RNA-小分子間相互作用解析法の開発と、RNA配列-小分子構造の相関情報の体系化

RNA-小分子相互作用分析方法的开发及RNA序列与小分子结构相关信息的系统化

• 批准号: 09J01350
• 负责人: 梅本 詩織
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09J01350/
• 关键词: RNA-小分子間相互作用; RNAの酵素合成; スクリーニング; RNA結合リガンド

申請者はRNA小分子間相互作用評価法の確立を目指し研究を行った。蛍光分子を指示薬としたディスプレイスメントアッセイの開発申請者は遊離時とRNA結合時で蛍光強度が変化する蛍光分子を指示薬として、RNA、リガンド双方共非標識のまま相互作用を調べるディスプレイスメントアッセイ法の確立を目指し、研究を行った。本手法は試薬を混ぜるだけで行え、大規模スクリーニングに応用可能な簡便さを有している。今年度はこれまでに合成した指示薬をより定量的に評価するため、それぞれの指示薬がRNAに結合するときの見かけ上の解離定数を求め、指示薬間の性質の違い明らかにし、クロモフォアだけでなくリンカー構造が指示薬の性質に大きく影響することを示した。(2)5'末端標識可能なRNAの酵素合成(1)で述べた手法は化合物の結合の有無をスクリーニングするのには適しているが、結合様式や強度についての情報を得ることはできない。スクリーニングで得られた相互作用を評価するには別の手法が求められる。様々な二次構造、機能を持つRNAを固定化したチップは、このようなRNA相互作用情報を集めるにあたり、非常に有用である。しかしRNAはDNAと比べ不安定であり、二次構造をとるRNAの化学合成は難しい。一方、酵素合成では複雑な二次構造を持つ長鎖RNAを容易に合成できる。またT7RNAポリメラーゼは5'末での塩基選択性が低く、グアノシン構造さえあれば大きな置換基をリン酸上に有していても取り込むことが報告されている。そこで私は5'末端にアルキンを持つグアノシン-リン酸(GMP)誘導体を合成し、それを酵素反応に利用することで5'末端に標識可能なアルキンを持つRNAを酵素合成した。

The applicant has established a method for evaluating RNA small molecule interactions. The light molecule indicator changes when the light molecule is free and when the light molecule is bound to the RNA. The light molecule indicator adjusts the interaction between the light molecule indicator and the RNA molecule. The method is simple and easy to use in large-scale applications. This year, the synthesis of indicators, quantitative evaluation, identification of indicators, RNA binding, identification of dissociation parameters, identification of indicators, properties of indicators, identification of indicators, structure of indicators, large impact of properties. (2)5'Terminal markers may be used in enzyme synthesis of RNA (1). The method described above is to obtain information on the presence, absence, and intensity of binding of compounds. The interaction between the two groups was evaluated. RNA immobilization, RNA interaction information collection, RNA interaction information collection, RNA immobilization, RNA immobilization RNA is more unstable than DNA, and its chemical synthesis is difficult. One side, enzyme synthesis, complex structure, long-locked RNA, easy synthesis T7RNA is a 5'-terminal nucleotide sequence that is highly selective and highly selective. The 5'terminal marker may be used for enzyme synthesis of RNA. The 5' terminal marker may be used for enzyme synthesis of GMP.

项目成果

キサントン誘導体の蛍光変化を指標としたRNA結合リガンドの探索

以氧杂蒽酮衍生物的荧光变化为指标寻找RNA结合配体

• 发表时间: 2009
• 作者: 梅本詩織;萩原正規;中谷和彦
• 通讯作者: 中谷和彦

The Development of The Displacement Assay, Screening Method for Detecting the RNA-ligand Interactions(2)

用于检测 RNA-配体相互作用的置换测定、筛选方法的发展(2)

• 发表时间: 2010
• 作者: 梅本詩織;萩原正規;中谷和彦
• 通讯作者: 中谷和彦

蛍光分子を指示薬としたRNA結合リガンドの探索

使用荧光分子作为指示剂搜索 RNA 结合配体

• 发表时间: 2010
• 作者: 梅本詩織;萩原正規;中谷和彦
• 通讯作者: 中谷和彦

キサントン誘導体のRNA小分子間相互作用を検出するディスプレイスメントアッセイ指示薬としての評価

评价氧杂蒽酮衍生物作为置换测定指标以检测 RNA 小分子之间的相互作用

• 发表时间: 2011
• 作者: H.Kaneko;K.Funatsu;岡澤晋;山本康裕;梅本詩織・任仙光・村田亜沙子・福澄岳雄・原田恭枝・笹岡眞一・和崎隆博・中谷和彦
• 通讯作者: 梅本詩織・任仙光・村田亜沙子・福澄岳雄・原田恭枝・笹岡眞一・和崎隆博・中谷和彦

Evaluation of Xanthone and Thioxanthone Derivatives as Fluorescent Displacement Assay Indicator Based on Their Structure-Binding Studies to RNA

基于对 RNA 结构结合研究的呫吨酮和噻吨酮衍生物作为荧光置换检测指示剂的评估

• 发表时间: 2011
• 作者: Shiori Umemoto;Seongwang Im;Jinhua Zhang;Masaki Hagihara;Asako Murata;Yasue Harada;Takeo Fukuzumi;Takahiro Wazaki;Shinichi Sasaoka;Kazuhiko Nakatani
• 通讯作者: Kazuhiko Nakatani