The Study on Human Genome diversity

人类基因组多样性研究

基本信息

  • 批准号:
    21310126
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 11.07万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 财政年份:
    2009
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2009 至 2011
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Next generation sequencing offers lower cost and higher throughput than Sanger sequencing for human personal genome. To understand all genetic variants within personal genome, we carried out re-sequencing of two chromosomes(HSA21 and HSAY) separated from a human cell line and a sample from the HapMap JPT(Japanese) sets using the GAIIx sequencers. In a Japanese male genome, we identified over 3 million sequence variants(SNVs) at an average of 30-fold coverage. In addition, not only SNVs but also structural variants, such as indels and copy number variants, were detected.
与桑格测序相比,新一代测序技术为人类个人基因组测序提供了更低的成本和更高的通量。为了了解个人基因组中的所有遗传变异,我们使用GAIIx测序仪对从人类细胞系分离的两条染色体(HSA 21和HSAY)和来自HapMap JPT(日本)集的样本进行了重新测序。在日本男性基因组中,我们以平均30倍的覆盖率鉴定了超过300万个序列变异(SNV)。此外,不仅检测到SNV,还检测到结构变异,如插入缺失和拷贝数变异。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Centromere-targeted de novo ntegrations of an LTR retrotransposon of Arabidopsis lyrata
拟南芥 LTR 逆转录转座子的着丝粒靶向从头整合
  • DOI:
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tsukahara S;Kawabe A;Kobayashi A;Ito T;Aizu T;Shin-i T;Toyoda A;Fujiyama A;Tarutani Y;Kakutani T.
  • 通讯作者:
    Kakutani T.
1000ゲノムプロジェクトの目標と展開
千人基因组计划的目标和进展
  • DOI:
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    C. Wongwarangkana;M. Akiba;R. Terai;K. Negoro;K. E. Fujimori;S. Kinoshita;A. Shimizu;K. Sakai;S. K. Kojima;S. Mitsuyama;I. Kikuzato;M. Teruya;M. Nezuo;S. Yano;Y. Miwa;Y. Imada;Y. Sato;T. Masatoshi;J. Kudoh;T. Hirano N. Shimizu;S. Watab;篠田雅人;水口洋平・豊田敦
  • 通讯作者:
    水口洋平・豊田敦
次世代シークエンサーを用いた全ゲノム解析
使用下一代测序仪进行全基因组分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2010
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Shin-Ya Ogino;et al;Watanabe D;山田泰広;豊田敦
  • 通讯作者:
    豊田敦
Genome Features of "Dark-Fly", a Drosophila Line Reared Long-Term in a Dark Environment
  • DOI:
    10.1371/journal.pone.0033288
  • 发表时间:
    2012-03-14
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.7
  • 作者:
    Izutsu, Minako;Zhou, Jun;Fuse, Naoyuki
  • 通讯作者:
    Fuse, Naoyuki
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The Effects of Chronic Social Defeat Stress on Solid Gastric Emptying and Defecation in C57BL/6J Mice
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  • 影响因子:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
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    2021
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  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 11.07万
  • 项目类别:
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