Development of a method for core genome identification as a basis for microbial comparative genomics

开发核心基因组鉴定方法作为微生物比较基因组学的基础

• 批准号: 20310125
• 负责人: UCHIYAMA Ikuo
• 金额: $ 12.15万
• 依托单位: National Institute for Basic Biology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20310125/
• 关键词: ゲノム; 進化; 微生物; ゲノムアライメント; 微生物ゲノム; 水平遺伝子移動; ゲノムデータベース; 水平遺伝子異動; 水平潰伝子移動

As a fundamental basis for comparative analysis of microbial genomes that have undergone complex evolutionary processes including horizontal gene transfers, we have investigated a method to identify a "genomic core structure" among related genomes that is mainly inherited through vertical transfers. Our method is based on extracting the regions that have conserved gene order among the related genomes. We applied our method to various genomic data to test its validity and established a system to accumulate the resulting core structures of the published data into a database. We also developed a tool that implements the protocol for core genome analysis including visualization of core structures, and applied it to actual comparative studies of closely related microbial genomes.

作为对经历了包括水平基因转移在内的复杂进化过程的微生物基因组进行比较分析的基本基础，我们研究了一种方法，以确定主要通过垂直转移遗传的相关基因组中的“基因组核心结构”。我们的方法是基于提取的相关基因组中具有保守的基因顺序的区域。我们将我们的方法应用于各种基因组数据，以测试其有效性，并建立了一个系统，以积累所产生的核心结构的公布数据到数据库中。我们还开发了一种工具，实现了核心基因组分析的协议，包括核心结构的可视化，并将其应用于密切相关的微生物基因组的实际比较研究。

项目成果

Omics Approaches to Protein Function Prediction

蛋白质功能预测的组学方法

• 发表时间: 2011
• 作者: Komatsu;M.Tanaka;Y.Ochi;K.Ikeda;H.;Ikuo Uchiyama
• 通讯作者: Ikuo Uchiyama

RECOG : Research Environment for Comparative Genomics

RECOG：比较基因组学的研究环境

• 发表时间: 2010
• 作者: Ikuo Uchiyama;Mikihiko Kawai
• 通讯作者: Mikihiko Kawai

大規模なゲノム比較のための統合解析環境RECOG

RECOG，用于大规模基因组比较的集成分析环境

• 发表时间: 2010
• 作者: 内山郁夫;北橋竜雄;樋口俊夫;河合幹彦
• 通讯作者: 河合幹彦

Systematic approach for large-scale microbial comparative genomics

大规模微生物比较基因组学的系统方法

• 发表时间: 2009
• 作者: Watanabe;K.;(5 persons);Oikawa;H.;内山郁夫
• 通讯作者: 内山郁夫

Multiple genome alignment for identifying the genomic core among moderately related microbial genomes

多基因组比对，用于识别中等相关微生物基因组中的基因组核心

• 发表时间: 2008
• 作者: Takahashi E;Okamura T;Ikari K;Hirano H;Yasuda K;Kaburagi K.;Ikuo Uchiyama
• 通讯作者: Ikuo Uchiyama