RNA interactome prediction in eukaryotic genomes

真核基因组中的 RNA 相互作用组预测

• 批准号: 22700304
• 负责人: TANEDA Akito
• 金额: $ 1.41万
• 依托单位: Hirosaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22700304/
• 关键词: 生体生命情報学; RNA工学; ゲノム; 遺伝子; RNA

We have developed computational RNA sequence analysis tools including a prediction system for RNA sequence alignment and an RNA sequence design method on the basis of multi-objective genetic algorithm. Alignments and secondary structures predicted by our system can give useful information for RNA-RNA interaction prediction. Moreover, our RNA sequence design method can be applied to RNA device design problems which are difficult for the other previous RNA sequence design methods.

我们开发了计算RNA序列分析工具，包括RNA序列比对预测系统和基于多目标遗传算法的RNA序列设计方法。我们的系统预测的序列和二级结构可以为RNA-RNA相互作用的预测提供有用的信息。此外，我们的RNA序列设计方法可以应用于其他RNA序列设计方法难以解决的RNA器件设计问题。

项目成果

多目的最適化によるRNA配列解析

多目标优化的 RNA 序列分析

• 发表时间: 2010
• 作者: Yasuda;M.;et.al.;種田晃人
• 通讯作者: 種田晃人

構造変化を伴う機能性RNAの配列設計

具有结构变化的功能RNA的序列设计

• 发表时间: 2011
• 作者: Koike K;Fukami K;Yonemoto K;Iwatani R;Obara N;Ueda K;Toyonaga M;Ueda S;Ohara A;Takeda K;Yamagishi S;Okuda S;荒木由布子;種田晃人
• 通讯作者: 種田晃人

Multi-objective genetic algorithm for pseudoknotted RNA sequence design.

• DOI: 10.3389/fgene.2012.00036
• 发表时间: 2012
• 期刊: Frontiers in genetics
• 影响因子: 3.7
• 作者: Taneda A

A multi-objective evolutionary algorithm for RNA sequence design

RNA序列设计的多目标进化算法

• 发表时间: 2010
• 作者: Hamada;M.;Sato;K.;Asai;K.;種田晃人
• 通讯作者: 種田晃人

MODENA: a multi-objective RNA inverse folding

MODENA：多目标RNA反向折叠

• 发表时间: 2010
• 期刊: Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry
• 作者: A. Taneda