New Development of Kramers-Fokker-Planck Equation of Polyatomic Molecules

多原子分子Kramers-Fokker-Planck方程的新进展

• 批准号: 20550011
• 负责人: NAGAOKA Masataka
• 金额: $ 3.16万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20550011/
• 关键词: 化学反応; 計算科学; 化学物理; 原子・分子物理; シミュレーション工学; 自己組織化; 非平衡

How is the dynamics in condensed system recognized? We tried to understand its characteristics from the viewpoint of energy relaxation processes from an HF molecule to its surrounding water solvent system.Since the dynamics in condensed system should be considered on the basis of stochastic theory, observables must be statistically calculated. Therefore, the super-multi concurrent molecular dynamics simulation system was developed.From those simulations of energy relaxation process using the system involved, it is found that solvated water molecules around the vibrationally excited HF molecule requires their internal vibrational modes for energy transfer. Such energy transfer pathway depends on vibrational vector of excitation mode of the HF molecule. It is concluded that intra-molecular vibrational couplings are dominant on the energy relaxation process.In relation to the Kramers-Fokker-Planck equation modeled condensed systems, furthermore, it was investigated to select which coordinates systems could represent molecular dynamics. We considered that time scales of observables should be introduced in correspondence with molecular fluctuation. It was found that the characteristics depend properly on the time window size.

如何认识凝聚态系统的动力学？我们试图从HF分子到其周围的水溶剂体系的能量弛豫过程的观点来理解它的特性，由于凝聚体系中的动力学应该在随机理论的基础上考虑，所以观测量必须进行统计计算。因此，我们建立了超多并发分子动力学模拟系统，并利用该系统对HF分子的能量弛豫过程进行了模拟，发现HF分子周围的溶剂化水分子需要其内部的振动模式进行能量传递。这种能量传递途径依赖于HF分子激发模式的振动矢量。结合Kramers-Fokker-Planck方程模型，研究了分子动力学的坐标系选择问题。我们认为，应引入与分子涨落相对应的观测量时标。结果发现，该特性适当地依赖于时间窗口的大小。

项目成果

化学反応のマルチスケールシミュレーション

化学反应的多尺度模拟

• 发表时间: 2011
• 作者: 菅野学;河野裕彦;藤村勇一;長岡正隆
• 通讯作者: 長岡正隆

光解離MbCOにおけるclamshell rotationの高分解能解析

光解 MbCO 中蛤壳旋转的高分辨率分析

• 发表时间: 2010
• 作者: 高柳昌芳;長岡正隆
• 通讯作者: 長岡正隆

表面Kirkwood-Buff積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解

通过表面 Kirkwood-Buff 积分法对蛋白质部分摩尔体积不变性的微观理解

• 发表时间: 2009
• 作者: 優乙石;長岡正隆
• 通讯作者: 長岡正隆

QM/MM法におけるQM電子分布を再現する点電荷分布評価法

以 QM/MM 法重现 QM 电子分布的点电荷分布评估方法

• 发表时间: 2010
• 作者: 山田健太;小谷野哲之;岡本拓也;麻田俊雄;古賀伸明;長岡正隆
• 通讯作者: 長岡正隆

アポミオグロビン部分モル体積のダイナミクスおよび空間分布に及ぼす高静水圧の影響:時間分解カークウッド-バフ積分法による考察

高静水压对脱辅基肌红蛋白部分摩尔体积动态和空间分布的影响：使用时间分辨柯克伍德-巴夫积分方法的研究

• 发表时间: 2010
• 作者: 優乙石;中田恭子;長岡正隆
• 通讯作者: 長岡正隆