末梢性T細胞リンパ腫の新規分子標的遺伝子探索 ~初発・再発例の全エクソーム解析~

寻找外周T细胞淋巴瘤新分子靶基因~初诊及复发病例全外显子组分析~

• 批准号: 25461441
• 负责人: 根津 雅彦
• 金额: $ 3.16万
• 依托单位: National Cancer Center Japan
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2016-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25461441/
• 关键词: 末梢性T細胞リンパ腫; 全エクソンシークエンス; 全エクソーム解析; T細胞腫瘍

末梢性T細胞リンパ腫-非特異型（PTCL-NOS）4症例より最適化されたDNA抽出キット（QIAamp DNA Mini Kit （キアゲン）等）を用いて5μgを目標にゲノムDNAを抽出した。末梢血単核球DNAは当院バイオバンクより分与された。蛋白質コード領域の変異検出のためゲノムDNAよりターゲットキャプチャー法によって全エクソン領域を濃縮し、Illumina HiSeq2000等を用いて平均50以上のカヴァレッジを目標に超並列シークエンスを行った。PTCL-NOSの分子病態に関与している可能性の高い181の変異遺伝子を同定した。２症例以上において変異が見られた遺伝子は、既知のTET2を含め4遺伝子であった。同時に得られたアレル変異頻度の情報から、前述の4遺伝子のうち２遺伝子の変異がアレル変異頻度に関与している可能性が考えられ、サンプル数を12症例まで増やし全エクソンシークエンス及びアレイCGHによるアレル変異頻度解析を施行したが、アレル変異頻度と遺伝子変異との相関は傾向が認められるにとどまった。当初の解析で２症例以上において見られた遺伝子変異は、追加症例の解析では見いだされなかった。一方で、キナーゼなどPTCL-NOSの病態に関与している可能性の高い変異遺伝子が新たに複数抽出された。キナーゼ変異遺伝子の一部については抗体を入手し蛋白発現解析を施行したが、条件設定が困難であったこともあり、リン酸化の亢進や細胞内局在異常などは見いだすことができなかった。引き続いて計画されたターゲットシークエンスは、当初20-30サンプルの入手が見込まれていたはずの長崎大学からのサンプル数が3サンプルにとどまったこともあり予定より大幅に遅延した。サンプル収集については、急遽他の近隣医療機関に協力を依頼し準備中であったが、研究代表者の退職に伴い、研究を中止せざるを得なくなった。

Peripheral t-cell リ ン パ swollen - except special cases (PTCL - NOS) 4 よ り optimization さ れ た DNA extraction キ ッ ト DNA (QIAamp Mini Kit (キ ア ゲ ン), etc.) を with い て 5 mu g を target に ゲ ノ ム DNA を spare し た. Peripheral blood 単 nuclear bulb DNA 単 in the hospital バ バ <s:1> バ バ よ よ よ バ バ された された and された バ よ よ are divided into された. Protein コ ー の ド field - different 検 out の た め ゲ ノ ム DNA よ り タ ー ゲ ッ ト キ ャ プ チ ャ ー method に よ っ て full エ ク ソ ン を enrichment し, Illumina HiSeq2000 い を in て average for more than 50 の カ ヴ ァ レ ッ ジ を target に super tied for シ ー ク エ ン ス を line っ た. The <s:1> molecular pathology に of PTCL-NOS is related to the <s:1> て る る る る る with a <s:1> high possibility of <s:1> 181 <s:1> variant 伝 を を and <s:1> た た. More than 2 cases に お い て - see different が ら れ た heritage 伝 は, both known の TET2 を containing め 4 legacy 伝 child で あ っ た. While に ら れ た ア レ ル - different frequency の intelligence か ら, the foregoing の 4 but 伝 の う ち 2 heritage 伝 son の - different が ア レ ル - different frequency に masato and し て い る possibility が exam え ら れ, サ ン プ ル number を 12 cases ま で raised や し full エ ク ソ ン シ ー ク エ ン ス and び ア レ イ CGH に よ る ア レ ル - different frequency resolution を imposed し た が, ア レ ル - pilot frequency The と offspring 伝 are different in と <s:1> and are related to が tendency to が recognize められるにと <s:1> まった まった. The initial <s:1> analysis で2 cases. The above にお て て て can be found in られた. The 伝 variation った and the additional cases <e:1> analysis で った can be found in だされな だされな った った. Side で, キ ナ ー ゼ な ど PTCL - NOS の pathological に masato and し て い likely の る い - different heritage 伝 が new た に plural drew さ れ た. キ ナ ー ゼ - different heritage 伝 son の a に つ い て を は antibody of analytical を し protein 発 now imposed し た が, conditions set が difficult で あ っ た こ と も あ り, リ ン acidification の hyperthyroidism や cells inside bureau in abnormal な ど は see い だ す こ と が で き な か っ た. Lead き 続 い て project さ れ た タ ー ゲ ッ ト シ ー ク エ ン ス は, at the beginning 20-30 サ ン プ ル の of が see 込 ま れ て い た は ず の Nagasaki university か ら の サ ン プ ル が 3 サ ン プ ル に と ど ま っ た こ と も あ り designated よ り sharply に 遅 delay し た. サ ン プ ル 収 set に つ い て は, sharp he nearly 隣 の medical machine masato に together を in 頼 し prepared で あ っ た が representatives, research の resigned に い, research を suspended せ ざ る を have な く な っ た.