Development of bioinformatic tools for cancer immunotherapy

癌症免疫治疗生物信息工具的开发

• 批准号: 20700419
• 负责人: NAKAMURA Yoji
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Shizuoka Cancer Center Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20700419/
• 关键词: 医療情報システム; 免疫治療; アルゴリズム; 癌; 蛋白質; 免疫学; バイオインフォマティクス; タンパク質; パイオインフォマティクス

I developed an integrated database of immunoglobulin (Ig or antibody) and T-cell receptor (TCR) data reported in cancer studies (the Cancer-related Immunological Gene Database [CIG-DB]). This database is designed as a platform to explore public human and murine Ig/TCR genes sequenced in cancer studies, and a total of 2,081 cancer-related Ig and TCR entries are tabularized. The CIG-DB is equipped with search engines for amino acid sequences and MEDLINE references, sequence analysis tools, and a 3D viewer. This database is accessible without charge or registration at http://www.scchr-cigdb.jp/, and the search results are freely downloadable.In addition, I developed an in silico docking simulation assay system of binding affinity between HLA-A24 protein and A24-restricted peptides using two softwares, AutoDock and MODELLER, and a crystal structure of HLA-A24 protein in the Protein Data Bank (PDB). I compared the current assay system with the previous method in terms of the prediction capability using MHC stabilization and peptide-stimulated CTL induction assays for carcinoembryonic antigen (CEA) and other HLA-A24 peptides. The result suggested that the current in silico assay system have potential advantages in efficiency of epitope prediction over the previous method.

我开发了一个癌症研究中报告的免疫球蛋白（IG或抗体）和T细胞受体（TCR）数据的综合数据库（癌症相关免疫基因数据库[CIG-DB]）。该数据库被设计为探索癌症研究中测序的公共人类和小鼠IG/TCR基因的平台，并且总共2，081个癌症相关的IG和TCR条目被列表化。CIG-DB配备了氨基酸序列和MEDLINE参考的搜索引擎、序列分析工具和3D查看器。另外，我还利用AutoDock和MODELLER两个软件开发了HLA-A24蛋白与A24限制性肽结合亲和力的计算机对接模拟分析系统，并在Protein Data Bank（PDB）中获得了HLA-A24蛋白的晶体结构。我比较了目前的检测系统与以前的方法在预测能力方面使用MHC稳定和肽刺激的CTL诱导检测癌胚抗原（CEA）和其他HLA-A24肽。结果表明，目前的计算机分析系统具有潜在的优势，在效率的表位预测比以前的方法。

项目成果

血清中のMAGE抗原及びCMV-pp65抗原に対する抗体価の測定及び標準化

血清中针对 MAGE 抗原和 CMV-pp65 抗原的抗体滴度的测量和标准化

• 发表时间: 2009
• 作者: 飯塚明;久米亜希子;小宮山優;中村洋路;来栖亜弓;清原祥夫;山口建;秋山靖人
• 通讯作者: 秋山靖人

Identification of melanoma antigens using a Serological Proteome Approach (SERPA).

• 发表时间: 2010
• 期刊: Cancer genomics & proteomics
• 影响因子: 2.5
• 作者: A. Suzuki;A. Iizuka;Masaru Komiyama;Masako Takikawa;A. Kume;Sachiko Tai;Chie Ohshita;Ayumi Kurusu-Ayumi-Kur

CIG-DB: the database for human or mouse immunoglobulin and T cell receptor genes available for cancer studies.

• DOI: 10.1186/1471-2105-11-398
• 发表时间: 2010-07-27
• 期刊: BMC bioinformatics
• 影响因子: 3
• 作者: Nakamura Y;Komiyama T;Furue M;Gojobori T;Akiyama Y
• 通讯作者: Akiyama Y

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