Identification of non-coding conserved motifs and their relationships with polymorphism

非编码保守基序的鉴定及其与多态性的关系

• 批准号: 21510215
• 负责人: SUYAMA Mikita
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21510215/
• 关键词: ゲノム; バイオインフォマティクス; 多型解析

By using genome sequence alignments, We have identified many non-coding motifs that are conserved among mammalian species. For these motifs, we mainly focused on the cis-regulatory elements that regulate splicing. As the results, we revealed the existence of a network of cis-regulatory elements to achieve complicated regulations of alternative splicing. Extending this methodology to the identification of transcription factor binding sites, and to analyze the relationships between these motifs and single nucleotide polymorphisms(SNPs) are still under way. The computational environments and programs developed in this research project should facilitate further progress of these analyses in future.

通过基因组序列比对，我们发现了许多哺乳动物物种中保守的非编码基序。对于这些基序，我们主要关注调节剪接的顺式调控元件。作为结果，我们揭示了一个顺式调控元件网络的存在，以实现选择性剪接的复杂调控。将这种方法扩展到转录因子结合位点的鉴定，并分析这些基序与单核苷酸多态性（snp）之间的关系仍在进行中。在本研究项目中开发的计算环境和程序将促进这些分析在未来的进一步发展。

项目成果

ChIP-Seqデータを用いた核内受容体共役因子の探索

使用 ChIP-Seq 数据搜索核受体偶联因子

• 发表时间: 2011
• 作者: 佐藤哲也;須山幹太
• 通讯作者: 須山幹太

ChIP-Seq法によるAd4BP/SF-1の標的遺伝子の同定

ChIP-Seq方法鉴定Ad4BP/SF-1靶基因

• 发表时间: 2011
• 作者: 馬場崇;大竹博之;宮林香奈子;嶋雄一;佐藤哲也;木村宏;大川恭行;須山幹太;諸橋憲一郎
• 通讯作者: 諸橋憲一郎

RNA-Seq解析による胎仔型および成獣型ライディッヒ細胞特異的発現マーカー遺伝子の検索

通过 RNA-Seq 分析搜索胎儿和成人 Leydig 细胞特异性表达标记基因

• 发表时间: 2011
• 作者: 宮林香奈子;嶋雄一;馬場崇;大竹博之;佐藤哲也;大川恭行;須山幹太;諸橋憲一郎
• 通讯作者: 諸橋憲一郎

Identification of cis-regulatory elements by using genome alignment and high-throughput data.

使用基因组比对和高通量数据鉴定顺式调控元件。

• 发表时间: 2009
• 作者: Itou J;Suyama M;Imamura Y;Deguchi T;Fujimori K;Yuba S;Kawarabayasi Y;Kawasaki T;Mikita Suyama
• 通讯作者: Mikita Suyama

A polymorphism of the POLG2 gene is genetically associated with the invasiveness of urinary bladder cancer in Japanese males

POLG2 基因的多态性与日本男性膀胱癌的侵袭性有遗传相关性

• 发表时间: 2011
• 期刊: J Hum Genet., Epub ahead of print
• 作者: Ratanajaraya C;Nishiyama H
• 通讯作者: Nishiyama H