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ネギ類共通ＥＳＴマーカーによるネギとタマネギのシンテニー解明

使用葱属常见的 EST 标记阐明葱属和洋葱之间的同线性

基本信息

批准号：
24580014
负责人：
塚崎光
金额：
$ 3.49万
依托单位：
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-04-01 至 2013-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24580014/
关键词：
ネギ EST 次世代型DNAシーケンサー TSA 連鎖地図 DNAマーカー

项目摘要

ネギ「北葱」由来自殖系統の9つの組織、ステージからmRNAを抽出し、等量のRNA混合物を作成後、完全長均一化cDNAを合成し、GS-FLXによる配列取得を行った。アセンブルにより4.2万のコンティグ（リファレンス配列）を得た。また、ネギ３系統の様々な組織、ステージ（計8サンプル）からmRNAを抽出して、HiSeq2000による配列取得を行い、アセンブルにより12.1万のコンティグを得た。これらのアセンブル配列をリファレンス配列と統合して、54,862のunigene set（TSA）を得た。ネギTSA配列とタマネギEST配列（約1.4万）とを比較し、10,668個が相互にトップヒットの関係を示し、これらの配列はオルソロガスな関係と推察された。5.4万のネギTSAから、SSR検索した結果、2,074のunigeneの2,396箇所でSSRモチーフが検出され、395組のEST-SSR特異的プライマーセットを設計した。HiSeq2000により得られた各系統のアセンブル配列から、9,002のSNPと4,335のInDelを検出した。この中で主に2bp以上のInDelをターゲットとしたプライマーセット、ならびにSNPをターゲットとしたCAPSプライマーセットを、それぞれ244、117組を設計した。さらに、 GS-FLXから得た2.6万のコンティグ（>500bp）を用いてイネゲノム配列との比較を行った結果、1.7万のコンティグがイネと高い相同性を示すとともに、このうち2,668コンティグの5,505箇所において、イネゲノム上のexon-intron境界と相同性を示し、これらの推定イントロン領域をターゲットとするイントロンマーカーを設計した。これらのネギTSA由来マーカーを用いて、364マーカー、17連鎖群からなる全長1,150cMの連鎖地図を構築した。

ネギ"North Onion" is made from the 9つの tissue of the autologous system, extracted from the ステージからmRNA, and an equal amount of RNA mixture, then synthesized into a complete length homogenized cDNA, and obtained by GS-FLX alignment.アセンブルにより42,000のコンティグ（リファレンス配array）を got it. Hi Seq2000 によるarray acquisition を行い, アセンブルにより121,000 のコンティグをget た. The これらのアセンブル配arrayをリファレンス配arrayとintegrationして, 54,862のunigene set (TSA)をGETた.ネギTSA arrangement and とタマネギEST arrangement (approximately 14,000) and comparison, 10,668 がThe relationship between each other is shown, and the relationship between each other is determined. 54,000のネギTSAから, SSR検SOした results, 2,074のunigeneの2,396箇All SSR モチーフが検検され, 395 sets of EST-SSR specific プライマーセットを design した. The HiSeq2000 system is equipped with an array of 9,002 SNPs and 4,335 Indels for each system.この中で主に2bp or aboveのInDelをターゲットとしたプライマーセット、ならびにSN PをターゲットとしたCAPSプライマーセットを,それぞれ244, 117 group をdesignした.さらに、 GS-FLX has obtained 26,000 のコンティグ (>500bp) and used いてイネゲノム arrangement and ratio Comparative results, 17,000 のコンティグがイネと高いsimilarity をshow すとともに, このうち2,6 68コンティグの5,505箇所において、イネゲノム上のexon-intron realmとphase Homosexuality, これらの presumed イントロン domain をターゲットとするイントロンマーカーを design した.これらのネギTSA originates from いて, 364マーカー, and 17 chain group からなる. The total length is 1,150cM.