インフルエンザウイルスのRNA分節間に形成される塩基対の検索

寻找流感病毒 RNA 片段之间形成的碱基对

• 批准号: 21650067
• 负责人: 伊藤 公人
• 金额: $ 1.41万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21650067/
• 关键词: パターン発見; アルゴリズム; 生体生命情報学; ウイルス; 感染症

本研究では、公共データベースに蓄積された大量のウイルスゲノムを計算機を用いて解析することにより、RNA分節の選択的集合を説明し得る塩基対の構造を網羅的に探索することを目的とする。平成22年度は、下記項目に関して研究を行った。1.RNA分節において、塩基が極度に保存されている位置を明らかにする従来研究の成績からパッケージングシグナルは、各RNA分節のから5'末端および3'末端付近の領域に存在することが示唆されている。パンデミック2009インフルエンザウイルス(H1N1)の2285株分の塩基配列をNCBIから取得し、平均情報量を指標に各RNA分節において塩基が極度に保存されている領域を検索した。その結果、ほとんど全てのRNA分節において、3'末端付近の領域に塩基置換が見られた。2.二つのRNA分節で同時に変異する傾向にある塩基対があるか否かを確認する二つのRNA分節で同時に変異する傾向にある塩基対を高速に検索するために、同時エントロピーの比を用いる手法を開発した。同法を用いて、パンデミック2009インフルエンザウイルス(H1N1)のRNA分節間で同時に変異している塩基を探索した。その結果、PB2の95番目とNPの1530番目、PB2の573番目とNPの44番目、PB1の288番目とHAの1715番目、PAの64番目とNPの417番目、PAの64番目とNPの1419番目、NPの327番目とNAの347番目において、ワトソンクリック型塩基対を保持したまま同時に変異していることが判明した。3.RNA分節間の塩基対の連続性あるいは周期性が統計的に有意か否かを判定するPB2の95番目とNPの1530番目、PB1の288番目とHAの1715番目、NPの327番目とNAの347番目においては、連続した前後の塩基配列のアライメントを計算したところ、ワトソンクリック型塩基対が統計的に有意に多く見られること(p<0.03)を確認した。

This study で は, public デ ー タ ベ ー ス に accumulation さ れ た large の ウ イ ル ス ゲ ノ ム を computer を with い て parsing す る こ と に よ り, RNA segmental の sentaku collection of を on し る salt base の seaborne tectonic を snare に explore す る こ と を purpose と す る. In the year Heisei 22, に and the following projects are related to て research を line った. Section 1. RNA に お い て, salt base が extreme に save さ れ て い る position を Ming ら か に す る 従 to study の grades か ら パ ッ ケ ー ジ ン グ シ グ ナ ル は section, the RNA の か ら 5 'end お よ び 3' end paying nearly に の field exist す る こ と が in stopping さ れ て い る. パ ン デ ミ ッ ク 2009 イ ン フ ル エ ン ザ ウ イ ル ス の (H1N1) 2285 points の salt base with column を NCBI か ら obtain し index, average intelligence を に various RNA segmental に お い て salt base が extreme に save さ れ て い る field を 検 cable し た. The results of the そ <s:1>, the division of the ほとん <s:1> full て RNA, the にお にお て て, and the に base displacement of the 3' -terminal parapet near the <s:1> domain が can be found in られた. Section 2. 2 つ の RNA で に at the same time - different す る tendency に あ る salt base が seaborne あ る か no か を confirm す る two つ の RNA segmental で に at the same time - different す る tendency に あ る salt base を seaborne high-speed に 検 cable す る た め に, at the same time エ ン ト ロ ピ ー の than を い る gimmick を open 発 し た. With law を い て, パ ン デ ミ ッ ク 2009 イ ン フ ル エ ン ザ ウ イ ル ス (H1N1) の RNA points and internode で に - different し て い る salt base を explore し た. そ の results, PB2 の 95 yard と NP の 1530 times, and PB2 の 573 yard と NP の 44 times, PB1 の 288's yard と HA の 1715's, 64's PA の yard と NP の 417's, 64's PA の yard と NP の 1419's, 327's eye と NP の NA の 347's mesh に お い て, ワ Type ト ソ ン ク リ ッ ク salt base を seaborne keep し た ま ま に at the same time - different し て い る こ と が.at し た. 3. RNA points internode の salt base の seaborne even 続 sex あ る い は cyclical が statistical に intentionally か no か を determine す る PB2 の 95 yard と NP の 1530 times, PB1 の 288's yard と HA の 1715's, 327's eye と NP の NA の 347's mesh に お い て は, even 続 し た の before and after salt base with column の ア ラ イ メ ン ト を meter Calculate し た と こ ろ, ワ ト ソ ン ク リ ッ ク type salt base が statistics of seaborne に intentionally に く see ら れ る こ と (p < 0.03) を confirm し た.

项目成果

愛知県でウズラから分離されたH7N6亜型鳥インフルエンザウイルスの遺伝子解析

爱知县鹌鹑分离的H7N6禽流感病毒基因分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 小柳義夫;小林朋子;大出裕高;佐藤裕徳;Abe T.;Yamashita T.;内田裕子,真瀬昌司,竹前喜洋,廣本靖明,五十嵐学,伊藤公人,高田礼人,西藤岳彦,津田知幸,山口成夫
• 通讯作者: 内田裕子,真瀬昌司,竹前喜洋,廣本靖明,五十嵐学,伊藤公人,高田礼人,西藤岳彦,津田知幸,山口成夫

Clustering the normalized compression distance for virus data

对病毒数据的归一化压缩距离进行聚类

• 发表时间: 2009
• 期刊: Proceedings of the Sixth Workshop on Learning with Logics and Logics for Learning(LLLL 2009)
• 作者: Ito;K.;Zeugmann;T.;Zhu;Y.
• 通讯作者: Y.

Recent Experiences in Parameter-Free Data Mining,(invited paper)

无参数数据挖掘的最新经验（特邀论文）

• 发表时间: 2010
• 期刊: Lect.Notes Electr.Eng.
• 作者: Ito K;Zeugmann T;Zhu Y
• 通讯作者: Zhu Y

系統樹からの地理的遷移確率行列推定のためのEMアルゴリズム

用于从系统发育树估计地理转移概率矩阵的 EM 算法

• 发表时间: 2010
• 作者: 柳橋史成;伊藤公人;有村博紀
• 通讯作者: 有村博紀

Discovering networks for global propagation of influenza a (H3N2) viruses by clustering

通过聚类发现甲型流感 (H3N2) 病毒的全球传播网络

• 发表时间: 2009
• 期刊: Lect. Notes Comput. Sc. 5712
• 作者: Sata;K.;Hirata;K.;Ito;K.;Kuboyama T.
• 通讯作者: Kuboyama T.