Mechanism of abnormalities in clinical laboratory data by analysis of epigenome, genome and miRome

通过表观基因组、基因组和miRome分析临床实验室数据异常的机制

• 批准号: 21390180
• 负责人: MAEKAWA Masato
• 金额: $ 12.31万
• 依托单位: Hamamatsu University School of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21390180/
• 关键词: エピジェネティクス; マイクロRNA; ゲノム; 臨床検査値; miRNA; ゲノム不安定性; 染色体バンド境界; DNA複製タイミング; 染色体工学; CA19-9; ルイス酵素; 遺伝子多型; 複製タイミング; ゲノム不安定; 乳酸デヒドロゲナーゼ; ワールブルグ効果; DNAメチル化; K-ras; HIF1α

Even genuinely Le-negative patients, who genetically lack the Le enzyme and theoretically never produce CA19-9, occasionally show a slight increase in serum CA19-9 level. We analyzed this mechanism and found the phenomena are occurred when the patients are homozygous for Se-negative genotypes and suffer from advanced cancer with overproduction of glycans as precursors of CA19-9.The human genome is composed of large-scale compartmentalized structures, including replication-timing zones and long-range GC% mosaic structures, which are related to chromosome bands. We found that the early/late-switch regions of replication timing, which generally correspond with transitions in GC content, are correlated with R/G-chromosome band boundaries, and such specific regions in the human genome correspond to "unstable" regions of the genome in which increased DNA damage occurs. Information acquired through genome-wide studies of replication timing will contribute substantially to our understanding of the molecular mechanisms in the pathogenesis of diseases.

即使是真正的Le阴性患者，遗传上缺乏Le酶，理论上永远不会产生CA 19 -9，偶尔也会显示血清CA 19 -9水平略有增加。我们分析了这一机制，发现当患者为Se阴性基因型纯合型，且患有晚期癌症时会出现这种现象，其中CA 19 - 9前体聚糖的过度产生。人类基因组由大规模的区室化结构组成，包括复制定时区和长距离GC%镶嵌结构，这些结构与染色体带有关。我们发现，复制时间的早期/晚期转换区域，通常对应于GC含量的转换，与R/G染色体带边界相关，并且人类基因组中的这些特定区域对应于基因组的“不稳定”区域，其中发生增加的DNA损伤。通过全基因组复制时间研究获得的信息将大大有助于我们理解疾病发病机制的分子机制。

项目成果

ヒトゲノム不安定化部位として特定した染色体バンド境界に局在する疾患遺伝群の新たな特徴

位于染色体带边界的疾病遗传簇的新特征被确定为人类基因组不稳定位点

• 发表时间: 2011
• 作者: 渡邊良久;前川真人
• 通讯作者: 前川真人

染色体バンド境界領域に集中したサイズの大きな疾患遺伝子群の特徴:ヒトゲノムの遺伝子配置との関連

集中在染色体带边界区域的大疾病基因簇的特征：与人类基因组中基因排列的关系

• 发表时间: 2010
• 作者: 渡邊良久;前川真人
• 通讯作者: 前川真人

Epigeneticsの基礎と臨床応用臨床検査

表观遗传学基础知识和临床应用 临床测试

• 发表时间: 2010
• 作者: Kido;M.;Yustiawati;Syawal;MS;Sulastri;Hosokawa;T.;Tanaka;S.;Saito;T.;Iwakuma;T.;Kurasaki;M.;前川真人
• 通讯作者: 前川真人

Possible Relevance between Prohormone Convertase 2 Expression and Tumor Growth in Human Adrenocorticotropin-Producing Pituitary Adenoma

• DOI: 10.1210/jc.2009-2716
• 发表时间: 2010-08-01
• 期刊: JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM
• 影响因子: 5.8
• 作者: Iino, Kazumi;Oki, Yutaka;Nakamura, Hirotoshi
• 通讯作者: Nakamura, Hirotoshi

神経膠芽腫と大腸がんを発症した患者におけるp53遺伝子の新規生殖細胞系列変異の同定および機能解析 (Identification and characterization of a novel germline p53 mutation in a patient with glioblastoma and colon cancer)

胶质母细胞瘤和结肠癌患者中新型种系 p53 突变的鉴定和表征

• 发表时间: 2009
• 作者: 山田英孝;新村和也;山村泰弘;倉地清隆;中村利夫;常吉俊宏;横田尚樹;前川真人;椙村春彦
• 通讯作者: 椙村春彦