Protein domain interaction networks in yeast: high-throughput analysis using two-hybrid-arrays

酵母中的蛋白质结构域相互作用网络：使用双杂交阵列进行高通量分析

• 批准号: 5382702
• 负责人: Dr. Peter Uetz
• 金额: --
• 依托单位: The Institute for Genomic Research
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2001-12-31 至 2005-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5382702?language=en
• 关键词: Protein; domain; interaction; networks; yeast

Proteininteraktionen sind wesentlich für alle Prozesse in allen Organismen. Wir wollen möglichst viele Proteininteraktionen im Modellorganismus Hefe identifizieren. Dazu verwenden wir ein von uns entwickeltes modifiziertes two-hybrid-System, für das wir alle 6000 Hefegene kloniert und in einem Arrayformat angeordnet haben. Two-hybrid-Arrays können weitgehend automatisiert mit Roboterhilfe gescreent werden und haben den Vorteil, dass sie Falsch-Positive weitgehend ausschliessen. Die Methode erlaubt ausserdem die genaue Kartierung von interagierenden Proteinabschnitten ("Domänen"). Schliesslich können two-hybrid screens auch Interaktionen identifizieren, die in gereinigten komplexen nicht stabil erhalten bleiben, d.h. schwache oder transiente Interaktionen. Besondere Aufmerksamkeit wird den Interaktionen von Proteinen und Proteindomänen unbekannter Funktion gewidmet. Interaktionen mit bekannten Proteinen führen damit zu experimentell verifizierbaren Hypothesen. Unser Verfahren ergänzt auch sehr gut andere Methoden wie z.B. die massenspektrometrische Analyse von Proteinkomplexen, deren Topologie mit two-hybrid-Tests aufgeklärt werden kann. Schliesslich sollen theoretisch vorhergesagte Proteininteraktionen experimentell verifiziert und damit Bioinformatik-Methoden zur Vorhersage von Proteinfunktionen verbessert werden.Zunächst werden folgende Proteindomänen untersucht: DEP, PX, FF, CNH.

Proteininteraktionen sind wesentlich für alle Prozesse in艾伦Organismen.我们希望能鉴定出多种模式生物的蛋白质相互作用。我们将在大足建立一个新的双杂交系统，用于所有6000个克隆和一个阵列格式的杂交。双混合阵列通过Roboterhilfe gescreent韦尔登和Vorteil进行自动检测，因为Falsch-Positive检测是自动的。Die Methode erlaubt ausserdem die genaue Kartierung von interagierenden Proteinabschnitten（“Domänen”）. Schliesslich können two-hybrid screens auch Interaktionen identifizieren，die in gereinigten komplexen nicht stabil erhalten bleiben，d.h. schwache or der transiente Interaktionen.因此，在没有功能的情况下，蛋白质和蛋白质之间的相互作用将被加强。Interaktionen mit bekannten Proteinen führen damit zu experimentell verifizierbaren Hypothesen.我们的工作方法也很好。蛋白质复合物的质谱分析，拓扑学和双杂交试验可用于韦尔登。Schliesslich sollen theoretisch vorhergesagte Proteininteraktionen experimentell verifiziert und damit Bioinformatik-Methoden zur Vorhersage von Proteinfunktionen verbessert韦尔登.Zunächst韦尔登folgende Proteindomänen untersucht：DEP，PX，FF，CNH.