アレーツールを駆使した疾患ゲノム解析研究

使用阵列工具进行疾病基因组分析研究

基本信息

批准号：
08J03611
负责人：
只木章 (西村章)
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Yokohama City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2010
项目状态：
已结题

项目摘要

1.染色体転座を伴った早発性卵巣機能不全の切断点解析X染色体転座を有する早発性卵巣機能不全(POF:Premature Ovarian Failure)4例を集積し、転座切断点の解析を行った。すべての症例の転座切断点を塩基レベルで決定した。3症例においてそれぞれ遺伝子:COL4A6(Xq22.3),IGFBP7(4q12),C14orf159(14q32.12)の断裂を確認した。これら3遺伝子をPOFの有力な候補遺伝子と考え、染色体構造異常を伴わないPOF患者検体で変異解析を行った。3遺伝子のうちX染色体に位置するCOL4A6遺伝子で、一つのミスセンス変異を同定した。このミスセンス変異が疾患を惹起するかどうかは結論が出ていないが、今後の解析が待たれる遺伝子である。他2遺伝子は、病的な変異を認めなかった。また、COL4A6遺伝子の断裂が認められた転座症例は、正常X染色体の不活化と断裂により機能的にNullと考えられる。そのためCOL4A6遺伝子は、POFの病態に関与している可能性が示唆された。2.先天性多発奇形症例における染色体微細構造異常解析これまでに集積された先天性多発奇形症例を高解像度のマイクロアレーを用いて全ゲノムの網羅的なコピー数変化の解析を行った。検出されたコピー数変化は、データベース等を利用して、その病的意義を検討し、病的と疑われる領域においては、FISH法や定量PCR法などの他の方法でも確認した。解析によって染色体微細構造異常・原因が明らかになった疾患・症例がある。今後これらの症例の表現型と遺伝型の関連性や染色体微細構造異常の発生メカニズムの検討を行う。これらの解析を通じ、アレーによる高密度・詳細なゲノム解析の重要性が明らかになるとともに、これらの論文作成を予定している。

1。分析早期发作的卵巢功能障碍的断点，并累积了X染色体易位的四个早产卵巢失败（POF）病例，并分析了易位断点。所有情况的易位断点均在基础水平上确定。在三种情况下，分别确认了基因的抢劫：COL4A6（XQ22.3），IGFBP7（4Q12）和C14ORF159（14Q32.12）。这三个基因被认为是POF的潜在候选基因，并且对不涉及染色体异常的POF患者标本进行了突变分析。在Col4a6基因中鉴定出一个错义突变，该基因位于三个基因的X染色体上。尚未得出结论，这种错义突变是否会导致疾病，而是等待进一步分析的基因。其他两个基因没有表现出病理突变。此外，由于正常X染色体的失活和撕裂，已检测到COL4A6基因的转运案例在功能上被视为无效。因此，有人提出COL4A6基因可能与POF的病理有关。 2。先天性多种畸形的病例中的染色体微结构异常分析，我们使用先天性多重畸形的高分辨率微阵列分析了整个基因组的综合拷贝数变化。使用数据库等研究了检测到的拷贝数变化，以确定拷贝数的病理意义，并且在怀疑是病理的区域中，还确认了其他方法，例如鱼类和定量PCR。在某些情况下，已经通过分析揭示了染色体微结构异常和原因。将来，我们将研究这些病例的表型和基因型之间的关系，以及染色体微结构异常发生的机制。这些分析将揭示使用阵列的高密度和详细基因组分析的重要性，我们计划准备这些论文。