Development of a Biomolecule Simulation System Using the Single Amino Acid Potential Force Field

利用单氨基酸势力场开发生物分子模拟系统

• 批准号: 21200005
• 负责人: IWAOKA Michio
• 金额: $ 15.48万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research a proposed research project)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21200005/
• 关键词: タンパク質; アミノ酸; 力場; 分子シミュレーション; タンパク質構造データベース; ポテンシャル; 分子軌道計算; フォールディング; 生物物理; 蛋白質; 構造・機能予測; コンピュータシミュレーション; フオールデイング

To elucidate the process of structural folding of proteins, four subjects were focused in this study. First, the Single Amino Acid Potential force field was improved, and the accuracy was evaluated. Second, the roles of the single amino acid potentials in protein structures were quantitatively analyzed. Third, the strain energy of protein structures was analyzed based on the single amino acid potentials. Fourth, the developed molecular simulation program was released on the web.

为了阐明蛋白质的结构折叠过程，本研究集中在四个方面。首先，对单氨基酸势场进行了改进，并对精度进行了评估。第二，定量分析了单个氨基酸势能在蛋白质结构中的作用。第三，基于单氨基酸势分析了蛋白质结构的应变能。第四，将开发的分子模拟程序在网络上发布。

项目成果

化学辞典(第2版)編集代表吉村壽次

化学词典（第2版）编辑代表 吉村尚继

• 发表时间: 2009
• 作者: 安孫子誠也;他112名
• 通讯作者: 他112名

単一アミノ酸ポテンシャル力場を用いた非天然アミノ酸を含むペプチドの分子シミュレーション

使用单一氨基酸势力场对含有非天然氨基酸的肽进行分子模拟

• 发表时间: 2012
• 作者: 野村岳史;出立兼一;下里卓;峯崎俊哉;岩岡道夫
• 通讯作者: 岩岡道夫

SAAP力場を用いたシニョリン及びC-ペプチドの構造解析

利用 SAAP 力场分析 chignolin 和 C 肽的结构

• 发表时间: 2011
• 作者: 出立兼一;下里卓;峯崎俊哉;岩岡道夫
• 通讯作者: 岩岡道夫

Rapid and Quantitative Disulfide Bond Formation for a Polypeptide Chain Using a Cyclic Selenoxide Reagent in an Aqueous Medium

• DOI: 10.1002/chem.201002742
• 发表时间: 2011-01-01
• 期刊: CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL
• 影响因子: 4.3
• 作者: Arai, Kenta;Dedachi, Kenichi;Iwaoka, Michio
• 通讯作者: Iwaoka, Michio

Effect of Functional Groups on Antioxidant Properties of Substituted Selenoethers

官能团对取代硒醚抗氧化性能的影响

• 发表时间: 2011
• 期刊: Free Radical Res.
• 作者: P. Prabhu;P. P. Bag;B. G. Singh;A. Hodage;V. K. Jain;M. Iwaoka;K. I. Priyadarsini
• 通讯作者: K. I. Priyadarsini