Development of Online Cell Modeling and Simulation Environment

在线细胞建模与仿真环境开发

• 批准号: 20710158
• 负责人: ARAKAWA Kazuharu
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20710158/
• 关键词: システムバイオロジー; 細胞シミュレーション; 細胞モデリング; バイオインフォマティクス; 分子細胞生物学; E-Cell; G-language; GEM System

In order to understand the dynamic nature of living cells, an integrative approach to reconstruct cell models with existing biological knowledge and huge masses of omics data for quantitative simulation is a necessary step for the advancement of systems biology. For this purpose, we have developed a modeling and simulation environment as online web services, including a software for cell model prototyping, a database system of quantitative data, and a set of web services for simulation and analyses.

为了更好地理解活细胞的动态特性，利用现有的生物学知识和大量的组学数据重建细胞模型进行定量模拟是系统生物学发展的必要步骤。为此，我们已经开发了一个建模和仿真环境作为在线Web服务，包括一个软件的细胞模型原型，定量数据的数据库系统，和一组Web服务的模拟和分析。

项目成果

Web Service Interface for G-language Genome Analysis Environment

G语言基因组分析环境的Web服务接口

• 发表时间: 2009
• 作者: Kazuharu Arakawa;Nobuhiro Kido;Kazuki Oshita;Masaru Tomita
• 通讯作者: Masaru Tomita

仮説推論・検証型生命情報科学のためのソフトウェアとインタフェース-G-language・GEM System・Genome Projector・E-Cell 3D-

用于假设推理/验证型生物信息学的软件和接口 -G-语言・GEM系统・基因组投影仪・E-Cell 3D-

• 发表时间: 2009
• 作者: Shinya Hanashima;Yoshiki Yamaguchi;Yukishige Ito;Ken-ichi Sato;荒川和晴
• 通讯作者: 荒川和晴

Pathway Projector

通道投影仪

METAL System

金属系统

Noise-reduction filtering for accurate detection of replication-related sele ction in bacterial genomes

降噪过滤可准确检测细菌基因组中的复制相关选择

• 发表时间: 2008
• 作者: 矢島潤一郎;水谷佳奈;西坂崇之;花島慎弥;Kazuharu Arakawa;矢島潤一郎;Kazuharu Arakawa
• 通讯作者: Kazuharu Arakawa