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Comprehensive analysis of the structural information of disorder proteins using computers

Comprehensive analysis of the structural information of disorder proteins using computers
利用计算机综合分析无序蛋白的结构信息
批准号：
21500289
负责人：
NAKAMURA Shugo
金额：
$2.16万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2009
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2009 至 2011
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21500289/
关键词：
コンピュータシミュレーションディスオーダー蛋白質ディスオーダー蛋白質構造予測シミュレーション立体構造予測タンパク質局所構造情報

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
我已经应用蛋白质结构预测方法和分子动力学模拟各种内在无序区/蛋白质（IDR/IDP）的氨基酸序列。我发现，这些氨基酸序列包括结构信息作为相同程度的环区的有序蛋白质和复合物形成后的一些IDP的三级结构甚至是可预测的，没有伙伴蛋白质的信息。
英文摘要
I have applied protein structure prediction method and molecular dynamics simulation to amino acid sequences of various intrinsically disordered regions/proteins(IDRs/IDPs). I found that these amino acid sequences include structural information as the same degree of loop regions of ordered proteins and that tertiary structures of some IDPs after complex formation are even predictable without information of partner proteins.
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会议论文
タンパク質の局所配列構造相関について
关于蛋白质的局部序列结构相关性
DOI： --
发表时间： 2009
期刊：
影响因子： --
作者： [奥野浩行, 川島尚之, 野中美応, 尾藤晴彦, 中村周吾]
通讯作者： 中村周吾
蛋白質モデル構造の品質評価について
关于蛋白质模型结构的质量评价
DOI： --
发表时间： 2010
期刊：
影响因子： --
作者： [Shirakata, T, 中村周吾]
通讯作者： 中村周吾
Prediction of Carbohydrate-Binding Proteins from Sequences Using Support Vector Machines
DOI： 10.1155/2010/289301
发表时间： 2010-09
期刊： Advances in Bioinformatics
影响因子： --
作者： [Seizi Someya;Masanori Kakuta;Mizuki Morita;K. Sumikoshi;Cao Wei;Zhenyi Ge;Osamu Hirose;Shugo Nakamura;T. Terada;K. Shimizu]
通讯作者： Seizi Someya;Masanori Kakuta;Mizuki Morita;K. Sumikoshi;Cao Wei;Zhenyi Ge;Osamu Hirose;Shugo Nakamura;T. Terada;K. Shimizu
Blind prediction of quaternary structures of homo-oligomeric proteins from amino acid sequences based on templates
基于模板的氨基酸序列盲预测同源寡聚蛋白的四级结构
DOI： --
发表时间： 2012
期刊： J. Proteome Sci. Comput. Biol.
影响因子： --
作者： [M. Morita, M. Kakuta, K. Shimizu, S. Nakamura]
通讯作者： S. Nakamura
共 13 条
    Development of protein function prediction system based on local sequence-structure relationships
    • 批准号：
      19500251
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $1.83万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      NAKAMURA Shugo
    • 依托单位：
      The University of Tokyo