対象配列特異的シークエンシング法によるドラフトゲノムの効率的精度向上法の確立

建立利用目标序列特异性测序提高基因组草图准确性的有效方法

• 批准号: 24570011
• 负责人: 清水 厚志
• 金额: $ 3.58万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2013-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24570011/
• 关键词: 次世代シークエンサー; ゲノム解析; ドラフトゲノム; Fosmid

次世代シークエンサーの台頭により、ゲノム配列が解読された生物種が急激に増加している。しかし、ヒト、マウスを除き、公開された概要（ドラフト）配列の精度は70%から90%にとどまり、モデル生物として確立されたラットやメダカ、ゼブラフィッシュなどのゲノム精度は利用している研究者のニーズを十分には満たしていない。そこで本研究計画ではメダカゲノムを解析対象に選定し、ドラフトゲノム配列の精度を向上させる手法を検討した。平均冗長度x11のFosmidライブラリー末端配列データベースから５個のテロメア配列を含むクローンと３つのコントロールクローンを選定し、MiSeqのマルチプレックス法にて配列決定を行った。複数のソフトウェアでテロメアを含まないクローンのde novo アセンブルを行った結果、CLC Genomics WorkbenchとSOAPdenovoで完成配列を得ることができた。しかし、テロメア周辺のクローンには相同性の極めて高い（>99%）Low Copy Repeat（LCR）が存在したため、MiSeqのデータのみでは完成配列を得ることができなかった。そこで、平均2kb以上の長鎖DNA配列を得ることができるシークエンサーであるPacBio RSにより、配列決定を行い、先のデータと混合アセンブルをした結果、99%以上の相同性をもつLCRを正しく分離することが可能になり、完全長配列を得ることができた。以上の結果から混合アセンブルにより、複雑なゲノム構造をもつテロメア周辺クローンの配列決定が可能であると判断した。そこで、データベースからテロメア配列を含む240個のクローンの末端配列を抽出し、ユニークな配列をもつ12クローンを選抜してMiSeqとPacBio RSでシークエンシングを行った。現在、それぞれのクローンごとに配列解析中である。

Nextgen シ ー ク エ ン サ ー の heading に よ り, ゲ ノ ム match column が solution 読 さ れ た biological が nasty shock に raised plus し て い る. し か し, ヒ ト, マ ウ ス を except き, publicly さ れ た profile (ド ラ フ ト) with column は の precision 70% か ら 90% に と ど ま り, モ デ ル biological と し て establish さ れ た ラ ッ ト や メ ダ カ, ゼ ブ ラ フ ィ ッ シ ュ な ど の ゲ ノ は ム precision using し て い る researchers の ニ ー ズ を very に は against た し て い な い. そ こ で this research project で は メ ダ カ ゲ ノ ム を parsing に し selected, seaborne ド ラ フ ト ゲ ノ ム match column の precision を upward さ せ る gimmick を beg し 検 た. Average degree of lengthy x11 の Fosmid ラ イ ブ ラ リ ー ends with column デ ー タ ベ ー ス か ら five の テ ロ メ ア match column を containing む ク ロ ー ン と 3 つ の コ ン ト ロ ー ル ク ロ ー ン を し, selected MiSeq の マ ル チ プ レ ッ ク ス method に て matchs line column decided を っ た. Plural の ソ フ ト ウ ェ ア で テ ロ メ ア を containing ま な い ク ロ ー ン の DE novo ア セ ン ブ ル を line っ た results, CLC Genomics Workbench と SOAPdenovo で complete match column を must る こ と が で き た. し か し, テ ロ メ ア weeks 辺 の ク ロ ー ン に は identity の extremely め て い high (> 99%) Low Copy Repeat (LCR) が し た た め, MiSeq の デ ー タ の み で は complete match column を must る こ と が で き な か っ た. そ こ で, average more than 2 KB の long locks DNA match column を must る こ と が で き る シ ー ク エ ン サ ー で あ る PacBio RS に よ り, line arrangement decided を い, first の デ ー タ と mixed ア セ ン ブ ル を し た results, more than 99% の gay を も つ LCR を is し く separation す る こ と が may に な り, completely with long column を る こ と が で き た. の above results か ら mixed ア セ ン ブ ル に よ り, complex 雑 な ゲ ノ ム tectonic を も つ テ ロ メ ア weeks 辺 ク ロ ー ン の match column decided が may で あ る と judgment し た. そ こ で, デ ー タ ベ ー ス か ら テ ロ メ ア match column を containing む 240 の ク ロ ー ン の end column を drew し, ユ ニ ー ク な match column を も つ 12 ク ロ ー ン を optional sorting し て MiSeq と PacBio RS で シ ー ク エ ン シ ン グ を line っ た. Now, in the sequence analysis of それぞれ, それぞれ, ロ, ロ, ごとに, である.

项目成果

比べてみようCLC Genomics Workbench とオープンソース；市販ソフトとアカデミックフリーソフトの共存．

我们来比较一下CLC Genomics Workbench和开源软件与商业软件和学术免费软件的共存。

• 作者: Yvert G;Ohnuki S;Nogami S;Imanaga Y;Fehrmann S;Schacherer J. Ohya Y.;清水厚志
• 通讯作者: 清水厚志