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New Development of Reaction Dynamics Theory based on the Free Energy Gradient Method

New Development of Reaction Dynamics Theory based on the Free Energy Gradient Method
基于自由能梯度法的反应动力学理论新进展
批准号:
15350010
负责人:
NAGAOKA Masataka
金额:
$9.09万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份:
2003
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2003 至 2004

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
在本研究计划中,针对化学反应体系的多维性,开展了以下两方面的研究:(A)它们是依赖时间的化学反应过程;(B)非线性、非平衡和非定常过程:(1)反应能传递机理的分析不仅用多原子分子的Fokker-Planck方程,而且用分子动力学(MD)模拟。(2)我们用分子动力学模拟解释了非平衡动力学中的一些典型特征,并发展了一种新的处理方法来确定自由能超曲面上的临界点,即:(3)研究了上述方法与基于Fokker-Planck方程的模型理论之间的联系,并在中期的研究中,在日本化学会和CSW2004年会上发表了一些关于水溶液中反应能转移的结果。此外,它们被收集并作为几篇研究文章发表,如下一节所述,即参考文献11。
英文摘要
In this Research Program, notifying the multidimensionality of chemically reacting systems, a number of research were executed focusing the following two points : (a)they are time-dependent chemical processes and (b)nonlinear, nonequilibrium and nonstationary processes :(1)The reactive energy transfer mechanism was analyzed by using not only the Fokker-Planck equation for polyatomic molecules but also molecular dynamics(MD) simulation.(2)We explained some typical characteristics in nonequilibrium dynamics by using MD simulation and develpoed a novel treatment to locate critical points on the free energy hypersurface, i.e., free energy gradient method(FEGM).(3)We investigated the connection between the above method and a model theory based on the Fokker-Planck equation.In the middle of the research term, several results with respect to the reactive energy transfer in aqueous solution, were published in the annual meetings of Japan Chemical Society and CSW2004. Further, they were collected and published as several research articles as described in the following section, i.e., 11 REFERENCE.
期刊论文(18)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: 10.1016/j.theochem.2003.08.064
发表时间: 2003-11
期刊: Journal of Molecular Structure-theochem
影响因子: --
作者: [Y. Yamaguchi;N. Yasutake;M. Nagaoka]
通讯作者: Y. Yamaguchi;N. Yasutake;M. Nagaoka
Slowdown of Water Diffusion around Protein in Aqueous Solution with Ectoine
用四氢嘧啶减缓水溶液中蛋白质周围水的扩散
DOI: --
发表时间: 2004
期刊: Chemical Physics Letters 388
影响因子: --
作者: [I.Yu, M.Nagaoka]
通讯作者: M.Nagaoka
実験化学講座12 計算化学(日本化学会編)
实验化学课程12计算化学(日本化学会编)
DOI: --
发表时间: 2004
期刊:
影响因子: --
作者: [T.Mizuno, K.Takegoshi, T.Terao, 長岡正隆(分担執筆)]
通讯作者: 長岡正隆(分担執筆)
Y.Nagae, Y.Oishi, N.Naruse, M.Nagaoka: "Hydrated Structure of Ammonia-Water Molecule Pair via the Free Energy Gradient Method : Realization of Zero Gradient and Force Balance on Free Energy Surfaces"Journal of Chemical Physics. 119・15. 7972-7978 (2003)
Y.Nagae、Y.Oishi、N.Naruse、M.Nagaoka:“通过自由能梯度法实现氨-水分子对的水合结构:自由能表面上零梯度和力平衡的实现”化学物理杂志 119。・15。7972-7978(2003)
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
7
    Challenge to porous polymeric membrane synthesis by micro simulation
    • 批准号:
      24654137
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额:
      $2.41万
    • 财政年份:
      2012
    • 负责人:
      NAGAOKA Masataka
    • 依托单位:
    New Development of Kramers-Fokker-Planck Equation of Polyatomic Molecules
    • 批准号:
      20550011
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额:
      $3.16万
    • 财政年份:
      2008
    • 负责人:
      NAGAOKA Masataka
    • 依托单位:
    Theoretical Study on Realization of Nonequilibrium Reaction Field Analogs by Unique Aggregated Coordination Space
    • 批准号:
      16074207
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额:
      $7.1万
    • 财政年份:
      2004
    • 负责人:
      NAGAOKA Masataka
    • 依托单位:
    MOLECULAR DYNAMICS STUDY ON REAGENT DENSITY DEPENDENCE AND TEMPERATURE-PRESSURE EFFECT IN SOLUTION CHEMICAL REACTIONS
    • 批准号:
      13440176
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $0.58万
    • 财政年份:
      2001
    • 负责人:
      NAGAOKA Masataka
    • 依托单位:
    国内基金
    海外基金
    基于QM/MM的计算机辅助药物设计方法对去泛素化酶(DUBs)共价小分子抑制剂的设计与研究
    • 批准号:
      82304385
    • 项目类别:
      青年科学基金项目
    • 资助金额:
      30万元
    • 批准年份:
      2023
    • 负责人:
      关良宇
    • 依托单位:
    基于新型分子伴侣Spy与聚集诱导发光探针 QM-FN-SO3的蛋白质稳定化技术开发与应用
    • 批准号:
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2023
    • 负责人:
      何为
    • 依托单位:
    酶催化高毒有机磷化合物降解机制与活性调控的QM/MM多尺度模拟研究
    • 批准号:
      22373078
    • 项目类别:
      面上项目
    • 资助金额:
      50万元
    • 批准年份:
      2023
    • 负责人:
      曹泽星
    • 依托单位:
    非正交定域分子轨道基的自洽QM/EC方法研究静电极化效应对非线性光学性质的影响
    • 批准号:
      --
    • 项目类别:
      青年科学基金项目
    • 资助金额:
      30万元
    • 批准年份:
      2022
    • 负责人:
      李波
    • 依托单位: