Developing the computing procedures and systems for genetic evaluation of resource animals using the chromosome segment model

利用染色体片段模型开发资源动物遗传评价的计算程序和系统

• 批准号: 20580303
• 负责人: IWAISAKI Hiroaki
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20580303/
• 关键词: ゲノム情報科学; 遺伝子効果; 量的形質遺伝子座; SNP; 予測法; ゲノム評価; ベイズ法; カーネル多変量解析法; アルゴリズム; 応用動物; 染色体セグメント

In this study, a computing procedure and system for genetic evaluation of resource animals using the chromosome segment model was considered. Those for the genetic evaluation using a large amount of SNP data were also investigated considering several approaches. Using simulated and actual data of hetero-stock mice and cattle, validities of those computing procedures were examined. Based on the theory and simulation study, the genetic evaluation of resource animals using the chromosome segment model was shown to be useful. Bayesian methods fitting SNP effects appeared to be relatively accurate and promising, in terms of estimation of total genetic merit, compared with the mixed model method using the polygene model.

在这项研究中，考虑了使用染色体段模型对资源动物进行遗传评估的计算程序和系统。还研究了使用大量SNP数据进行遗传评估的方法，考虑了几种方法。使用杂库小鼠和牛的模拟和实际数据，检查了这些计算程序的有效性。基于理论和仿真研究，使用染色体段模型对资源动物的遗传评估被证明是有用的。与使用聚原模型的混合模型方法相比，根据估计总遗传优点的估计，拟合SNP效应的贝叶斯方法似乎相对准确且有希望。

项目成果

50K SNPデータを利用した黒毛和種枝肉重量の分散の推定

使用 50K SNP 数据估计日本黑色品种胴体重量的方差

• 发表时间: 2010
• 作者: 渡邊敏夫;荒川愛作;西村翔太;山田宜永;杉本喜憲;祝前博明
• 通讯作者: 祝前博明

Genomic selection some relevant topics Japanese Journal of Animal Breeding Research Vol.18 2010 17-49 無

基因组选择一些相关主题 Japanese Journal of Animal Breeding Research Vol.18 2010 17-49 无

• 发表时间: 2010
• 期刊: Japanese Journal of Animal Breeding Research Vol.18
• 作者: H.Iwaisaki;A.Arakawa;H.Matsuda
• 通讯作者: H.Matsuda

Genomic selection : some relevant topics

基因组选择：一些相关主题

• 发表时间: 2011
• 期刊: Japanese Journal of Animal Breeding Research
• 作者: H.Iwaisaki;et al.
• 通讯作者: et al.

マウスのデータを用いたゲノミック評価法-MIXTURE-の評価

使用小鼠数据的基因组评估方法-MIXTURE-的评估

• 发表时间: 2010
• 作者: 荒川愛作;板東大三郎;谷口幸雄;山田宜永;祝前博明
• 通讯作者: 祝前博明

10年後の動物遺伝育種事情はどう変わるか:とくに遺伝的評価とゲノム選抜の観点から

10年后动物遗传育种形势将发生怎样的变化？特别是从遗传评价和基因组选择的角度来看。

• 发表时间: 2009
• 作者: 荒川愛作;板東大三郎;谷口幸雄;山田宜永;祝前博明;祝前博明
• 通讯作者: 祝前博明