末梢性T細胞リンパ腫の新規分子標的遺伝子探索 ~初発・再発例の全エクソーム解析~

末梢性T細胞リンパ腫-非特異型（PTCL-NOS）4症例より最適化されたDNA抽出キット（QIAamp DNA Mini Kit （キアゲン）等）を用いて5μgを目標にゲノムDNAを抽出した。末梢血単核球DNAは当院バイオバンクより分与された。蛋白質コード領域の変異検出のためゲノムDNAよりターゲットキャプチャー法によって全エクソン領域を濃縮し、Illumina HiSeq2000等を用いて平均50以上のカヴァレッジを目標に超並列シークエンスを行った。PTCL-NOSの分子病態に関与している可能性の高い181の変異遺伝子を同定した。２症例以上において変異が見られた遺伝子は、既知のTET2を含め4遺伝子であった。同時に得られたアレル変異頻度の情報から、前述の4遺伝子のうち２遺伝子の変異がアレル変異頻度に関与している可能性が考えられ、サンプル数を12症例まで増やし全エクソンシークエンス及びアレイCGHによるアレル変異頻度解析を施行したが、アレル変異頻度と遺伝子変異との相関は傾向が認められるにとどまった。当初の解析で２症例以上において見られた遺伝子変異は、追加症例の解析では見いだされなかった。一方で、キナーゼなどPTCL-NOSの病態に関与している可能性の高い変異遺伝子が新たに複数抽出された。キナーゼ変異遺伝子の一部については抗体を入手し蛋白発現解析を施行したが、条件設定が困難であったこともあり、リン酸化の亢進や細胞内局在異常などは見いだすことができなかった。引き続いて計画されたターゲットシークエンスは、当初20-30サンプルの入手が見込まれていたはずの長崎大学からのサンプル数が3サンプルにとどまったこともあり予定より大幅に遅延した。サンプル収集については、急遽他の近隣医療機関に協力を依頼し準備中であったが、研究代表者の退職に伴い、研究を中止せざるを得なくなった。

末梢性T細胞リンパ腫-非特異型（PTCL-NOS）4症例より最適化されたDNA抽出キット（QIAamp DNA Mini Kit （キアゲン）等）を用いて5μgを目標にゲノムDNAを抽出した。末梢血単核球DNAは当院バイオバンクより分与された。蛋白質コード領域の変異検出のためゲノムDNAよりターゲットキャプチャー法によって全エクソン領域を濃縮し、Illumina HiSeq2000等を用いて平均50以上のカヴァレッジを目標に超並列シークエンスを行った。PTCL-NOSの分子病態に関与している可能性の高い181の変異遺伝子を同定した。２症例以上において変異が見られた遺伝子は、既知のTET2を含め4遺伝子であった。同時に得られたアレル変異頻度の情報から、前述の4遺伝子のうち２遺伝子の変異がアレル変異頻度に関与している可能性が考えられ、サンプル数を12症例まで増やし全エクソンシークエンス及びアレイCGHによるアレル変異頻度解析を施行したが、アレル変異頻度と遺伝子変異との相関は傾向が認められるにとどまった。当初の解析で２症例以上において見られた遺伝子変異は、追加症例の解析では見いだされなかった。一方で、キナーゼなどPTCL-NOSの病態に関与している可能性の高い変異遺伝子が新たに複数抽出された。キナーゼ変異遺伝子の一部については抗体を入手し蛋白発現解析を施行したが、条件設定が困難であったこともあり、リン酸化の亢進や細胞内局在異常などは見いだすことができなかった。引き続いて計画されたターゲットシークエンスは、当初20-30サンプルの入手が見込まれていたはずの長崎大学からのサンプル数が3サンプルにとどまったこともあり予定より大幅に遅延した。サンプル収集については、急遽他の近隣医療機関に協力を依頼し準備中であったが、研究代表者の退職に伴い、研究を中止せざるを得なくなった。