Comprehensive analysis of the structural information of disorder proteins using computers

利用计算机综合分析无序蛋白的结构信息

• 批准号: 21500289
• 负责人: NAKAMURA Shugo
• 金额: $ 2.16万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21500289/
• 关键词: コンピュータシミュレーション; ディスオーダー蛋白質; ディスオーダー; 蛋白質; 構造予測; シミュレーション; 立体構造予測; タンパク質; 局所構造情報

I have applied protein structure prediction method and molecular dynamics simulation to amino acid sequences of various intrinsically disordered regions/proteins(IDRs/IDPs). I found that these amino acid sequences include structural information as the same degree of loop regions of ordered proteins and that tertiary structures of some IDPs after complex formation are even predictable without information of partner proteins.

我已经应用蛋白质结构预测方法和分子动力学模拟各种内在无序区/蛋白质（IDR/IDP）的氨基酸序列。我发现，这些氨基酸序列包括结构信息作为相同程度的环区的有序蛋白质和复合物形成后的一些IDP的三级结构甚至是可预测的，没有伙伴蛋白质的信息。

项目成果

タンパク質の局所配列構造相関について

关于蛋白质的局部序列结构相关性

• 发表时间: 2009
• 作者: 奥野浩行;川島尚之;野中美応;尾藤晴彦;中村周吾
• 通讯作者: 中村周吾

蛋白質モデル構造の品質評価について

关于蛋白质模型结构的质量评价

• 发表时间: 2010
• 作者: Shirakata;T;中村周吾
• 通讯作者: 中村周吾

Prediction of Carbohydrate-Binding Proteins from Sequences Using Support Vector Machines

• DOI: 10.1155/2010/289301
• 发表时间: 2010-09
• 期刊: Advances in Bioinformatics
• 作者: Seizi Someya;Masanori Kakuta;Mizuki Morita;K. Sumikoshi;Cao Wei;Zhenyi Ge;Osamu Hirose;Shugo Nakamura;T. Terada;K. Shimizu

Blind prediction of quaternary structures of homo-oligomeric proteins from amino acid sequences based on templates

基于模板的氨基酸序列盲预测同源寡聚蛋白的四级结构

• 发表时间: 2012
• 期刊: J. Proteome Sci. Comput. Biol.
• 作者: M. Morita;M. Kakuta;K. Shimizu;S. Nakamura
• 通讯作者: S. Nakamura

Prospects for tertiary structure prediction of RNA basea on secondary structure information

基于二级结构信息的RNA三级结构预测的展望

• DOI: 10.1021/ci2003413
• 发表时间: 2012
• 期刊: J.Chem.Inf.Model.
• 作者: S.Yamasaki;S.Nakamura;K.Fukui
• 通讯作者: K.Fukui