Development of Online Cell Modeling and Simulation Environment

在线细胞建模与仿真环境开发

• 批准号: 20710158
• 负责人: ARAKAWA Kazuharu
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20710158/
• 关键词: システムバイオロジー; 細胞シミュレーション; 細胞モデリング; バイオインフォマティクス; 分子細胞生物学; E-Cell; G-language; GEM System

In order to understand the dynamic nature of living cells, an integrative approach to reconstruct cell models with existing biological knowledge and huge masses of omics data for quantitative simulation is a necessary step for the advancement of systems biology. For this purpose, we have developed a modeling and simulation environment as online web services, including a software for cell model prototyping, a database system of quantitative data, and a set of web services for simulation and analyses.

为了了解活细胞的动态性质，一种具有现有生物学知识和大量OMICS数据进行定量模拟的整合方法是对系统生物学发展的必要步骤。为此，我们开发了一个建模和仿真环境作为在线Web服务，包括用于单元模型原型的软件，定量数据的数据库系统以及一组用于仿真和分析的Web服务。

项目成果

仮説推論・検証型生命情報科学のためのソフトウェアとインタフェース-G-language・GEM System・Genome Projector・E-Cell 3D-

用于假设推理/验证型生物信息学的软件和接口 -G-语言・GEM系统・基因组投影仪・E-Cell 3D-

• 发表时间: 2009
• 作者: Shinya Hanashima;Yoshiki Yamaguchi;Yukishige Ito;Ken-ichi Sato;荒川和晴
• 通讯作者: 荒川和晴

Pathway Projector

通道投影仪

METAL System

金属系统

Web Service Interface for G-language Genome Analysis Environment

G语言基因组分析环境的Web服务接口

• 发表时间: 2009
• 作者: Kazuharu Arakawa;Nobuhiro Kido;Kazuki Oshita;Masaru Tomita
• 通讯作者: Masaru Tomita

G-language Project:BioHackathon 2009のサマリー

G语言项目总结：BioHackathon 2009

• 发表时间: 2009
• 作者: 荒川和晴;木戸信博;大下和希;冨田勝
• 通讯作者: 冨田勝