Akito
金额：
$1.18万
依托单位：
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
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英文摘要
独自に開発したRNA構造アライメントのための遺伝的アルゴリズム(Cofolga2)と並列計算システムを用いて、酵母菌 S. serevisiaeとその近縁種6種の間でペアワイズRNA 構造アライメントによる配列比較を行い、新規非翻訳RNA候補の網羅的予測を行った。配列類似度の低い(50%以下)アライメントを予測の対象とし非翻訳RNA 候補を非タンパク質遺伝子コード領域から714個、タンパク質遺伝子コード領域から1,311個予測することができた。
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塩基対形成確率アライメントとサポートベクターマシーンによる非翻訳RNA予測
使用碱基配对概率比对和支持向量机进行非翻译 RNA 预测
使用碱基配对概率比对和支持向量机进行非翻译 RNA 预测
DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Kishimoto, T., et al., 種田晃人]
通讯作者：
種田晃人
Pairwise genome comparison for finding functional RNAs with low sequence identity
成对基因组比较，寻找序列同一性低的功能性 RNA
成对基因组比较，寻找序列同一性低的功能性 RNA
DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
The Proceedings of the 2007 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
影响因子：
--
作者：
[Y.Kurokawa, H.Imamura, K.Inoue, Y.Kimura, K.Fujitani, Y.Miyake, J.Matsuyama, M.Tatsumi, T.Shimokawa, H.Furukawa, 下川敏雄・辻光宏・田中成典(2010), A. Taneda, 下川敏雄・後藤昌司, A. Taneda]
通讯作者：
A. Taneda
An efficient genetic algorithm for structural RNA pairwise alignment and its application tonon-coding RNA discovery in yeast
结构RNA成对比对的高效遗传算法及其在酵母非编码RNA发现中的应用
结构RNA成对比对的高效遗传算法及其在酵母非编码RNA发现中的应用
DOI：
--
发表时间：
2008
期刊：
BMC Bioinformatics(doi : 10.1186/1471-2105-9-521) 9
影响因子：
--
作者：
[Taneda, A.]
通讯作者：
A.
Alignment, gene finding, and clustering of structural RNAs by an efficient genetic algorithm
通过高效的遗传算法对结构 RNA 进行比对、基因查找和聚类
通过高效的遗传算法对结构 RNA 进行比对、基因查找和聚类
DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Tsuji, M., et al., A.Taneda]
通讯作者：
A.Taneda
Computational RNA sequence design
计算RNA序列设计
计算RNA序列设计
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Tsuji, M., Horinouchi, K., Shimokawa, T., A.Taneda]
通讯作者：
A.Taneda
共 7 条
Bioinformatic study on functional RNAs with a conformational change
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批准号：24500358
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额：$3.41万
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财政年份：2012
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负责人：TANEDA Akito
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依托单位：
RNA interactome prediction in eukaryotic genomes
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批准号：22700304
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项目类别：Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额：$1.41万
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财政年份：2010
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负责人：TANEDA Akito
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依托单位：